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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5g60 | |||||||||
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タイトル | S.pneumoniae ABC-transporter substrate binding protein FusA in complex with nystose | |||||||||
要素 | ABC TRANSPORTER, SUBSTRATE-BINDING PROTEIN | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / FUSA / SUBSTRATE-BINDING-PROTEIN / ABC-TRANSPORTER / TRANSPORTER / FRUCTOOLIGOSACCHARIDES / KESTOSE / NYSTOSE / FRUCTO-NYSTOSE / CARBOHYDRATE / SUGAR / TRANSPORT / PNEUMONIAE | |||||||||
機能・相同性 | polysaccharide transport / Bacterial extracellular solute-binding protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / metal ion binding / plasma membrane / nystose / Fructooligosaccharide ABC transporter substrate-binding protein FusA 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å | |||||||||
データ登録者 | Culurgioni, S. / Harris, G. / Singh, A.K. / King, S.J. / Walsh, M.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2017 タイトル: Structural Basis for Regulation and Specificity of Fructooligosaccharide Import in Streptococcus pneumoniae. 著者: Culurgioni, S. / Harris, G. / Singh, A.K. / King, S.J. / Walsh, M.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5g60.cif.gz | 430.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5g60.ent.gz | 353.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5g60.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5g60_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5g60_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5g60_validation.xml.gz | 83.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5g60_validation.cif.gz | 126.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/5g60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/5g60 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 56350.738 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌) 株: TIGR4 / プラスミド: POPINF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 / 参照: UniProt: A0A0H2URD6 #2: 多糖 | beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / nystose |
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-非ポリマー , 4種, 1663分子
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | LACKING THE FIRST 47 N-TERMINAL AMINOACIDS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8 詳細: 20 % PEG6000, 0.1M SODIUM ACETATE PH 5.0, 0.02 M CALCIUM CHLORIDE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月8日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→57.37 Å / Num. obs: 144038 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.833 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 77.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 5G5Y 解像度: 1.99→119.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 5.45 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.493 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→119.54 Å
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拘束条件 |
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