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万見
- PDB-5ft9: Arabidopsis thaliana nuclear protein-only RNase P 2 (PRORP2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ft9
タイトルArabidopsis thaliana nuclear protein-only RNase P 2 (PRORP2)
要素PROTEINACEOUS RNASE P 2
キーワードHYDROLASE / PROTEINACEOUS RNASE P / PRORP / PPR / TRNA 5' MATURATION
機能・相同性
機能・相同性情報


sno(s)RNA processing / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / mRNA processing / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11980 / Protein-only RNase P, C-terminal / Protein-only RNase P / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Rossmann fold ...Rossmann fold - #11980 / Protein-only RNase P, C-terminal / Protein-only RNase P / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteinaceous RNase P 2
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Fernandez-Millan, P. / Pinker, F. / Schelcher, C. / Gobert, A. / Giege, P. / Sauter, C.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structures of Arabidopsis Nuclear Rnase P Alone and with tRNA Reveal Plasticities
著者: Pinker, F. / Schelcher, C. / Fernandez-Millan, P. / Gobert, A. / Birck, C. / Roblin, P. / Giege, P. / Sauter, C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Crystallization and Crystallographic Analysis of an Arabidopsis Nuclear Proteinaceous Rnase P.
著者: Pinker, F. / Giege, P. / Sauter, C.
履歴
登録2016年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEINACEOUS RNASE P 2
B: PROTEINACEOUS RNASE P 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,9934
ポリマ－120,8622
非ポリマー1312
水00
1
A: PROTEINACEOUS RNASE P 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4962
ポリマ－60,4311
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PROTEINACEOUS RNASE P 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4962
ポリマ－60,4311
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.500, 72.800, 80.300
Angle α, β, γ (deg.)63.10, 72.20, 78.40
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9138, 0.4062, 0.007688), (0.4062, 0.9138, -0.005994), (-0.00946, -0.002355, -1)
ベクター: 14.62, 12.05, 64.25)

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要素

#1: タンパク質 PROTEINACEOUS RNASE P 2 / PROTEIN-ONLY RNASE P


分子量: 60431.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q680B9, ribonuclease P
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
非ポリマーの詳細ZINC ION (ZN): STRUCTURAL ZINC DOMAIN
配列の詳細ADDITION OF A GLY IN SECOND POSITION AND LEHHHHHH C- TERMINAL TAG FOR AFFINITY PURIFICATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6
詳細: PRORP2 STOCK SOLUTION WAS PREPARED AT 2.5 MG/ML IN 50 MM HEPES-NA PH 7.5, 250 MM NACL, 5%(W/V) GLYCEROL, 1 MM TCEP. PRORP2 WAS CRYSTALLIZED AT 277 K IN 2 MICROLITER MICROBATCH DROPS SET UP ...詳細: PRORP2 STOCK SOLUTION WAS PREPARED AT 2.5 MG/ML IN 50 MM HEPES-NA PH 7.5, 250 MM NACL, 5%(W/V) GLYCEROL, 1 MM TCEP. PRORP2 WAS CRYSTALLIZED AT 277 K IN 2 MICROLITER MICROBATCH DROPS SET UP UNDER PARAFIN OIL BY MIXING 1 VOLUME OF PRORP2 SOLUTION WITH 1 VOLUME OF CRYSTALLANT SOLUTION CONTAINING 200 MM SODIUM MALONATE PH 6, 20% (W/V) PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→35 Å / Num. obs: 23923 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 93.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 3.05→3.23 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4G26

4g26


解像度: 3.05→34.707 Å / SU ML: 0.69 / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 43.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2897 1126 4.8 %
Rwork0.2421 --
obs0.2444 23727 92.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 145.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→34.707 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7442 0 2 0 7444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057598
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14810274
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0922746
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511125
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041315
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.05-3.18880.44571570.40943005X-RAY DIFFRACTION98
3.1888-3.35670.44331450.39543047X-RAY DIFFRACTION98
3.3567-3.56690.47971310.41582888X-RAY DIFFRACTION95
3.5669-3.84190.47821020.35382168X-RAY DIFFRACTION70
3.8419-4.2280.31411190.2742428X-RAY DIFFRACTION79
4.228-4.83830.26371480.19993025X-RAY DIFFRACTION99
4.8383-6.09040.28111560.21263028X-RAY DIFFRACTION99
6.0904-34.70950.19851680.16683012X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.55372.66320.68274.676-0.12323.15980.0713-0.10490.40660.3065-0.2930.1743-0.4557-0.29540.14251.09990.1057-0.12020.7343-0.11350.430334.219939.822526.0876
23.287-1.1105-0.36943.88061.69288.3254-0.3577-0.42680.34451.27520.0352-0.155-0.4312-0.6640.29211.6104-0.1727-0.1611.0313-0.23090.771618.492517.6401-4.9482
32.3748-1.21360.49147.17380.55392.28690.0582-0.03040.18010.135-0.2218-0.47160.01930.06340.14321.0939-0.3491-0.13040.88430.16190.4747-6.358533.452638.1753
44.63890.19830.52092.20170.17454.8473-0.22930.48690.5213-0.64990.1751-0.0050.08840.7820.05661.6613-0.463-0.06021.21120.25210.7761-0.6386.731769.1332
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND ((RESID 28 THROUGH 289 ) OR (RESID 479 THROUGH 515))
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 290 THROUGH 478 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND ((RESID 28 THROUGH 289 ) OR (RESID 479 THROUGH 515))
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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