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- PDB-5fuc: Biophysical and cellular characterisation of a junctional epitope... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fuc
タイトルBiophysical and cellular characterisation of a junctional epitope antibody that locks IL-6 and gp80 together in a stable complex: implications for new therapeutic strategies
要素
  • INTERLEUKIN-6
  • INTERLEUKIN-6 RECEPTOR SUBUNIT ALPHA, INTERLEUKIN-6 RECEPTOR
  • VHH6
キーワードIMMUNE SYSTEM / VHH / IL-6 / IL-6 RECEPTOR ALPHA / IL-6 RECEPTOR BETA / GP80 / ANTIBODY / JUNCTIONAL EPITOPE
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary neurotrophic factor binding / regulation of astrocyte activation / glucagon secretion / positive regulation of interleukin-21 production / regulation of glucagon secretion / hepatic immune response / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / negative regulation of primary miRNA processing / regulation of vascular endothelial growth factor production ...ciliary neurotrophic factor binding / regulation of astrocyte activation / glucagon secretion / positive regulation of interleukin-21 production / regulation of glucagon secretion / hepatic immune response / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / negative regulation of primary miRNA processing / regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / regulation of microglial cell activation / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-6 receptor complex / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / hepatocyte proliferation / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / germinal center B cell differentiation / response to peptidoglycan / neutrophil apoptotic process / positive regulation of extracellular matrix disassembly / interleukin-6 receptor binding / positive regulation of B cell activation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / T-helper 17 cell lineage commitment / inflammatory response to wounding / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / endocrine pancreas development / negative regulation of collagen biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of acute inflammatory response / negative regulation of interleukin-8 production / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / T follicular helper cell differentiation / negative regulation of chemokine production / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of leukocyte chemotaxis / positive regulation of platelet aggregation / neutrophil mediated immunity / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / cytokine receptor activity / cell surface receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of bone resorption / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / CD163 mediating an anti-inflammatory response / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of immunoglobulin production / Interleukin-6 signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / negative regulation of fat cell differentiation / MAPK3 (ERK1) activation / maintenance of blood-brain barrier / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-10 signaling / positive regulation of interleukin-17 production / monocyte chemotaxis / humoral immune response / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of lipid storage / Transcriptional Regulation by VENTX / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of angiogenesis / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of chemokine production / extrinsic apoptotic signaling pathway / response to cytokine / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / liver regeneration / regulation of insulin secretion / response to glucocorticoid / positive regulation of translation / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to activity / cytokine activity / acute-phase response / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Post-translational protein phosphorylation / growth factor activity / neuron cellular homeostasis / cellular response to virus / platelet activation / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to hydrogen peroxide / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cytokine-mediated signaling pathway / neuron projection development
類似検索 - 分子機能
Interleukin-6 / Interleukin-6/G-CSF/MGF family / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding ...Interleukin-6 / Interleukin-6/G-CSF/MGF family / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin 6 receptor / Interleukin-6 / Interleukin-6 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
CAMELUS DROMEDARIUS (ヒトコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Adams, R. / Griffin, R. / Doyle, C. / Ettorre, A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Discovery of a junctional epitope antibody that stabilizes IL-6 and gp80 protein:protein interaction and modulates its downstream signaling.
著者: Adams, R. / Burnley, R.J. / Valenzano, C.R. / Qureshi, O. / Doyle, C. / Lumb, S. / Del Carmen Lopez, M. / Griffin, R. / McMillan, D. / Taylor, R.D. / Meier, C. / Mori, P. / Griffin, L.M. / ...著者: Adams, R. / Burnley, R.J. / Valenzano, C.R. / Qureshi, O. / Doyle, C. / Lumb, S. / Del Carmen Lopez, M. / Griffin, R. / McMillan, D. / Taylor, R.D. / Meier, C. / Mori, P. / Griffin, L.M. / Wernery, U. / Kinne, J. / Rapecki, S. / Baker, T.S. / Lawson, A.D. / Wright, M. / Ettorre, A.
履歴
登録2016年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22019年4月3日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_seq_map_depositor_info ...entity_src_gen / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / reflns_shell / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERLEUKIN-6
B: INTERLEUKIN-6
C: INTERLEUKIN-6 RECEPTOR SUBUNIT ALPHA, INTERLEUKIN-6 RECEPTOR
D: INTERLEUKIN-6 RECEPTOR SUBUNIT ALPHA, INTERLEUKIN-6 RECEPTOR
E: VHH6
V: VHH6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,15110
ポリマ－119,2666
非ポリマー8854
水2,000111
1
A: INTERLEUKIN-6
D: INTERLEUKIN-6 RECEPTOR SUBUNIT ALPHA, INTERLEUKIN-6 RECEPTOR
V: VHH6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0755
ポリマ－59,6333
非ポリマー4422
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-11.2 kcal/mol
Surface area31000 Å2
手法PQS
2
B: INTERLEUKIN-6
C: INTERLEUKIN-6 RECEPTOR SUBUNIT ALPHA, INTERLEUKIN-6 RECEPTOR
E: VHH6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0755
ポリマ－59,6333
非ポリマー4422
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-10.8 kcal/mol
Surface area35330 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)249.030, 67.800, 78.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 INTERLEUKIN-6 / IL-6 / B-CELL STIMULATORY FACTOR 2 / BSF-2 / IFN-BETA-2 / CTL DIFFERENTIATION FACTOR / CDF / ...IL-6 / B-CELL STIMULATORY FACTOR 2 / BSF-2 / IFN-BETA-2 / CTL DIFFERENTIATION FACTOR / CDF / HYBRIDOMA GROWTH FACTOR / INTERFERON BETA-2


