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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fu2 | |||||||||
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タイトル | The complexity of the Ruminococcus flavefaciens cellulosome reflects an expansion in glycan recognition | |||||||||
![]() | CBM74-RFGH5 | |||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / CELLULOSOME / CARBOHYDRATE BINDING MODULE / RUMINOCCOCUS FLAVEFACIENS / ENDOGLUCANASE CEL5A | |||||||||
機能・相同性 | metal ion binding / Carbohydrate binding module![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Basle, A. / Luis, A.S. / Venditto, I. / Gilbert, H.J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Complexity of the Ruminococcus Flavefaciens Cellulosome Reflects an Expansion in Glycan Recognition. 著者: Venditto, I. / Luis, A.S. / Rydahl, M. / Schuckel, J. / Fernandes, V.O. / Vidal-Melgosa, S. / Bule, P. / Goyal, A. / Pires, V.M.R. / Dourado, C.G. / Ferreira, L.M.A. / Coutinho, P.M. / ...著者: Venditto, I. / Luis, A.S. / Rydahl, M. / Schuckel, J. / Fernandes, V.O. / Vidal-Melgosa, S. / Bule, P. / Goyal, A. / Pires, V.M.R. / Dourado, C.G. / Ferreira, L.M.A. / Coutinho, P.M. / Henrissat, B. / Knox, J.P. / Basle, A. / Najmudin, S. / Gilbert, H.J. / Willats, W.G.T. / Fontes, C.M.G.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 103.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 852 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 852.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4d3lC ![]() 4v17C ![]() 4v18C ![]() 4v1bC ![]() 4v1iC ![]() 4v1kC ![]() 4v1lC ![]() 5aosC ![]() 5aotSC ![]() 5fu3C ![]() 5fu4C ![]() 5fu5C C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 11834.903 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-糖 , 2種, 2分子
#2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose |
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#3: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose |
-非ポリマー , 3種, 173分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-CA / | ||
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#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
配列の詳細 | SEQUENCE MAPS TO REGION IN GI:497670283 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 200 MM CACL2 100 MM NA ACETATE PH 5.0 20% W/V PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97959 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→47.27 Å / Num. obs: 36544 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.98 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 5AOT 解像度: 1.4→41.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.972 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ANISOTROPIC BFACTORS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.573 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→41.98 Å
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拘束条件 |
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