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- PDB-5g0q: beta-glucuronidase with an activity-based probe (N-alkyl cyclophe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g0q
タイトルbeta-glucuronidase with an activity-based probe (N-alkyl cyclophellitol aziridine) bound
要素BETA-GLUCURONIDASE
キーワードHYDROLASE / GH79 / BETA-GLUCURONIDASE / ACTIVITY-BASED PROBE / RETAINING ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-glucuronidase, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 79 C-terminal beta domain / : / Glycoside hydrolase, family 79 / Glycosyl hydrolase family 79, N-terminal domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Beta-glucuronidase, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 79 C-terminal beta domain / : / Glycoside hydrolase, family 79 / Glycosyl hydrolase family 79, N-terminal domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IF6 / Beta-glucuronidase C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種ACIDOBACTERIUM CAPSULATUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Jin, Y. / Wu, L. / Jiang, J.B. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Activity-based probes for functional interrogation of retaining beta-glucuronidases.
著者: Wu, L. / Jiang, J. / Jin, Y. / Kallemeijn, W.W. / Kuo, C.L. / Artola, M. / Dai, W. / van Elk, C. / van Eijk, M. / van der Marel, G.A. / Codee, J.D.C. / Florea, B.I. / Aerts, J.M.F.G. / ...著者: Wu, L. / Jiang, J. / Jin, Y. / Kallemeijn, W.W. / Kuo, C.L. / Artola, M. / Dai, W. / van Elk, C. / van Eijk, M. / van der Marel, G.A. / Codee, J.D.C. / Florea, B.I. / Aerts, J.M.F.G. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.
履歴
登録2016年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-GLUCURONIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3604
ポリマ－50,8151
非ポリマー5463
水5,296294
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.512, 44.896, 82.216
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 BETA-GLUCURONIDASE


分子量: 50814.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ACIDOBACTERIUM CAPSULATUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: C1F2K5, beta-glucuronidase
#2: 化合物 ChemComp-IF6 / (1R,2S,3R,4S,5S,6R)-7-(8-AZIDOOCTYL)-3,4,5-TRIHYDROXY-


分子量: 361.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H29N4O6
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.77 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.6 / 詳細: 8.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97949
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→42.6 Å / Num. obs: 59263 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3VO0

3vo0


解像度: 1.65→74.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 3.765 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16922 2907 4.9 %RANDOM
Rwork0.12046 ---
obs0.12289 56355 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→74.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3428 0 36 294 3758
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0193562
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8591.964852
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.30837509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.1915455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.55824.013157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.67615502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.951518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2523
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214137
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02835
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8231.7211820
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8231.721821
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4212.5912272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4222.5922273
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0612.1141742
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0592.1131742
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.4783.0132580
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.94615.434208
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.94415.434208
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.23136827
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.578586
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.3656943
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 237 -
Rwork0.259 4072 -
obs--99.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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