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- PDB-5g5t: Structure of the Argonaute protein from Methanocaldcoccus janasch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g5t
タイトルStructure of the Argonaute protein from Methanocaldcoccus janaschii in complex with guide DNA
要素
  • ARGONAUTE
  • GUIDE DNA
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / ARGONAUTE / BACTERIAL DEFENSE
機能・相同性
機能・相同性情報


Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) / clearance of foreign intracellular DNA / DNA endonuclease activity / defense response to virus / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Archaeal argonaute protein N-terminal domain / Argonaute, PAZ domain, archaea / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ domain profile. ...: / : / Archaeal argonaute protein N-terminal domain / Argonaute, PAZ domain, archaea / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ domain profile. / PAZ domain / Response regulator / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein argonaute
類似検索 - 構成要素
生物種METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Schneider, S. / Oellig, C.A. / Keegan, R. / Grohmann, D. / Zander, A. / Willkomm, S.
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Structural and mechanistic insights into an archaeal DNA-guided Argonaute protein.
著者: Willkomm, S. / Oellig, C.A. / Zander, A. / Restle, T. / Keegan, R. / Grohmann, D. / Schneider, S.
履歴
登録2016年6月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Database references
改定 1.22017年3月29日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARGONAUTE
D: GUIDE DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,99210
ポリマ－91,2952
非ポリマー6978
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.950, 117.950, 134.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 ARGONAUTE


分子量: 84706.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII (メタン生成菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q58717
#2: DNA鎖 GUIDE DNA


分子量: 6588.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII (メタン生成菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.43 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→44.4 Å / Num. obs: 22659 / % possible obs: 1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 102.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 1.25 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5G5S

5g5s


解像度: 2.85→49.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9334 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8976 / SU R Cruickshank DPI: 1.499 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.592 / SU Rfree Blow DPI: 0.391 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.396
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MG. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=5407. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MG. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=5407. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=3. GUIDE DNA NUCLEOTIDES 8 TO 18 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 1146 5.06 %RANDOM
Rwork0.2287 ---
obs0.2315 22659 99.41 %-
原子変位パラメータBiso mean: 96.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6747 Å20 Å20 Å2
2---0.6747 Å20 Å2
3---1.3494 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.573 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→49.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5239 138 36 0 5413
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015531HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.287555HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1848SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes129HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes774HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5531HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.88
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.51
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion760SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6104SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.99 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3201 157 5.3 %
Rwork0.2442 2803 -
all0.2484 2960 -
obs--99.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10-0.87132.08377.0547-3.19412.6324-0.13270.34890.12650.00250.2027-0.391-0.43710.6346-0.07-0.3170.02310.03110.22270.22590.025924.3816-25.2874-4.6191
22.4559-5.8744-1.1110.9562-5.824700.1508-0.260.43140.09270.00680.3362-0.7688-0.0429-0.1577-0.1081-0.1643-0.0197-0.02970.20070.249414.941-3.672-13.8858
31.47570.2748-0.15611.6312-3.26880-0.04430.63830.3806-0.2664-0.4308-0.3875-0.27230.29840.4751-0.2701-0.0784-0.0190.19480.247-0.079418.2849-21.9878-13.8487
42.47081.1011.86932.82720.27753.2182-0.15210.35280.2333-0.3472-0.08380.49490.26130.37040.2359-0.2090.01170.0193-0.12340.069-0.01421.7771-29.1027-20.9183
50-2.5692-0.520503.19183.96220.0914-0.10770.038-0.285-0.2596-0.26270.64120.01110.1682-0.30560.0482-0.11460.27410.25330.10668.8936-40.168822.7823
66.11954.54310.76149.26854.91084.46160.1335-1.1557-0.8754-0.7902-0.94821.02250.0338-0.9060.8147-0.3186-0.0764-0.07090.0347-0.0399-0.2015-18.2695-45.204922.159
77.06735.7269-3.89783.6896-3.52290.2777-0.191-0.44530.3213-1.11220.20040.1440.606-0.5534-0.0094-0.17540.1964-0.2525-0.0395-0.2933-0.1494-19.6818-38.895914.0623
86.0499-0.5577-0.38586.93591.0984.5490.1988-0.09150.8337-0.0162-0.45870.2318-0.837-0.55230.2599-0.28530.1163-0.08920.0957-0.15670.1055-1.3599-17.505918.282
94.0015-0.5074-0.38590-1.0623.010.1097-0.30010.4447-0.0153-0.41080.0408-0.25090.24970.3011-0.24240.0195-0.08370.0270.08130.136412.0591-23.477610.2506
106.87730.592-3.232.55271.13642.88640.14080.3529-0.0136-0.2789-0.61940.4754-0.421-0.79040.4786-0.34520.0902-0.1170.2694-0.1689-0.0481-5.9022-29.18514.6686
112.15920.08996.01523.64443.16740.3683-0.0143-0.07260.0242-0.1967-0.14110.0211-0.1747-0.08750.1553-0.2980.09570.25430.08450.01380.1391-5.2967-39.6255.3924
123.88092.86322.43473.16262.97710-0.0017-0.28620.24130.3469-0.0161-0.1828-0.20020.0180.0178-0.2331-0.06340.03920.03210.15690.20944.5425-17.4459-20.4442
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 28}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|29 - 88}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|89 - 125}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|126 - 300}
5X-RAY DIFFRACTION5{A|301 - 323}
6X-RAY DIFFRACTION6{A|324 - 405}
7X-RAY DIFFRACTION7{A|406 - 491}
8X-RAY DIFFRACTION8{A|492 - 573}
9X-RAY DIFFRACTION9{A|574 - 656}
10X-RAY DIFFRACTION10{A|657 - 713}
11X-RAY DIFFRACTION11{D|1 - 7}
12X-RAY DIFFRACTION12{D|19 - 21}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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