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- PDB-5foc: Crystal structure of the P.falciparum cytosolic leucyl-tRNA synth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5foc
タイトルCrystal structure of the P.falciparum cytosolic leucyl-tRNA synthetase editing domain (space group P21)
要素LEUCYL-TRNA SYNTHETASE
キーワードLIGASE / P.FALCIPARUM / LEUCINE-TRNA LIGASE (LEURS) ACTIVITY / ATP + L-LEUCINE + TRNA(LEUCINE) GIVES AMP + DIPHOSPHATE + L-LEUCYL-TRNA(LEUCINE) / AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE / PROTEIN BIOSYNTHESIS / NOVEL BORON INHIBITORS OF LEURS
機能・相同性
機能・相同性情報


leucine-tRNA ligase / leucine-tRNA ligase activity / leucyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA deacylase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leucyl-tRNA synthetase, class Ia, archaeal/eukaryotic cytosolic / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia / tRNA synthetases class I (I, L, M and V) / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
leucine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Palencia, A. / Sonoiki, E. / Guo, D. / Ahyong, V. / Dong, C. / Li, X. / Hernandez, V.S. / Gut, J. / Legac, J. / Cooper, R. ...Palencia, A. / Sonoiki, E. / Guo, D. / Ahyong, V. / Dong, C. / Li, X. / Hernandez, V.S. / Gut, J. / Legac, J. / Cooper, R. / Alley, M.R.K. / Freund, Y.R. / DeRisi, J. / Cusack, S. / Rosenthal, P.J.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2016
タイトル: Anti-Malarial Benzoxaboroles Target P. Falciparum Leucyl-tRNA Synthetase.
著者: Sonoiki, E. / Palencia, A. / Guo, D. / Ahyong, V. / Dong, C. / Li, X. / Hernandez, V.S. / Zhang, Y.K. / Choi, W. / Gut, J. / Legac, J. / Cooper, R. / Alley, M.R. / Freund, Y.R. / Derisi, J. / ...著者: Sonoiki, E. / Palencia, A. / Guo, D. / Ahyong, V. / Dong, C. / Li, X. / Hernandez, V.S. / Zhang, Y.K. / Choi, W. / Gut, J. / Legac, J. / Cooper, R. / Alley, M.R. / Freund, Y.R. / Derisi, J. / Cusack, S. / Rosenthal, P.J.
履歴
登録2015年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEUCYL-TRNA SYNTHETASE
B: LEUCYL-TRNA SYNTHETASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,7062
ポリマ－86,7062
非ポリマー00
水6,882382
1
A: LEUCYL-TRNA SYNTHETASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3531
ポリマ－43,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LEUCYL-TRNA SYNTHETASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3531
ポリマ－43,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.600, 53.490, 122.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 LEUCYL-TRNA SYNTHETASE


分子量: 43352.980 Da / 分子数: 2 / 断片: EDITING DOMAIN, UNP RESIDUES 272-687 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DELETION OF RESIDUES 475-519, C273S SUBSTITUTION TO PREVENT DISULFIDE BONDS, GAM INSERTED AT N- TERM EXPRESSION VECTOR
由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
株: 3D7 / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE3 RIL / 参照: UniProt: C6KT64, leucine-tRNA ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 33 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.8
詳細: 0.2 M SODIUM NITRATE (PH 6.8), 20% (W/V) PEG 3350, AND 12% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.91165
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91165 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→15 Å / Num. obs: 110127 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PLASMODIUM KNOWLESI LEURS EDITING DOMAIN

解像度: 1.5→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 7.631 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23408 4943 5 %RANDOM
Rwork0.18282 ---
obs0.18543 94734 99.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.859 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.49 Å20 Å21.07 Å2
2---2.58 Å20 Å2
3---5.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4925 0 0 382 5307
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.025094
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6071.976871
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.082311279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9815615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.91425.935246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.94115992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.349158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2753
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021145
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7432.7292409
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7392.7292408
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4914.1133005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2643.1682685
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.79839958
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free46.9725114
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded21.24210119
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 383 -
Rwork0.368 6882 -
obs--98.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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