PDB-3wco: Crystal structure of the depentamerized mutant of N-terminal trun...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wco

タイトル

Crystal structure of the depentamerized mutant of N-terminal truncated selenocysteine synthase SelA

要素

L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase

キーワード

TRANSFERASE / Fold-type-I pyridoxal 5'-phosphate (PLP) dependent enzyme / homodimer / L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase / selenocysteine synthesis / selenium metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

L-seryl-tRNASec selenium transferase / L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase activity / conversion of seryl-tRNAsec to selenocys-tRNAsec / selenocysteine incorporation / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Itoh, Y. / Sekine, S. / Yokoyama, S.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Dimer-Dimer Interaction of the Bacterial Selenocysteine Synthase SelA Promotes Functional Active-Site Formation and Catalytic Specificity
著者: Itoh, Y. / Brocker, M.J. / Sekine, S. / Soll, D. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2013年5月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月30日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wco.cif.gz	319.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wco.ent.gz	260.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wco.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3wco_validation.pdf.gz	457 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3wco_full_validation.pdf.gz	465.5 KB	表示
XML形式データ	3wco_validation.xml.gz	29.6 KB	表示
CIF形式データ	3wco_validation.cif.gz	40.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/3wco ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/3wco	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3wcnC 3w1iS 3w1h 3w1j 3w1k S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6g84-d 5x7h-d 6hpd-d 4c0f-d 3u1n-1 3wnk-d 2rfk-d 5fuc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase

B: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase

ヘテロ分子

89.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.190, 81.286, 95.537
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.230, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase / Selenocysteine synthase / Sec synthase / Selenocysteinyl-tRNA(Sec) synthase 分子量: 44473.449 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 62-452 / 変異: T191Y, T192Y, D199R, Y220P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: aq_1031, selA / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) 参照: UniProt: O67140, L-seryl-tRNASec selenium transferase
#2: 化合物	ChemComp-THJ / THIOSULFATE 分子量: 112.128 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₃S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100mM sodium MES-HCl, 2.5% PEG4000, 150mM Na2S2O3, 70mM NaNO3, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月25日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 35599 / Num. obs: 35457 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 49.31 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3520 / R_sym value: 0.561 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3W1I

3w1i

解像度: 2.4→41.161 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8229 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2292	1770	5.01 %	Random
R_work	0.1788	-	-	-
obs	0.1813	35363	99.14 %	-
all	-	35670	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 202.3 Å² / B_iso mean: 64.5454 Å² / B_iso min: 25.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→41.161 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6048	0	25	105	6178

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6146
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.147	8265
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	952
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1043
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.996	2393

