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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fqc | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM-2 with 2C | |||||||||
要素 | BETA-LACTAMASE | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.449 Å | |||||||||
データ登録者 | Brem, J. / Cain, R. / McDonough, M.A. / Clifton, I.J. / Fishwick, C.W.G. / Schofield, C.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: Structural basis of metallo-beta-lactamase, serine-beta-lactamase and penicillin-binding protein inhibition by cyclic boronates. 著者: Brem, J. / Cain, R. / Cahill, S. / McDonough, M.A. / Clifton, I.J. / Jimenez-Castellanos, J.C. / Avison, M.B. / Spencer, J. / Fishwick, C.W. / Schofield, C.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5fqc.cif.gz | 203.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5fqc.ent.gz | 163.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5fqc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5fqc_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5fqc_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5fqc_validation.xml.gz | 24.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5fqc_validation.cif.gz | 36.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/5fqc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/5fqc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.0989, -0.0067, 0.9951), ベクター: |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 25693.488 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 27-266 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 2C BOUND TO THE ACTIVE SITE / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / プラスミド: OPINF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9K2N0, beta-lactamase |
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-非ポリマー , 5種, 460分子
#2: 化合物 | ChemComp-FMT / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-DMS / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | CLEAVED N-TERMINAL HISTAG |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.9 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M MAGNESIUM FORMATE, 20 % W/V PEG3350, 1 MM TCEP, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月27日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→28.89 Å / Num. obs: 71728 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 14.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.49 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4BZ3 解像度: 1.449→28.886 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.36 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.449→28.886 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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