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- PDB-5ggw: Crystal structure of Class C beta-lactamase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ggw
タイトルCrystal structure of Class C beta-lactamase
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / beta-lactamase / Class C
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.762 Å
データ登録者An, Y.J. / Na, J.H. / Cha, S.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Structural basis for the extended substrate spectrum of AmpC BER and structure-guided discovery of the inhibition activity of citrate against the class C beta-lactamases AmpC BER and CMY-10.
著者: Na, J.H. / Cha, S.S.
履歴
登録2016年6月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2106
ポリマ－80,8282
非ポリマー3824
水3,243180
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6053
ポリマ－40,4141
非ポリマー1912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6053
ポリマ－40,4141
非ポリマー1912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.732, 182.088, 141.881
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-510-

HOH

21B-578-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 40413.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ampC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7SNP8, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.39 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5 / 詳細: Bis-Tris pH 5.5 Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 100735 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 5.5 % / Net I/σ(I): 21.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 1.762→46.436 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 26.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2589 5028 4.99 %
Rwork0.2297 --
obs0.2312 100694 94.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.762→46.436 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5600 0 20 180 5800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085783
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1487904
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8552075
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046847
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071017
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7619-1.78190.34971330.35582542X-RAY DIFFRACTION75
1.7819-1.80290.36951640.33863056X-RAY DIFFRACTION92
1.8029-1.82490.34981630.32623092X-RAY DIFFRACTION91
1.8249-1.8480.35241550.32323113X-RAY DIFFRACTION93
1.848-1.87230.30441610.32263003X-RAY DIFFRACTION90
1.8723-1.89790.35981590.33353018X-RAY DIFFRACTION90
1.8979-1.9250.43521500.43152743X-RAY DIFFRACTION82
1.925-1.95380.3531410.32682719X-RAY DIFFRACTION80
1.9538-1.98430.30061640.27683083X-RAY DIFFRACTION92
1.9843-2.01680.29591710.26423191X-RAY DIFFRACTION95
2.0168-2.05160.30231730.2833088X-RAY DIFFRACTION92
2.0516-2.08890.36941480.30273156X-RAY DIFFRACTION93
2.0889-2.12910.29771870.25013120X-RAY DIFFRACTION94
2.1291-2.17250.2531800.23683273X-RAY DIFFRACTION97
2.1725-2.21980.28051680.2473223X-RAY DIFFRACTION96
2.2198-2.27140.35681500.31852998X-RAY DIFFRACTION90
2.2714-2.32820.30511710.23883218X-RAY DIFFRACTION95
2.3282-2.39120.30841770.22333308X-RAY DIFFRACTION98
2.3912-2.46150.25781620.21723332X-RAY DIFFRACTION98
2.4615-2.5410.24061840.2153317X-RAY DIFFRACTION99
2.541-2.63180.25581700.22083335X-RAY DIFFRACTION98
2.6318-2.73710.25251770.21943308X-RAY DIFFRACTION99
2.7371-2.86170.22551610.22593391X-RAY DIFFRACTION99
2.8617-3.01260.27221680.22193378X-RAY DIFFRACTION99
3.0126-3.20130.23481750.21613386X-RAY DIFFRACTION99
3.2013-3.44840.2651830.21473405X-RAY DIFFRACTION100
3.4484-3.79520.22891890.18593395X-RAY DIFFRACTION99
3.7952-4.34410.1761850.15973420X-RAY DIFFRACTION100
4.3441-5.47170.16341700.15413475X-RAY DIFFRACTION100
5.4717-46.45230.20021890.17463580X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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