分子量: 18982.682 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 49-212 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P05231
#2: タンパク質 INTERLEUKIN-6 RECEPTOR SUBUNIT ALPHA, INTERLEUKIN-6 RECEPTOR / IL-6RA / IL-6R 1 / MEMBRANE GLYCOPROTEIN 80 / GP80


分子量: 25973.068 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 20-33 AND RESIDUES 111-322 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: D6R9R8, UniProt: P08887
#3: 抗体 VHH6


分子量: 14677.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CAMELUS DROMEDARIUS (ヒトコブラクダ)
細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細CYS 192 MUTATED TO SER, CYS 258 MUTATED TO ALA. THE FIRST 19 RESIDUES ARE FROM DOMAIN 1 OF IL-6. ...CYS 192 MUTATED TO SER, CYS 258 MUTATED TO ALA. THE FIRST 19 RESIDUES ARE FROM DOMAIN 1 OF IL-6. THE REST OF THE SEQUENCE IS DOMAIN 3. RENLYFQ IS REMAINDER OF TEV CLEAVAGE SITE VHH6 IS INTERNAL DISCOVERY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M MES, PH 6.5, 14% PEG20K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→50 Å / Num. obs: 18151 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 20.88
反射 シェル解像度: 2.69→2.86 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.97 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1P9M, VHH IN-HOUSE STRUCTURE

1p9m


解像度: 2.7→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE FOLLOWING REGIONS WERE TOO DISORDERED TO MODEL, CHAIN A RESIDUES 52 TO 62, 131 TO 133, CHAIN B RESIDUES 19 AND 20, 132 TO 135, CHAIN C RESIDUES 73 TO 97, 138, 298 TO 303, CHAIN D RESIDUES ...詳細: THE FOLLOWING REGIONS WERE TOO DISORDERED TO MODEL, CHAIN A RESIDUES 52 TO 62, 131 TO 133, CHAIN B RESIDUES 19 AND 20, 132 TO 135, CHAIN C RESIDUES 73 TO 97, 138, 298 TO 303, CHAIN D RESIDUES 73 TO 91, 134 TO 140, 299 TO 303, CHAIN E RESIDUES 1 AND 2, 8 TO 16, 121 TO 132, CHAIN V RESIDUES 125 TO 132
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2872 3461 9.9 %RANDOM
Rwork0.2313 ---
obs0.2313 34870 100 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.764 Å20 Å2-2.079 Å2
2---3.666 Å20 Å2
3---2.902 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7505 0 56 111 7672
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4847 342 9.9 %
Rwork0.4176 3117 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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