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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5g0r | |||||||||
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タイトル | METHYL-COENZYME M REDUCTASE I FROM METHANOTHERMOBACTER MARBURGENSIS EXPOSED TO 3-NITROOXYPROPANOL | |||||||||
![]() | (METHYL-COENZYME M REDUCTASE I SUBUNIT ...) x 3 | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / METHYL-COENZYMEM / METHYL-COENZYMEM REDUCTASE EXPOSED TO 3-NITROOXYPROPANOL / POSTTRANSLATIONAL MODIFICATION / BINDING SITES / CATALYSIS / COENZYMES / DISULFIDES / HYDROGEN / LIGANDS / MESNA / METALLOPORPHYRINS / METHANE / METHANOBACTERIUM / NICKEL / OXIDATION-REDUCTION / OXDOREDUCTASES / PHOSPHOTHREONINE / THIOGLYCINE / 3- NITROOXYPROPANOL / INHIBITOR / GREENHOUSE GAS | |||||||||
機能・相同性 | ![]() coenzyme-B sulfoethylthiotransferase / coenzyme-B sulfoethylthiotransferase activity / methanogenesis / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wagner, T. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Mode of Action Uncovered for the Specific Reduction of Methane Emissions from Ruminants by the Small Molecule 3-Nitrooxypropanol. 著者: Duin, E.C. / Wagner, T. / Shima, S. / Prakash, D. / Cronin, B. / Yanez-Ruiz, D.R. / Duval, S. / Rumbeli, R. / Stemmler, R.T. / Thauer, R.K. / Kindermann, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 846.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 111.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 171.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5a0yS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-METHYL-COENZYME M REDUCTASE I SUBUNIT ... , 3種, 6分子 ADBECF
#1: タンパク質 | 分子量: 60637.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) 由来: (天然) ![]() ![]() 株: MARBURG 参照: UniProt: P11558, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase #2: タンパク質 | 分子量: 47279.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) 由来: (天然) ![]() ![]() 株: MARBURG 参照: UniProt: P11560, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase #3: タンパク質 | 分子量: 28797.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) 由来: (天然) ![]() ![]() 株: MARBURG 参照: UniProt: P11562, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase |
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-非ポリマー , 7種, 2638分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/F43.gif)
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![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-K / | #9: 化合物 | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | RESIDUE 450 IS A DIDEHYDROA |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 25-28 % V/V PEG 400, 300 MM MGCL2, 200 MM NACL AND 100 MM HEPES PH 7.5 CRYSTAL GROWTH AT 8 DEGREE CELSIUS UNDER AEROBIC CONDITION |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97128 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→38.79 Å / Num. obs: 633330 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 9.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.32 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 98.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 5A0Y 解像度: 1.25→38.795 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 10.8 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: CONSIDERING THE RESOLUTION HYDROGEN REFINEMENT MODEL HAS BEEN USED WITH THE RIDING MODE THE INHIBITOR 3-NITROOXYPROPANOL HAS POSSIBLY REDUCED THE NICKEL CENTER AND IS NOW HYDROLYSED IN THE ...詳細: CONSIDERING THE RESOLUTION HYDROGEN REFINEMENT MODEL HAS BEEN USED WITH THE RIDING MODE THE INHIBITOR 3-NITROOXYPROPANOL HAS POSSIBLY REDUCED THE NICKEL CENTER AND IS NOW HYDROLYSED IN THE ACTIVE SITE. SINCE THERE IS A LOW PARTIAL OCCUPANCY OF THE BROKEN COMPOUND (NITRITE AND 1-3-PROPANEDIOL) IN THE ACTIVE SITE, WATER MOLECULE HAVE BEEN PLACED INSTEAD.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→38.795 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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