+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fu5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The complexity of the Ruminococcus flavefaciens cellulosome reflects an expansion in glycan recognition | ||||||
要素 | CBM77-RFPL | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / CELLULOSOME / CARBOHYDRATE BINDING MODULE / RUMINOCCOCUS FLAVEFACIENS / ENDOGLUCANASE CEL5A | ||||||
機能・相同性 | Carbohydrate binding module 77 / Carbohydrate binding module 77 / Cbm77-rfpl 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | RUMINOCOCCUS FLAVEFACIENS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Basle, A. / Luis, A.S. / Venditto, I. / Gilbert, H.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016 タイトル: Complexity of the Ruminococcus Flavefaciens Cellulosome Reflects an Expansion in Glycan Recognition. 著者: Venditto, I. / Luis, A.S. / Rydahl, M. / Schuckel, J. / Fernandes, V.O. / Vidal-Melgosa, S. / Bule, P. / Goyal, A. / Pires, V.M.R. / Dourado, C.G. / Ferreira, L.M.A. / Coutinho, P.M. / ...著者: Venditto, I. / Luis, A.S. / Rydahl, M. / Schuckel, J. / Fernandes, V.O. / Vidal-Melgosa, S. / Bule, P. / Goyal, A. / Pires, V.M.R. / Dourado, C.G. / Ferreira, L.M.A. / Coutinho, P.M. / Henrissat, B. / Knox, J.P. / Basle, A. / Najmudin, S. / Gilbert, H.J. / Willats, W.G.T. / Fontes, C.M.G.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5fu5.cif.gz | 61.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5fu5.ent.gz | 45.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5fu5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5fu5_validation.pdf.gz | 414.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5fu5_full_validation.pdf.gz | 414.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5fu5_validation.xml.gz | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5fu5_validation.cif.gz | 10.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/5fu5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/5fu5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12894.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) RUMINOCOCCUS FLAVEFACIENS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1A9TA81*PLUS |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE SEQUENCE MAPS TO REGION IN GI:497669373 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | 詳細: 100 MM CITRIC ACID PH 3.5 2.0M AMMONIUM SULFATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→43.16 Å / Num. obs: 29090 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 1.2 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 1.5→60.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.448 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ANISOTROPIC BFACTORS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.358 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→60.54 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|