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- PDB-5ghu: Crystal structure of YadV chaperone at 1.63 Angstrom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ghu
タイトルCrystal structure of YadV chaperone at 1.63 Angstrom
要素Probable fimbrial chaperone YadV
キーワードCHAPERONE / CU chaperone / fimbriae / pilin
機能・相同性
機能・相同性情報


chaperone-mediated protein folding / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / : / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily ...Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / : / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FORMIC ACID / TRIETHYLENE GLYCOL / Probable fimbrial chaperone YadV
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Pandey, N.K. / Bhavesh, N.S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of BiotechnologyBT/PR6400/BRB/10/113 インド
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the usher chaperone YadV reveals a monomer with the proline lock in closed conformation suggestive of an intermediate state.
著者: Pandey, N.K. / Verma, G. / Kushwaha, G.S. / Suar, M. / Bhavesh, N.S.
履歴
登録2016年6月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity_name_com / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable fimbrial chaperone YadV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8366
ポリマ－24,4861
非ポリマー3505
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.280, 127.560, 45.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Probable fimbrial chaperone YadV


分子量: 24485.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: ecpD / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): codonplus / 参照: UniProt: P33128

-
非ポリマー , 5種, 254分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 0.3 M sodium formate, 30% PEG 400
PH範囲: 4.6 - 5.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→78.838 Å / Num. all: 36961 / Num. obs: 36961 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.1 % / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.064 / Rsym value: 0.06 / Net I/av σ(I): 6.8 / Net I/σ(I): 21.6 / Num. measured all: 485800
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.63-1.7212.20.5111.46410552580.1540.5520.5114.498.7
1.72-1.8212.40.3012.46216550270.090.3230.3017.499
1.82-1.9512.50.2013.55914247300.0590.2140.20111.599.4
1.95-2.112.80.1225.45709844480.0360.130.12218.299.9
2.1-2.3113.40.0966.75542141260.0280.1020.09623.5100
2.31-2.5813.90.0738.65174337260.0210.0770.07328.1100
2.58-2.9814.20.06394709633180.0180.0660.06335.2100
2.98-3.6414.30.0737.94031328220.020.0770.07343.4100
3.64-5.1514.20.0319.23166422360.0090.0320.0347.3100
5.15-20.84213.40.02818.81705312700.0080.0310.02844.298.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.97 Å22.01 Å
Translation1.97 Å22.01 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ収集
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ME0, 1KLF, 3F65

3me0

1klf

3f65


解像度: 1.63→22.009 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.63 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: 3 UNMODELLED BLOBS AT SYMMETRY POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1863 1834 4.96 %
Rwork0.1677 35127 -
obs0.1686 36961 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.36 Å2 / Biso mean: 35.6368 Å2 / Biso min: 14.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.63→22.009 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1550 0 44 249 1843
Biso mean--66.47 42.08 -
残基数----201
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0161626
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.592205
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087245
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01283
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.584597
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.63-1.67410.24791490.19522624277399
1.6741-1.72330.21211390.17362640277998
1.7233-1.77890.18121240.16922624274898
1.7789-1.84250.19911380.15992675281399
1.8425-1.91620.15931290.16632689281899
1.9162-2.00330.21361590.158726702829100
2.0033-2.10890.17561420.155926792821100
2.1089-2.24090.20221110.173527222833100
2.2409-2.41370.19841560.172927112867100
2.4137-2.65620.19611600.179326962856100
2.6562-3.03970.17751480.176427352883100
3.0397-3.82650.20051270.165227852912100
3.8265-22.01070.16511520.160828773029100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.629-0.714-0.20522.6153-0.03941.7644-0.0196-0.10840.12780.11690.0873-0.0526-0.78510.0801-0.06240.4585-0.01240.00290.1937-0.03640.230423.602454.808114.2463
21.85110.06380.56151.022-0.24681.52840.0282-0.2207-0.1076-0.0230.05150.13750.054-0.2132-0.05560.15870.0009-0.00930.210.00450.204312.520929.861617.6974
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 123 )A1 - 123
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 124 through 222 )A124 - 222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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