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万見
- PDB-5fuz: Extending the half-life of a Fab fragment through generation of a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fuz
タイトルExtending the half-life of a Fab fragment through generation of a humanised anti-Human Serum Albumin (HSA) Fv domain: an investigation into the correlation between affinity and serum half-life
要素
  • 645 FAB, HEAVY CHAIN
  • 645 FAB, LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTI-ALBUMIN / FAB FRAGMENT / SERUM HALF-LIFE / FCRN / HUMAN SERUM ALBUMIN
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Adams, R. / Ceska, T.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2016
タイトル: Extending the Half-Life of a Fab Fragment Through Generation of a Humanized Anti-Human Serum Albumin Fv Domain: An Investigation Into the Correlation between Affinity and Serum Half-Life.
著者: Adams, R. / Griffin, L. / Compson, J.E. / Jairaj, M. / Baker, T. / Ceska, T. / West, S. / Zaccheo, O. / Dave, E. / Lawson, A.D.G. / Humphreys, D.P. / Heywood, S.
履歴
登録2016年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 645 FAB, HEAVY CHAIN
L: 645 FAB, LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3212
ポリマ－48,3212
非ポリマー00
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-27.4 kcal/mol
Surface area19430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.210, 111.210, 89.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: 抗体 645 FAB, HEAVY CHAIN


分子量: 24900.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: HUMANISED RABBIT IGG FAB FRAGMENT / 細胞株: CHINESE HAMSTER OVARY
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 645 FAB, LIGHT CHAIN


分子量: 23419.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: HUMANISED RABBIT IGG FAB FRAGMENT / 細胞株: CHINESE HAMSTER OVARY
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細IN-HOUSE DISCOVERED FAB

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 2 M DL-MALIC ACID

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→30 Å / Num. obs: 18151 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 21.5 % / Biso Wilson estimate: 44.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 2.68→2.82 Å / 冗長度: 22.2 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 10.1 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IN-HOUSE FAB

解像度: 2.68→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: CHAIN L RESIDUE 217, AND CHAIN H RESIDUES 223-233 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2509 1790 9.8 %RANDOM
Rwork0.2119 ---
obs0.2119 18142 99.4 %-
溶媒の処理Bsol: 24.7299 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.772 Å20 Å20 Å2
2--5.772 Å20 Å2
3----11.545 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3588 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3299 0 0 37 3336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006779
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.42054
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.68→2.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 190 11.9 %
Rwork0.303 1599 -
obs--99.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR PROTEIN_REP.PARAMA
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR DNA-RNA_REP.PARAMA
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR WATER_REP.PARAMA
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR ION.PARAMA
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR CARBOHYDRATE.PARAMA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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