[日本語] English
万見
- PDB-5fpe: Structure of heat shock-related 70kDA protein 2 with small-molecu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fpe
タイトルStructure of heat shock-related 70kDA protein 2 with small-molecule ligand 1H-1,2,4-triazol-3-amine (AT485) in an alternate binding site.
要素HEAT SHOCK-RELATED 70KDA PROTEIN 2
キーワードCHAPERONE / HEAT SHOCK-RELATED PROTEIN / HEAT SHOCK / HSP70 / HSPA2 / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / FRAGMENT SCREENING / ALTERNATE BINDING SITE / AT485.
機能・相同性
機能・相同性情報


CatSper complex / glycolipid binding / synaptonemal complex disassembly / negative regulation of inclusion body assembly / male meiotic nuclear division / synaptonemal complex / meiotic spindle / male meiosis I / chaperone cofactor-dependent protein refolding / response to unfolded protein ...CatSper complex / glycolipid binding / synaptonemal complex disassembly / negative regulation of inclusion body assembly / male meiotic nuclear division / synaptonemal complex / meiotic spindle / male meiosis I / chaperone cofactor-dependent protein refolding / response to unfolded protein / spermatid development / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Attenuation phase / heat shock protein binding / protein folding chaperone / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / response to cold / Meiotic synapsis / male germ cell nucleus / ATP-dependent protein folding chaperone / tau protein binding / PKR-mediated signaling / disordered domain specific binding / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / spermatogenesis / blood microparticle / positive regulation of protein phosphorylation / enzyme binding / cell surface / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Defensin A-like - #30 / Defensin A-like / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily ...Defensin A-like - #30 / Defensin A-like / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-AMINO-1,2,4-TRIAZOLE / Heat shock-related 70 kDa protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Jhoti, H. / Ludlow, R.F. / Patel, S. / Saini, H.K. / Tickle, I.J. / Verdonk, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Detection of Secondary Binding Sites in Proteins Using Fragment Screening.
著者: Ludlow, R.F. / Verdonk, M.L. / Saini, H.K. / Tickle, I.J. / Jhoti, H.
履歴
登録2015年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HEAT SHOCK-RELATED 70KDA PROTEIN 2
B: HEAT SHOCK-RELATED 70KDA PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1026
ポリマ－84,7662
非ポリマー3364
水16,376909
1
A: HEAT SHOCK-RELATED 70KDA PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5513
ポリマ－42,3831
非ポリマー1682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: HEAT SHOCK-RELATED 70KDA PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5513
ポリマ－42,3831
非ポリマー1682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.860, 94.960, 81.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 HEAT SHOCK-RELATED 70KDA PROTEIN 2 / HEAT SHOCK 70 KDA PROTEIN 2 / HEAT SHOCK-RELATED 70KDA PROTEIN 2


分子量: 42383.000 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 4-386 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54652
#2: 化合物
ChemComp-3TR / 3-AMINO-1,2,4-TRIAZOLE / AMITROLE / アミトロ-ル


分子量: 84.080 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4N4 / コメント: 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 909 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細1H-1,2,4-TRIAZOL-3-AMINE (3TR): ASTEX COMPOUND REGISTRY AT485.
配列の詳細3 EXTRA RESIDUES AT N TERM ARE REMAINS OF HIS TAG AFTER THROMBIN CLEAVAGE. RESIDUES 2-3 DELETED. ...3 EXTRA RESIDUES AT N TERM ARE REMAINS OF HIS TAG AFTER THROMBIN CLEAVAGE. RESIDUES 2-3 DELETED. RESIDUES 386-639 DELETED.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 1.0M NACL, 0.1M TRIS/HCL PH=8, 20.0% W/V PEG 8000. PROTEIN CONC. = 11MG/ML.

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU SATURN CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月6日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→40.8 Å / Num. obs: 53193 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 23.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 1.96→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 84.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CSEARCH位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FPD

5fpd


解像度: 1.96→40.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9152 / SU R Cruickshank DPI: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.205 / SU Rfree Blow DPI: 0.173 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.166
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2329 2621 5.08 %RANDOM
Rwork0.1777 ---
obs0.1805 51605 96.61 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2332 Å20 Å2-0.594 Å2
2--1.7311 Å20 Å2
3----1.9643 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.206 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→40.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5771 0 24 909 6704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0125900HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.057970HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2064SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes154HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes892HARMONIC16
X-RAY DIFFRACTIONt_it5900HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion5.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.79
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion801SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7754SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.01 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2545 144 4.84 %
Rwork0.1867 2831 -
all0.1901 2975 -
obs--75.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1177-0.02440.08590.7491-0.15520.5596-0.0264-0.0513-0.01220.0106-0.0026-0.00740.03580.00490.0289-0.03870.0098-0.0012-0.03680.0033-0.027127.6935-9.25572.7228
20.9107-0.15570.4330.84910.14791.2742-0.0260.06910.1155-0.0967-0.00520.066-0.05050.01330.0311-0.0190.0037-0.0259-0.04370.0189-0.000715.61888.5874-7.9665
32.6718-0.49091.54170.6514-0.03241.4016-0.1474-0.26060.11770.0553-0.00670.024-0.1179-0.14550.1541-0.01910.0193-0.0099-0.0347-0.0018-0.014225.143216.220519.1415
41.2185-0.026-0.08280.7467-0.22880.5988-0.01190.05550.014-0.0088-0.0171-0.0157-0.04380.02220.029-0.0362-0.01130.0031-0.0396-0.0029-0.026252.16020.014838.0686
50.78060.0337-0.50470.86580.0091.3751-0.0075-0.073-0.13430.0985-0.00330.05070.04380.0130.0107-0.0289-0.00820.0251-0.04980.0159-0.004639.9338-17.788748.7475
63.05750.457-1.92170.6183-0.04461.5419-0.1230.269-0.1845-0.0703-0.0675-0.01580.1211-0.14570.1905-0.0298-0.00490.007-0.0327-0.0026-0.003249.5527-25.260921.6303
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|4 - A|188 A|368 - A|384 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|192 - A|231 A|309 - A|367 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|232 - A|308 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|4 - B|188 B|368 - B|384 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ B|192 - B|231 B|309 - B|367 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|232 - B|308 }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る