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万見
- PDB-5fuo: Extending the half-life of a Fab fragment through generation of a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fuo
タイトルExtending the half-life of a Fab fragment through generation of a humanised anti-Human Serum Albumin (HSA) Fv domain: an investigation into the correlation between affinity and serum half-life
要素
  • FAB HEAVY CHAIN
  • FAB LIGHT CHAIN
  • SERUM ALBUMIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTI-ALBUMIN / FAB FRAGMENT / SERUM HALF-LIFE / FCRN / HUMAN SERUM ALBUMIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / cellular response to starvation / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / copper ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular space / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Adams, R. / Ceska, T.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2016
タイトル: Extending the Half-Life of a Fab Fragment Through Generation of a Humanized Anti-Human Serum Albumin Fv Domain: An Investigation Into the Correlation between Affinity and Serum Half-Life.
著者: Adams, R. / Griffin, L. / Compson, J.E. / Jairaj, M. / Baker, T. / Ceska, T. / West, S. / Zaccheo, O. / Dave, E. / Lawson, A.D.G. / Humphreys, D.P. / Heywood, S.
履歴
登録2016年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERUM ALBUMIN
H: FAB HEAVY CHAIN
L: FAB LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,8923
ポリマ－114,8923
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5480 Å2
ΔGint-43.7 kcal/mol
Surface area55800 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)217.640, 217.640, 78.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 SERUM ALBUMIN / FAB645-HSA


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: TESTIS / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P02768
#2: 抗体 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 24900.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: TESTIS / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 23419.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: TESTIS / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
Has protein modificationY
配列の詳細IN-HOUSE DISCOVERED FAB

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.94 % / 解説: NONE
結晶化pH: 1
詳細: 0.1 M CITRIC ACID PH 4.4, 0.1 M DI-SODIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 38% V/V ETHANOL, 5% V/V POLYETHYLENE GLYCOL 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9713
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9713 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.58→30 Å / Num. obs: 46115 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 7.57
反射 シェル解像度: 3.58→3.79 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / % possible all: 86.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4G03 AND FAB WWPDB SUBMISSION CODE 62161

4g03


解像度: 3.6→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: CHAIN A RESIDUES 1-4, 583-585 AND CHAIN H RESIDUES 136-142, 224-233 ARE TOO DISORDERED TO MODEL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2536 2405 9.6 %RANDOM
Rwork0.2151 ---
obs0.2151 24409 97.6 %-
溶媒の処理Bsol: 64.83 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.946 Å20 Å20 Å2
2--13.946 Å20 Å2
3----27.892 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7869 0 0 0 7869
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.010461
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.44231
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.472
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.522.5
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3713 2405 9.6 %
Rwork0.3256 2209 -
obs--97.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR PROTEIN_REP.PARAMA
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR DNA-RNA_REP.PARAMA
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR WATER_REP.PARAMA
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR ION.PARAMA
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR CARBOHYDRATE.PARAMA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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