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- PDB-5g0r: METHYL-COENZYME M REDUCTASE I FROM METHANOTHERMOBACTER MARBURGENS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g0r
タイトルMETHYL-COENZYME M REDUCTASE I FROM METHANOTHERMOBACTER MARBURGENSIS EXPOSED TO 3-NITROOXYPROPANOL
要素(METHYL-COENZYME M REDUCTASE I SUBUNIT ...) x 3
キーワードTRANSFERASE / METHYL-COENZYMEM / METHYL-COENZYMEM REDUCTASE EXPOSED TO 3-NITROOXYPROPANOL / POSTTRANSLATIONAL MODIFICATION / BINDING SITES / CATALYSIS / COENZYMES / DISULFIDES / HYDROGEN / LIGANDS / MESNA / METALLOPORPHYRINS / METHANE / METHANOBACTERIUM / NICKEL / OXIDATION-REDUCTION / OXDOREDUCTASES / PHOSPHOTHREONINE / THIOGLYCINE / 3- NITROOXYPROPANOL / INHIBITOR / GREENHOUSE GAS
機能・相同性
機能・相同性情報


coenzyme-B sulfoethylthiotransferase / coenzyme-B sulfoethylthiotransferase activity / methanogenesis / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methyl-coenzyme M Reductase; Chain B, domain 2 / Methyl-coenzyme M reductase, alpha/beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit / Methyl-coenzyme M Reductase; Chain A, domain 1 / Methyl-coenzyme M Reductase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Plaits - #470 / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 1 / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit superfamily / Methyl-coenzyme M reductase gamma subunit ...Methyl-coenzyme M Reductase; Chain B, domain 2 / Methyl-coenzyme M reductase, alpha/beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit / Methyl-coenzyme M Reductase; Chain A, domain 1 / Methyl-coenzyme M Reductase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Plaits - #470 / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 1 / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit superfamily / Methyl-coenzyme M reductase gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit / Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit, N-terminal / Methyl-coenzyme M reductase beta subunit, C-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase beta subunit, N-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, alpha/beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, ferredoxin-like fold / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 2 / Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit, C-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit, N-terminal domain / Lambda Exonuclease; Chain A / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FACTOR 430 / : / Coenzyme B / Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha / Methyl-coenzyme M reductase I subunit beta / Methyl-coenzyme M reductase I subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種METHANOTHERMOBACTER MARBURGENSIS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Wagner, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Mode of Action Uncovered for the Specific Reduction of Methane Emissions from Ruminants by the Small Molecule 3-Nitrooxypropanol.
著者: Duin, E.C. / Wagner, T. / Shima, S. / Prakash, D. / Cronin, B. / Yanez-Ruiz, D.R. / Duval, S. / Rumbeli, R. / Stemmler, R.T. / Thauer, R.K. / Kindermann, M.
履歴
登録2016年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Database references
改定 1.22016年5月18日Group: Database references
改定 1.32016年6月15日Group: Database references
改定 1.42017年3月29日Group: Non-polymer description
改定 2.02019年4月24日Group: Data collection / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METHYL-COENZYME M REDUCTASE I SUBUNIT ALPHA
B: METHYL-COENZYME M REDUCTASE I SUBUNIT BETA
C: METHYL-COENZYME M REDUCTASE I SUBUNIT GAMMA
D: METHYL-COENZYME M REDUCTASE I SUBUNIT ALPHA
E: METHYL-COENZYME M REDUCTASE I SUBUNIT BETA
F: METHYL-COENZYME M REDUCTASE I SUBUNIT GAMMA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,58135
ポリマ－273,4296
非ポリマー3,15229
水47,0012609
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area54180 Å2
ΔGint-394.5 kcal/mol
Surface area60600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.200, 118.101, 122.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.63003, -0.77475, 0.05315), (-0.77461, -0.63183, -0.02782), (0.05514, -0.02365, -0.9982)40.06858, 79.7606, -65.56581
2given(0.62836, -0.77619, 0.05182), (-0.77603, -0.63008, -0.02781), (0.05424, -0.02274, -0.99827)40.12504, 79.75369, -65.5992
3given(0.62887, -0.77613, 0.04635), (-0.77578, -0.63033, -0.02905), (0.05176, -0.01769, -0.9985)40.10783, 79.74027, -65.68895

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要素

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METHYL-COENZYME M REDUCTASE I SUBUNIT ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 METHYL-COENZYME M REDUCTASE I SUBUNIT ALPHA / MCR I ALPHA / COENZYME-B SULFOETHYLTHIOTRANSFERASE ALPHA / METHYL-COENZYME M REDUCTASE


分子量: 60637.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM)
由来: (天然) METHANOTHERMOBACTER MARBURGENSIS (古細菌)
株: MARBURG
参照: UniProt: P11558, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#2: タンパク質 METHYL-COENZYME M REDUCTASE I SUBUNIT BETA / MCR I BETA / COENZYME-B SULFOETHYLTHIOTRANSFERASE BETA / METHYL-COENZYME M REDUCTASE


