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- PDB-5g5l: RNA polymerase I-Rrn3 complex at 4.8 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g5l
タイトルRNA polymerase I-Rrn3 complex at 4.8 A resolution
要素
  • (DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I SUBUNIT ...) x 7
  • (DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I AND III SUBUNIT ...) x 2
  • (DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC ...) x 5
  • RNA POLYMERASE I-SPECIFIC TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR RRN3
キーワードRNA POLYMERASE / TRANSCIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase I core binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / rDNA binding / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex ...RNA polymerase I core binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / rDNA binding / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA-templated transcription / regulation of cell size / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / termination of RNA polymerase I transcription / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / promoter-specific chromatin binding / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / peroxisome / ribosome biogenesis / nucleic acid binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / protein dimerization activity / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / : / DNA-directed RNA polymerase I, subunit RPA34.5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34.5 / RNA polymerase I, subunit Rpa14, fungi / Yeast RNA polymerase I subunit RPA14 / RNA polymerase I associated factor, A49-like / A49-like RNA polymerase I associated factor / Rpa43, N-terminal ribonucleoprotein (RNP) domain ...RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / : / DNA-directed RNA polymerase I, subunit RPA34.5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34.5 / RNA polymerase I, subunit Rpa14, fungi / Yeast RNA polymerase I subunit RPA14 / RNA polymerase I associated factor, A49-like / A49-like RNA polymerase I associated factor / Rpa43, N-terminal ribonucleoprotein (RNP) domain / Pol I subunit A12, C-terminal zinc ribbon / RPA43, OB domain / RPA43 OB domain in RNA Pol I / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2, domain 4 / DNA-directed RNA pol I, largest subunit / : / RNA polymerase I, Rpa2 specific domain / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC40 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3 ...DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Engel, C. / Plitzko, J. / Cramer, P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: RNA polymerase I-Rrn3 complex at 4.8 Å resolution.
著者: Christoph Engel / Jürgen Plitzko / Patrick Cramer /
要旨: Transcription of ribosomal DNA by RNA polymerase I (Pol I) requires the initiation factor Rrn3. Here we report the cryo-EM structure of the Pol I-Rrn3 complex at 4.8 Å resolution. The structure ...Transcription of ribosomal DNA by RNA polymerase I (Pol I) requires the initiation factor Rrn3. Here we report the cryo-EM structure of the Pol I-Rrn3 complex at 4.8 Å resolution. The structure reveals how Rrn3 binding converts an inactive Pol I dimer into an initiation-competent monomeric complex and provides insights into the mechanisms of Pol I-specific initiation and regulation.
履歴
登録2016年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.22018年6月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "AH" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BN" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -4-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A -3-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "GC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -1-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 0-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "MB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -3-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A -2-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I SUBUNIT RPA190
B: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I SUBUNIT RPA135
C: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I AND III SUBUNIT RPAC1
D: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I SUBUNIT RPA14
E: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 1
F: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 2
G: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I SUBUNIT RPA43
H: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 3
I: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I SUBUNIT RPA12
J: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 5
K: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I AND III SUBUNIT RPAC2
L: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 4
M: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I SUBUNIT RPA49
N: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I SUBUNIT RPA34
O: RNA POLYMERASE I-SPECIFIC TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR RRN3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)663,19522
ポリマ－662,73715
非ポリマー4587
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I SUBUNIT ... , 7種, 7分子 ABDGIMN

#1: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I SUBUNIT RPA190 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I 190 KDA POLYPEPTIDE / A190 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I LARGEST SUBUNIT


分子量: 186676.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: C-TERMINAL FLAG-10XHIS TAG / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: P10964, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I SUBUNIT RPA135 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I 135 KDA POLYPEPTIDE / A135 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I ...DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I 135 KDA POLYPEPTIDE / A135 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I POLYPEPTIDE 2 / RNA POLYMERASE I SUBUNIT 2


分子量: 135910.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: P22138, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I SUBUNIT RPA14 / A14 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I 14 KDA POLYPEPTIDE


