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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ggs | ||||||
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タイトル | PD-1 in complex with pembrolizumab Fab | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / antibody | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / negative regulation of immune response / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / regulation of immune response ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / negative regulation of immune response / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / regulation of immune response / PD-1 signaling / signaling receptor activity / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / external side of plasma membrane / apoptotic process / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Heo, Y.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of checkpoint blockade by monoclonal antibodies in cancer immunotherapy 著者: Lee, J.Y. / Lee, H.T. / Shin, W. / Chae, J. / Choi, J. / Kim, S.H. / Lim, H. / Won Heo, T. / Park, K.Y. / Lee, Y.J. / Ryu, S.E. / Son, J.Y. / Lee, J.U. / Heo, Y.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 445.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 379.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 25237.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #2: 抗体 | 分子量: 23768.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 13883.409 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 26-148 / Mutation: C93S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q15116 #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.43 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100 mM MES, pH 6.5, 12% PEG500 MME, 6% PEG20,000, 50 mM ammonium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 71844 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 1.9 % / Net I/σ(I): 20.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.997→30.038 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.65 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.997→30.038 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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