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4-2.4618	0.289	141	0.2323	2500	2641	97
2.4618-2.5343	0.286	130	0.2219	2560	2690	99
2.5343-2.616	0.3101	140	0.2259	2579	2719	99
2.616-2.7095	0.3247	135	0.2192	2590	2725	100
2.7095-2.818	0.2909	136	0.2159	2579	2715	100
2.818-2.9462	0.285	131	0.2028	2584	2715	100
2.9462-3.1015	0.2369	143	0.1904	2583	2726	100
3.1015-3.2957	0.2822	134	0.1937	2617	2751	100
3.2957-3.5501	0.2448	129	0.1905	2601	2730	100
3.5501-3.9071	0.2301	137	0.1698	2602	2739	100
3.9071-4.4718	0.2146	128	0.1584	2613	2741	100
4.4718-5.6318	0.1966	147	0.1564	2600	2747	99
5.6318-41.1666	0.1703	139	0.1636	2585	2724	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8219	1.4085	0.0683	2.5148	0.7586	0.8867	0.0962	-0.4204	0.0271	0.1578	-0.0775	0.178	-0.0372	-0.111	-0.0299	0.2501	0.0677	-0.0096	0.4824	0.0367	0.2833	11.2802	-21.2595	32.969
2	1.2356	0.0274	0.0104	3.2439	1.2379	2.934	-0.0856	0.2389	-0.386	-0.9058	0.1874	0.0388	-0.0338	-0.0874	-0.1003	0.5945	-0.0163	-0.0012	0.3105	-0.0219	0.4099	18.4325	-31.6489	6.9291
3	1.6113	-0.0931	-1.2108	2.4587	0.7669	3.6928	-0.1677	0.0462	-0.5818	-0.5564	0.2196	-0.1364	0.6707	-0.0515	-0.062	0.6856	-0.0154	0.0023	0.3485	-0.0288	0.5722	21.3876	-43.0367	9.1914
4	2.2892	0.0328	-0.2785	3.2502	0.8545	3.4762	-0.0423	0.0381	-0.5299	-0.4194	0.199	-0.2681	0.4806	0.0107	-0.1043	0.3848	0.0469	-0.0303	0.2601	-0.0369	0.3831	22.2516	-34.866	16.1645
5	1.454	0.325	0.0259	3.7098	0.0868	2.1956	-0.0044	-0.1604	-0.2331	-0.1017	0.0927	-0.2995	-0.2106	0.1009	-0.0972	0.2832	0.063	0.0092	0.3781	-0.0306	0.3226	22.1599	-22.38	23.3114
6	5.5121	0.571	-0.0852	3.3252	-1.318	0.8838	-0.3753	-0.5261	-0.3367	0.8219	0.1559	-0.139	0.0032	-0.0525	-0.0307	0.5105	0.0831	-0.0074	0.5092	0.1339	0.5562	17.1451	-38.0956	34.9658
7	6.8553	-1.5535	-1.6026	2.3775	-0.2068	3.2023	-0.3647	-0.1507	-0.6193	0.2827	-0.0936	0.4077	0.5081	-0.3344	0.0549	0.6075	0.0295	0.0762	0.806	0.3426	0.7085	0.3789	-46.1858	43.6841
8	3.4653	0.1513	-1.2826	2.1224	0.2911	2.6262	-0.0723	0.0381	-0.5759	-0.0888	0.1213	0.451	0.3981	-0.6477	0.0634	0.5044	-0.0446	-0.0308	0.6524	0.2208	0.8615	-3.6262	-44.4737	33.5339
9	5.99	0.5214	0.1029	4.411	-0.05	3.0051	-0.0352	-0.7343	-0.2675	0.0817	0.154	0.8111	-0.0405	-0.9377	0.0803	0.3433	0.0491	-0.0361	0.7673	0.1846	0.7817	-13.314	-30.7098	34.9721
10	4.5949	-1.3071	-0.4832	3.092	0.2987	2.8912	-0.2347	-0.8006	-0.4984	0.1055	0.1035	0.4069	0.0616	-0.4644	0.0323	0.4311	-0.0507	0.0277	0.7228	0.2426	0.7438	-5.9403	-36.7043	38.8997
11	2.6374	1.5398	0.278	2.7669	0.1254	1.0908	0.0056	-0.4747	-0.0111	0.0244	0.0306	0.2252	0.0551	-0.1874	-0.0512	0.3147	0.0934	0.0274	0.4639	0.0318	0.3027	13.868	-17.2702	30.38
12	1.9945	0.3384	0.0559	2.9124	-0.8639	3.2673	-0.0683	0.2079	0.204	-0.9485	0.0206	0.2444	-0.0575	0.0781	-0.006	0.6466	0.0014	-0.0896	0.2891	0.021	0.405	12.5304	-7.3182	8.0655
13	3.2453	0.1577	0.5793	2.1621	-1.1043	2.3849	-0.0418	0.3595	0.6538	-0.8501	-0.0064	0.201	-0.1731	0.1368	0.0637	0.9508	0.0084	-0.0627	0.4417	0.0639	0.6396	14.1508	4.1983	-1.1896
14	2.3149	-0.2433	1.0437	2.2219	-1.3286	2.8523	0.0212	0.0739	0.6477	-0.4905	0.2261	0.5941	-0.7124	0.0256	0.0139	0.7071	0.0619	-0.1209	0.3314	0.0264	0.6833	7.8495	5.2959	9.8047
15	2.2185	-0.2253	0.1206	2.9641	-0.4767	2.9276	-0.0324	-0.2418	0.4316	-0.4173	0.129	0.5905	-0.2205	-0.1066	-0.0661	0.3701	0.0647	-0.0544	0.3523	-0.0137	0.4276	7.5276	-7.2012	18.8006
16	3.9588	0.0336	2.0273	1.5184	1.1063	1.7496	-0.1193	-0.9716	0.632	0.1605	-0.0126	0.2033	-0.2253	-0.2719	0.0954	0.4866	0.1	0.0757	0.6785	-0.26	0.5568	21.1291	3.9933	39.4832
17	3.4972	-0.2174	1.0624	2.7059	0.8453	1.9283	0.0058	-0.4763	0.6073	0.0112	0.156	-0.366	-0.2748	0.1396	-0.0827	0.3874	0.0064	0.0719	0.4948	-0.1581	0.4593	37.0352	0.3148	35.8557

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 61 through 111 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 112 through 217 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 225 through 259 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 260 through 307 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 308 through 332 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 333 through 348 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 349 through 362 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 363 through 399 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 400 through 420 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 421 through 452 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 63 through 123 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 124 through 189 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 190 through 217 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 226 through 259 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 260 through 332 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 333 through 363 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 364 through 452 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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