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- PDB-5fqc: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM-2 with 2C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fqc
タイトルCrystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM-2 with 2C
要素BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Chem-OK3 / beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.449 Å
データ登録者Brem, J. / Cain, R. / McDonough, M.A. / Clifton, I.J. / Fishwick, C.W.G. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis of metallo-beta-lactamase, serine-beta-lactamase and penicillin-binding protein inhibition by cyclic boronates.
著者: Brem, J. / Cain, R. / Cahill, S. / McDonough, M.A. / Clifton, I.J. / Jimenez-Castellanos, J.C. / Avison, M.B. / Spencer, J. / Fishwick, C.W. / Schofield, C.J.
履歴
登録2015年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02019年10月30日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.name ..._chem_comp.formula / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE
B: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,75615
ポリマ－51,3872
非ポリマー1,36913
水8,053447
1
A: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4178
ポリマ－25,6931
非ポリマー7247
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3397
ポリマ－25,6931
非ポリマー6456
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.931, 79.152, 67.135
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 130.16, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2006-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.0989, -0.0067, 0.9951), (0.073, -0.9972, -0.014), (0.9924, 0.0741, -0.0981)
ベクター: -90.3705, -0.6144, 99.2331)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BETA-LACTAMASE / BETA-LACTAMASE VIM-2


分子量: 25693.488 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 27-266 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 2C BOUND TO THE ACTIVE SITE / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / プラスミド: OPINF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9K2N0, beta-lactamase

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非ポリマー , 5種, 460分子

#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-OK3 / (4~{R})-4-[[4-(aminomethyl)phenyl]carbonylamino]-3,3-bis(oxidanyl)-2-oxa-3-boranuidabicyclo[4.4.0]deca-1(10),6,8-triene-10-carboxylic acid


分子量: 357.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18BN2O6
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細CLEAVED N-TERMINAL HISTAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.9 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M MAGNESIUM FORMATE, 20 % W/V PEG3350, 1 MM TCEP, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月27日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→28.89 Å / Num. obs: 71728 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 14.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BZ3

4bz3


解像度: 1.449→28.886 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1845 1975 2.8 %
Rwork0.1547 --
obs0.1555 71728 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.449→28.886 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3465 0 74 447 3986
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0143733
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.415128
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9271304
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094576
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01678
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4492-1.48540.26121340.25114867X-RAY DIFFRACTION97
1.4854-1.52560.26881370.22645007X-RAY DIFFRACTION100
1.5256-1.57050.27481420.21574965X-RAY DIFFRACTION100
1.5705-1.62110.21451420.20725002X-RAY DIFFRACTION100
1.6211-1.67910.23371430.19095006X-RAY DIFFRACTION100
1.6791-1.74630.21821400.17024969X-RAY DIFFRACTION100
1.7463-1.82580.16551430.15655010X-RAY DIFFRACTION100
1.8258-1.9220.17991480.15165009X-RAY DIFFRACTION100
1.922-2.04240.16821360.14365003X-RAY DIFFRACTION100
2.0424-2.20.16531470.13884976X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.42130.18051430.14635003X-RAY DIFFRACTION100
2.4213-2.77150.19781420.14624992X-RAY DIFFRACTION99
2.7715-3.49080.18481400.14134944X-RAY DIFFRACTION98
3.4908-28.89160.15341380.14234992X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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