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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ggs | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | PD-1 in complex with pembrolizumab Fab | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / antibody | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / positive regulation of T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / Co-inhibition by PD-1 ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / positive regulation of T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / Co-inhibition by PD-1 / regulation of immune response / signaling receptor activity / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / external side of plasma membrane / apoptotic process / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.997 Å | ||||||
データ登録者 | Heo, Y.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016タイトル: Structural basis of checkpoint blockade by monoclonal antibodies in cancer immunotherapy 著者: Lee, J.Y. / Lee, H.T. / Shin, W. / Chae, J. / Choi, J. / Kim, S.H. / Lim, H. / Won Heo, T. / Park, K.Y. / Lee, Y.J. / Ryu, S.E. / Son, J.Y. / Lee, J.U. / Heo, Y.S. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 5ggs.cif.gz | 449.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb5ggs.ent.gz | 369.3 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 5ggs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 5ggs_validation.pdf.gz | 467.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 5ggs_full_validation.pdf.gz | 479.4 KB | 表示 | |
| XML形式データ | 5ggs_validation.xml.gz | 48.2 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 5ggs_validation.cif.gz | 70.7 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/5ggs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/5ggs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 単位格子 |
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要素
| #1: 抗体 | 分子量: 25237.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)#2: 抗体 | 分子量: 23768.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)#3: タンパク質 | 分子量: 13883.409 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 26-148 / Mutation: C93S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1, PD1発現宿主: 参照: UniProt: Q15116 #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.43 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100 mM MES, pH 6.5, 12% PEG500 MME, 6% PEG20,000, 50 mM ammonium acetate |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å |
| 検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月5日 |
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 71844 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 1.9 % / Net I/σ(I): 20.1 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 解像度: 1.997→30.038 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.65 / 立体化学のターゲット値: ML
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.997→30.038 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル |
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
|
ムービー
コントローラー
万見について




Homo sapiens (ヒト)
X線回折
引用














PDBj












