PDB-5ggg: Crystal structure of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ggg

タイトル

Crystal structure of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase form I

要素

Protein O-linked-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1

キーワード

TRANSFERASE / SUGAR BINDING PROTEIN / glycosyltransferase / O-mannosylation / alpha-dystroglycan

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-1,3-galactosyl-O-glycosyl-glycoprotein beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase activity / Defective POMGNT1 causes MDDGA3, MDDGB3 and MDDGC3 / O-linked glycosylation / localization of cell / protein O-linked glycosylation via mannose / protein O-linked glycosylation via N-acetyl-galactosamine / reactive gliosis / acetylglucosaminyltransferase activity / basement membrane organization / dentate gyrus development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Kuwabara, N. / Senda, T. / Kato, R.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Carbohydrate-binding domain of the POMGnT1 stem region modulates O-mannosylation sites of alpha-dystroglycan
著者: Kuwabara, N. / Manya, H. / Yamada, T. / Tateno, H. / Kanagawa, M. / Kobayashi, K. / Akasaka-Manya, K. / Hirose, Y. / Mizuno, M. / Ikeguchi, M. / Toda, T. / Hirabayashi, J. / Senda, T. / Endo, T. / Kato, R.

履歴

登録	2016年6月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月31日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月26日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ggg.cif.gz	232.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ggg.ent.gz	185.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ggg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ggg_validation.pdf.gz	432.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ggg_full_validation.pdf.gz	449.2 KB	表示
XML形式データ	5ggg_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	5ggg_validation.cif.gz	29.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/5ggg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/5ggg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ggfC 5ggiC 5ggjC 5ggkC 5gglC 5ggnC 5ggoC 5ggpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ggf-2 5ggf-1 1o6p-1 1o6p-2 5h33-d 3e8l-d 4alb-d 1o6o-3 5u3y-d 1wp9-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein O-linked-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1

65.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.917, 99.917, 236.104
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Protein O-linked-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1 / POMGnT1 / UDP-GlcNAc:alpha-D-mannoside beta-1 / 2-N-acetylglucosaminyltransferase I.2 / GnT I.2 分子量: 65551.453 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 92-660 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POMGNT1, MGAT1.2, UNQ746/PRO1475 / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q8WZA1, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.64 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Na malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→44.684 Å / Num. obs: 45699 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.2 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 30.8
反射シェル	解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 14.8 % / R_merge(I) obs: 0.657 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3→44.684 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.21
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2412	3000	6.56 %
R_work	0.2048	-	-
obs	0.2072	45699	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→44.684 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4210	0	0	3	4213

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4331
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.947	5908
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.025	2579
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	649
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	764

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.0492	0.3934	140	0.3523	2031	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0492-3.1017	0.3082	142	0.3051	2060	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1017-3.1581	0.3464	148	0.2761	2026	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1581-3.2189	0.3618	147	0.2683	2044	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2189-3.2845	0.2954	148	0.2529	2042	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2845-3.3559	0.2842	135	0.2329	2021	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3559-3.434	0.2749	143	0.2214	2046	X-RAY DIFFRACTION	100
3.434-3.5198	0.2941	137	0.2319	2013	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5198-3.615	0.2756	146	0.2198	2041	X-RAY DIFFRACTION	100
3.615-3.7213	0.2481	141	0.2243	2038	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7213-3.8413	0.266	142	0.1908	2042	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8413-3.9785	0.2095	146	0.1909	2020	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9785-4.1377	0.2185	141	0.1869	2044	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1377-4.3259	0.2491	142	0.1752	2015	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3259-4.5537	0.2048	144	0.163	2054	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5537-4.8387	0.1884	146	0.1692	2021	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8387-5.2118	0.2105	142	0.1867	2042	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2118-5.7353	0.2221	139	0.1911	2033	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7353-6.563	0.2482	151	0.2201	2023	X-RAY DIFFRACTION	100
6.563-8.2602	0.2941	139	0.2162	2038	X-RAY DIFFRACTION	100
8.2602-44.6892	0.1956	141	0.1974	2005	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4425	0.039	2.4483	3.0149	0.1188	8.0441	0.8268	-0.0562	0.1874	0.0999	0.0947	0.3539	0.8834	-2.3986	-0.8521	0.8423	-0.0635	0.0797	1.7023	0.171	0.7812	-4.6717	25.3394	2.1191
2	3.0459	-1.1055	2.0152	1.24	0.992	4.9055	0.7496	0.0831	0.6171	0.1244	0.2885	0.4569	0.1849	-2.3272	-0.5198	0.7149	0.2781	0.3757	1.8499	0.3287	1.2609	-8.9179	32.5848	-6.5815
3	3.464	-0.1769	-0.9451	2.0197	-0.1635	3.5584	0.2931	0.304	0.3326	0.0661	0.0751	0.0228	-0.2552	-0.2822	-0.3313	0.329	0.1397	0.0388	1.1495	0.083	0.621	20.3238	29.4714	-25.1307
4	4.1239	-2.1391	1.0517	1.6421	-0.6046	2.0426	0.2218	-0.5607	0.4879	0.2818	-0.1794	0.1754	-0.2846	0.426	0.0076	0.4752	-0.141	0.0847	1.3851	-0.0315	0.684	43.7037	31.8171	-14.793
5	2.0373	0.4411	-0.2448	0.4489	-0.0237	0.3478	0.0675	-0.6478	0.2898	0.1387	-0.0202	-0.2274	0.1719	0.2723	0.1162	-0.2054	-0.2016	-0.0275	1.8737	-0.0227	0.5853	53.0995	25.4201	-12.9585

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 97 through 226 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 227 through 269 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 270 through 500 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 501 through 618 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 619 through 647 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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