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- PDB-5ggr: PD-1 in complex with nivolumab Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ggr
タイトルPD-1 in complex with nivolumab Fab
要素
  • Programmed cell death protein 1
  • heavy chain
  • light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / positive regulation of T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / Co-inhibition by PD-1 ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / positive regulation of T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / Co-inhibition by PD-1 / regulation of immune response / signaling receptor activity / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / external side of plasma membrane / apoptotic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Programmed cell death protein 1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...Programmed cell death protein 1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Heo, Y.S.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis of checkpoint blockade by monoclonal antibodies in cancer immunotherapy
著者: Lee, J.Y. / Lee, H.T. / Shin, W. / Chae, J. / Choi, J. / Kim, S.H. / Lim, H. / Won Heo, T. / Park, K.Y. / Lee, Y.J. / Ryu, S.E. / Son, J.Y. / Lee, J.U. / Heo, Y.S.
履歴
登録2016年6月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: heavy chain
B: light chain
H: heavy chain
L: light chain
Y: Programmed cell death protein 1
Z: Programmed cell death protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,5096
ポリマ－123,5096
非ポリマー00
水00
1
A: heavy chain
B: light chain
Y: Programmed cell death protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7553
ポリマ－61,7553
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area25790 Å2
手法PISA
2
H: heavy chain
L: light chain
Z: Programmed cell death protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7553
ポリマ－61,7553
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area25770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.290, 48.612, 134.904
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 heavy chain


分子量: 24275.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 light chain


分子量: 23395.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Programmed cell death protein 1 / hPD-1


