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- PDB-5g5t: Structure of the Argonaute protein from Methanocaldcoccus janasch... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5g5t | ||||||
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Title | Structure of the Argonaute protein from Methanocaldcoccus janaschii in complex with guide DNA | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / ARGONAUTE / BACTERIAL DEFENSE | ||||||
Function / homology | ![]() Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) / clearance of foreign intracellular DNA / DNA endonuclease activity / defense response to virus / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schneider, S. / Oellig, C.A. / Keegan, R. / Grohmann, D. / Zander, A. / Willkomm, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and mechanistic insights into an archaeal DNA-guided Argonaute protein. Authors: Willkomm, S. / Oellig, C.A. / Zander, A. / Restle, T. / Keegan, R. / Grohmann, D. / Schneider, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 236 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 453.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 462.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 33.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5g5sSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 84706.953 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() |
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#2: DNA chain | Mass: 6588.266 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-MG / |
#4: Chemical | ChemComp-SO4 / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 0.43 % / Description: NONE |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS / Detector: PIXEL / Date: Jul 11, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8726 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.85→44.4 Å / Num. obs: 22659 / % possible obs: 1 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 102.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.85→3 Å / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 1.25 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 5G5S Resolution: 2.85→49.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9334 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8976 / SU R Cruickshank DPI: 1.499 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.592 / SU Rfree Blow DPI: 0.391 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.396 Details: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MG. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=5407. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. ...Details: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MG. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=5407. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=3. GUIDE DNA NUCLEOTIDES 8 TO 18 ARE DISORDERED
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Displacement parameters | Biso mean: 96.09 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.573 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.85→49.11 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.85→2.99 Å / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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