分子量: 14599.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: P50106
#7: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I SUBUNIT RPA43 / A43 / DNA-DIRECTED DNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE 36 KDA POLYPEPTIDE


分子量: 36264.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: P46669
#9: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I SUBUNIT RPA12 / A12 / A12.2 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I 13.7 KDA POLYPEPTIDE


分子量: 13676.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: P32529
#13: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I SUBUNIT RPA49 / A49 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I 49 KDA POLYPEPTIDE


分子量: 46721.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: Q01080
#14: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I SUBUNIT RPA34 / A34 / DNA-DIRECTED DNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE 34.5 KDA POLYPEPTIDE / A34.5


分子量: 26933.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: P47006

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DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I AND III SUBUNIT ... , 2種, 2分子 CK

#3: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I AND III SUBUNIT RPAC1 / RNA POLYMERASES I AND III SUBUNIT AC1 / C37 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I AND III 40 KDA ...RNA POLYMERASES I AND III SUBUNIT AC1 / C37 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I AND III 40 KDA POLYPEPTIDE / AC40 / C40


分子量: 37732.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: P07703
#11: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I AND III SUBUNIT RPAC2 / RNA POLYMERASES I AND III SUBUNIT AC2 / AC19 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I AND III 16 KDA ...RNA POLYMERASES I AND III SUBUNIT AC2 / AC19 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I AND III 16 KDA POLYPEPTIDE / RPA19


分子量: 16167.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: P28000

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DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC ... , 5種, 5分子 EFHJL

#5: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 1 / RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC1 / ABC27 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND ...RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC1 / ABC27 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND III 27 KDA POLYPEPTIDE / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT RPABC 1


分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: P20434
#6: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 2 / RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC2 / ABC23 / DNA-DIR DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II ...RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC2 / ABC23 / DNA-DIR DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND III 23 KDA POLYPEPTIDE / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT RPABC 2


分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: P20435
#8: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 3 / RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC3 / ABC14.4 / ABC14.5 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I ...RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC3 / ABC14.4 / ABC14.5 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND III 14.5 KDA POLYPEPTIDE / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT RPABC 3


分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: P20436
#10: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 5 / RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC5 / ABC10-BETA / ABC8 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I ...RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC5 / ABC10-BETA / ABC8 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND III 8.3 KDA POLYPEPTIDE / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT RPABC 5


分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: P22139
#12: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 4 / RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC4 / ABC10-ALPHA / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / ...RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC4 / ABC10-ALPHA / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT RPABC 4


分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: P40422

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 8分子 O

#15: タンパク質 RNA POLYMERASE I-SPECIFIC TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR RRN3 / RNA POLYMERASE I-SPECIFIC TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR RRN3


分子量: 72458.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: CB010 / プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: P36070
#16: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細C-TERMINAL FLAG-10XHIS TAG

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: S. CEREVISIAE RNA POLYMERASE I BOUND TO THE INITIATION FACTOR RRN3
タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: 150MM NACL, 5MM HEPES, 1MM MGCL2, 0.01 MM ZNCL2, 5 MM DTT
pH: 7.8
詳細: 150MM NACL, 5MM HEPES, 1MM MGCL2, 0.01 MM ZNCL2, 5 MM DTT
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITROBOT MARK IV, METHOD- 4.5 MICROLITERS OF SAMPLE WAS APPLIED TO GLOW- DISCHARGED QUANTIFOIL R 2- 1 HOLEY CARBON GRIDS, WHICH WERE THEN BLOTTED FOR 8.5S AND PLUNGE- FROZEN IN LIQUID ETHANE.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2015年3月27日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 37000 X / 倍率（補正後）: 37037 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 1174

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Cootモデルフィッティング
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3RELION３次元再構成
CTF補正詳細: RELION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: RELION / 解像度: 4.8 Å / 粒子像の数: 63445 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.35 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.35 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3439. (DEPOSITION ID: 14566).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 150 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY
原子モデル構築PDB-ID: 4C2M

4c2m


Accession code: 4C2M / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 4.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 4.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数37342 0 7 0 37349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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