分子量: 14083.601 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 26-150 / Mutation: C93S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1, PD1
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: Q15116
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM MES, pH 6.5, 12% PEG500 MME, 6% PEG20,000, 50 mM ammonium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 17556 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 6.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.3→29.752 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2679 897 5.11 %
Rwork0.2215 --
obs0.2239 17553 98.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→29.752 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8256 0 0 0 8256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078452
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28611491
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8733058
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491282
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071495
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3001-3.50660.30191530.23512786X-RAY DIFFRACTION100
3.5066-3.77680.34891470.2352768X-RAY DIFFRACTION99
3.7768-4.1560.23841480.22722761X-RAY DIFFRACTION99
4.156-4.75530.27351390.19812765X-RAY DIFFRACTION98
4.7553-5.98310.22181670.20962785X-RAY DIFFRACTION99
5.9831-29.75280.23761430.22882791X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7874-0.5359-0.08190.6602-0.35740.4120.2508-0.58470.5444-0.62410.20990.0544-0.39590.48710.0347-0.47050.21530.78620.3448-0.3216-0.062244.23755.77284.8154
21.2423-0.29970.0411.51340.17280.45190.0511-0.29890.19761.1842-0.9333-1.2317-0.50380.55420.0696-0.2350.26030.52890.1102-0.1871-0.086348.05850.18752.3375
30.1865-0.18270.3540.8459-0.22210.6499-0.14670.1443-0.26350.1519-0.24590.62980.0791-0.0497-0.04410.22580.10860.01630.36060.2203-0.264139.6033-5.65229.7072
43.06970.15270.39291.02730.21520.805-0.0013-0.4869-0.1625-0.23550.47210.59080.6718-0.0183-0.14650.36580.2520.11240.4632-0.22040.123648.1586-11.60223.247
51.6043-0.48020.03010.87940.42610.96950.4620.1385-0.4084-0.1941-0.0545-0.19740.1204-0.1197-0.08340.32010.0660.09790.17830.01410.255544.1588-1.90025.5544
60.4111-0.62-0.55011.71050.38910.77420.2001-0.18680.0648-0.48450.23680.3711-0.21330.0371-0.09570.28270.01960.03620.46560.05680.19727.77046.3845-2.3337
70.9977-0.109-0.00031.26140.81661.12780.4638-0.3514-0.13420.1242-0.3569-0.29110.03110.21920.02680.31740.00310.23290.3123-0.1255-0.004215.034518.1739.3254
80.7599-0.2182-0.09711.49890.59421.93680.1132-0.2036-0.14150.0573-0.30540.40730.1171-0.25630.07290.369-0.0238-0.14810.2380.01260.255919.04510.18779.0876
90.14630.4198-0.15680.8762-0.17761.22010.2656-0.44840.35810.17620.2029-0.1109-0.39120.0175-0.17410.21170.0530.01410.46240.00810.242515.379823.4710.7018
100.03360.12490.03530.5443-0.17770.88740.2892-0.33950.18880.5820.0543-0.2588-0.5635-0.2516-0.13770.5050.0473-0.10350.310.12170.206912.887625.15724.7922
111.2572-1.216-0.3312.36780.79290.2313-0.3255-0.2725-0.02330.49060.52030.07790.35940.3513-0.04270.4403-0.15240.04310.35060.06490.276733.778-10.337427.766
121.242-0.20370.30360.3498-0.42891.18560.0752-0.17340.0762-0.0101-0.09060.04470.019-0.1651-0.05890.3010.03370.00960.28110.04770.23240.4701-3.105427.8066
130.4736-1.1765-1.02662.67792.22791.89070.44280.1771-0.97130.03030.35310.53750.30820.36160.11870.3216-0.1009-0.05160.37610.2430.089339.5958-12.781716.959
140.2908-0.00190.1490.0036-0.01550.0882-0.0187-0.1665-0.33310.463-0.1575-0.31830.2871-0.29650.05730.2850.0110.08180.3931-0.10840.320220.27135.745231.1876
151.3421-0.20890.82340.744-0.07162.05360.3322-0.212-0.61060.38120.09720.66440.3462-0.6068-0.14820.1882-0.07970.08040.6410.02780.45046.4616.589713.012
163.2707-0.34891.53221.5246-0.06013.5159-0.34750.002-0.1531-0.10120.22140.3852-0.4731-0.0279-0.05050.24430.0092-0.02290.16140.00690.356710.53297.580113.6184
171.3437-0.42351.89030.7981-0.52183.3740.4508-0.4355-0.75730.0715-0.7416-0.0227-0.1206-0.48080.0270.1927-0.15110.14780.54360.25340.57721.00245.717119.7912
181.26050.0962-0.19811.71020.71361.2895-0.2319-0.0854-0.02660.26340.01630.27760.0372-0.08130.26580.29480.01940.01310.2722-0.0310.2775-12.9968-23.899360.7347
190.6120.5493-0.06920.7676-0.20931.0912-0.2151-0.4478-0.00550.05610.2855-0.27720.2371-0.2314-0.04380.34290.06350.01910.15960.04180.2479-14.0042-32.4563.0754
206.24870.37524.19761.70450.22535.2262-0.2124-0.2111-0.0682-0.05630.08950.3577-0.5908-0.11410.13620.274-0.01420.04660.2208-0.02460.2305-12.3654-23.903654.6177
210.63580.27550.70790.3820.33660.7357-0.3685-0.2031-0.05470.17690.4053-0.4741-0.43570.3666-0.04220.15480.0985-0.14060.3765-0.10120.438716.1921-10.939562.0986
220.6124-0.3222-0.41530.3354-0.0581.80010.2805-0.1649-0.08570.0805-0.2543-0.1324-0.54560.3124-0.18010.33970.0082-0.01950.254-0.0240.332114.5248-5.355657.3034
230.9521.1267-0.45412.1462-0.20410.5474-0.31910.2764-0.3641-0.35020.1835-0.1312-0.27220.3478-0.04690.2250.14780.07810.3475-0.00730.2799-2.5346-34.72638.1895
241.23970.18240.22620.6204-0.21210.872-0.03730.20260.032-0.0770.09540.01630.11160.1081-0.0940.3410.04010.01930.2846-0.05580.342-1.2727-25.082241.962
251.385-0.60341.19850.4278-0.85521.8341-0.13270.2498-0.42560.3235-0.5494-0.02210.75880.21640.06660.337-0.00570.09020.34670.16230.370122.2391-18.8248.9433
261.19780.43250.38850.6439-0.04531.30140.25940.3983-0.14940.2106-0.1180.03510.45490.60020.01650.34670.01840.04890.4274-0.03310.372725.5486-18.844250.7353
270.1533-0.28810.41290.9627-0.26751.94130.27380.2008-0.0841-0.00720.0005-0.2688-0.2932-0.2876-0.14230.3127-0.07780.08910.3816-0.06990.284771.8582-9.206532.2808
282.590.34390.14371.989-0.69912.37420.10990.19640.451-0.0184-0.09810.1409-0.03410.06680.08050.42240.0127-0.08060.2366-0.00630.409468.346-0.777234.6567
290.7666-0.28730.61150.5583-0.06110.7236-0.3775-0.11950.1797-0.06480.3769-0.29520.45870.7663-0.10230.2709-0.0580.05130.12710.03450.240368.0259-8.349638.7632
302.82651.82233.09221.19092.05415.69550.43420.0999-0.13050.3983-0.2663-0.5157-0.05740.1909-0.02180.26520.1769-0.06460.13870.10890.6142-31.6935-34.598348.0704
310.51030.21381.05870.34620.11992.2108-0.1193-0.01870.09390.140.09180.42030.2487-0.0386-0.06770.29920.0813-0.05970.34070.05580.4367-46.9041-32.68223.337
322.73280.0955-0.34382.35350.8042.2604-0.0058-0.0160.24770.2051-0.03590.0503-0.10910.1839-0.02620.24960.0474-0.04910.21120.05450.3021-37.0077-24.813331.5309
330.37740.26650.08380.6622-0.12030.97560.0705-0.16940.1771-0.09850.1454-0.13040.55980.06280.0070.21840.059-0.00590.2541-0.03530.3159-36.4987-32.513427.1012
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 12 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 13 through 33 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 34 through 51 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 52 through 73 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 74 through 106 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 107 through 119 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 120 through 159 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 160 through 177 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 178 through 204 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 205 through 213 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1 through 32 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 33 through 90 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 91 through 102 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 103 through 113 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 114 through 160 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 161 through 190 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 191 through 212 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 2 through 44 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 45 through 91 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 92 through 109 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 110 through 135 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 136 through 213 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'L' and (resid 1 through 33 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'L' and (resid 34 through 126 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'L' and (resid 127 through 150 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'L' and (resid 151 through 212 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'Y' and (resid 27 through 49 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'Y' and (resid 50 through 110 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'Y' and (resid 111 through 146 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'Z' and (resid 27 through 35 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'Z' and (resid 36 through 49 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'Z' and (resid 50 through 110 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'Z' and (resid 111 through 146 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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