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- PDB-4cot: The importance of the Abn2 calcium cluster in the endo-1,5- arabi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cot
タイトルThe importance of the Abn2 calcium cluster in the endo-1,5- arabinanase activity from Bacillus subtilis
要素EXTRACELLULAR ENDO-ALPHA-(1->5)-L-ARABINANASE 2
キーワードHYDROLASE / ENDO-ALPHA-L-ARABINANANASE GH43 / MUTAGENESIS / CATALYTIC MECHANISM
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinanase / arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase activity / arabinan catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Extracellular endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase, C-terminal / C-terminal lipocalin-like domain / Lipocalin - #10 / : / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily ...Extracellular endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase, C-terminal / C-terminal lipocalin-like domain / Lipocalin - #10 / : / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Extracellular endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase 2 / Extracellular endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase 2
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者McVey, C.E. / Ferreira, M.J. / Correia, B. / Lahiri, S. / deSanctis, D. / Carrondo, M.A. / Lindley, P.F. / de Sa-Nogueira, I. / Soares, C.M. / Bento, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2014
タイトル: The Importance of the Abn2 Calcium Cluster in the Endo-1,5-Arabinanase Activity from Bacillus Subtilis.
著者: Mcvey, C.E. / Ferreira, M.J. / Correia, B. / Lahiri, S. / De Sanctis, D. / Carrondo, M.A. / Lindley, P.F. / De Sa Nogueira, I. / Soares, C.M. / Bento, I.
履歴
登録2014年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Atomic model
改定 1.22014年6月4日Group: Database references
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXTRACELLULAR ENDO-ALPHA-(1->5)-L-ARABINANASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8403
ポリマ－52,6591
非ポリマー1812
水5,513306
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.190, 76.552, 58.073
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 EXTRACELLULAR ENDO-ALPHA-(1->5)-L-ARABINANASE 2


分子量: 52658.934 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: 168 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS
参照: UniProt: B3FRL6, UniProt: P42293*PLUS, arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinanase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細H318A MUTANT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.11 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法
詳細: CRYSTALS OF THE H318Q PROTEIN (14 MG/ML) WERE OBTAINED USING THE VAPOUR DIFFUSION METHOD WITH CRYSTALLIZATION CONDITIONS 10 MM NICL2;100 MM TRIS-HCL PH 8.5, AND 20 % PEG 2000 MME.

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.95
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30.16 Å / Num. obs: 31885 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 23.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X8F

2x8f


解像度: 1.9→30.164 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 1621 5.1 %
Rwork0.171 --
obs0.1733 31847 97.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30.164 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3500 0 9 306 3815
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053609
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.934890
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8791321
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037500
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004637
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.95590.26491130.21832279X-RAY DIFFRACTION88
1.9559-2.01910.26981270.20382459X-RAY DIFFRACTION96
2.0191-2.09120.28521160.20582576X-RAY DIFFRACTION99
2.0912-2.17490.26271230.19892569X-RAY DIFFRACTION99
2.1749-2.27390.23881530.18732548X-RAY DIFFRACTION99
2.2739-2.39370.20791340.17982547X-RAY DIFFRACTION99
2.3937-2.54360.24531350.18272576X-RAY DIFFRACTION99
2.5436-2.73990.22751290.19122560X-RAY DIFFRACTION99
2.7399-3.01540.22461530.17692541X-RAY DIFFRACTION99
3.0154-3.45120.22291240.16532570X-RAY DIFFRACTION99
3.4512-4.3460.17461540.152552X-RAY DIFFRACTION99
4.346-30.16730.18951600.14672449X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3579-0.6416-0.60050.6507-0.01770.6608-0.00260.02660.13380.01060.0291-0.1254-0.0750.0377-00.1382-0.0053-0.03030.111-0.0060.14967.30653.17610.9144
20.35470.06590.03550.07220.04840.249-0.6889-1.0624-0.8860.04080.00030.28420.20240.1402-0.56550.24050.2741-0.04140.16850.7273-0.5879-3.3897-9.85533.0608
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 28:350)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 351:469)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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