分子量: 47279.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM)
由来: (天然) METHANOTHERMOBACTER MARBURGENSIS (古細菌)
株: MARBURG
参照: UniProt: P11560, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#3: タンパク質 METHYL-COENZYME M REDUCTASE I SUBUNIT GAMMA / MCR I GAMMA / COENZYME-B SULFOETHYLTHIOTRANSFERASE GAMMA / METHYL-COENZYME M REDUCTASE


分子量: 28797.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM)
由来: (天然) METHANOTHERMOBACTER MARBURGENSIS (古細菌)
株: MARBURG
参照: UniProt: P11562, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase

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非ポリマー , 7種, 2638分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-F43 / FACTOR 430


分子量: 906.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H51N6NiO13
#6: 化合物 ChemComp-TP7 / Coenzyme B / 7-MERCAPTOHEPTANOYLTHREONINEPHOSPHATE


分子量: 343.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22NO7PS
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細RESIDUE 450 IS A DIDEHYDROASPARTATE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 % / 解説: NONE
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25-28 % V/V PEG 400, 300 MM MGCL2, 200 MM NACL AND 100 MM HEPES PH 7.5 CRYSTAL GROWTH AT 8 DEGREE CELSIUS UNDER AEROBIC CONDITION

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97128
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97128 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→38.79 Å / Num. obs: 633330 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 9.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.25→1.32 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5A0Y

5a0y


解像度: 1.25→38.795 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 10.8 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: CONSIDERING THE RESOLUTION HYDROGEN REFINEMENT MODEL HAS BEEN USED WITH THE RIDING MODE THE INHIBITOR 3-NITROOXYPROPANOL HAS POSSIBLY REDUCED THE NICKEL CENTER AND IS NOW HYDROLYSED IN THE ...詳細: CONSIDERING THE RESOLUTION HYDROGEN REFINEMENT MODEL HAS BEEN USED WITH THE RIDING MODE THE INHIBITOR 3-NITROOXYPROPANOL HAS POSSIBLY REDUCED THE NICKEL CENTER AND IS NOW HYDROLYSED IN THE ACTIVE SITE. SINCE THERE IS A LOW PARTIAL OCCUPANCY OF THE BROKEN COMPOUND (NITRITE AND 1-3-PROPANEDIOL) IN THE ACTIVE SITE, WATER MOLECULE HAVE BEEN PLACED INSTEAD.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1237 31689 5 %
Rwork0.1052 --
obs0.1062 633010 98.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 15.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→38.795 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19135 0 191 2609 21935
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01220400
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.52227838
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0487735
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0683053
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013724
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2499-1.26410.167910150.138719961X-RAY DIFFRACTION98
1.2641-1.2790.164410660.132719852X-RAY DIFFRACTION98
1.279-1.29460.156910380.130419921X-RAY DIFFRACTION98
1.2946-1.3110.156910620.126219917X-RAY DIFFRACTION98
1.311-1.32820.148810180.122119865X-RAY DIFFRACTION98
1.3282-1.34640.14859860.11719846X-RAY DIFFRACTION97
1.3464-1.36570.139810730.110820068X-RAY DIFFRACTION99
1.3657-1.38610.142110810.1120031X-RAY DIFFRACTION99
1.3861-1.40770.143811290.108319927X-RAY DIFFRACTION98
1.4077-1.43080.13710440.102219957X-RAY DIFFRACTION98
1.4308-1.45550.129210580.097719994X-RAY DIFFRACTION98
1.4555-1.48190.132310270.098620012X-RAY DIFFRACTION99
1.4819-1.51040.129610600.096120063X-RAY DIFFRACTION99
1.5104-1.54130.126810040.093819865X-RAY DIFFRACTION98
1.5413-1.57480.11819900.091619899X-RAY DIFFRACTION97
1.5748-1.61140.11510040.0920190X-RAY DIFFRACTION99
1.6114-1.65170.126710790.091820126X-RAY DIFFRACTION99
1.6517-1.69640.122510590.091220068X-RAY DIFFRACTION99
1.6964-1.74630.113910530.090520098X-RAY DIFFRACTION99
1.7463-1.80270.117710690.096820089X-RAY DIFFRACTION99
1.8027-1.86710.126310690.101120153X-RAY DIFFRACTION99
1.8671-1.94180.1210390.101719771X-RAY DIFFRACTION97
1.9418-2.03020.120210980.100620111X-RAY DIFFRACTION99
2.0302-2.13720.114210610.096420199X-RAY DIFFRACTION99
2.1372-2.27110.108911730.093720152X-RAY DIFFRACTION99
2.2711-2.44650.112810580.094220084X-RAY DIFFRACTION99
2.4465-2.69260.114210880.100820082X-RAY DIFFRACTION98
2.6926-3.08210.120510490.112120148X-RAY DIFFRACTION99
3.0821-3.88250.124110860.115420429X-RAY DIFFRACTION100
3.8825-38.81360.122210530.118120443X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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