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- PDB-5fmk: Bcl-xL with Bak BH3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fmk
タイトルBcl-xL with Bak BH3 complex
要素
  • BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER
  • BCL-XL
キーワードAPOPTOSIS / BCL-XL / BAK / BH3 DOMAIN / BCL-2 FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / limb morphogenesis / apoptotic process in bone marrow cell ...Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / limb morphogenesis / apoptotic process in bone marrow cell / Release of apoptotic factors from the mitochondria / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / positive regulation of mononuclear cell proliferation / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of execution phase of apoptosis / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / fertilization / regulation of growth / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / fibroblast apoptotic process / response to UV-C / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / apoptotic mitochondrial changes / porin activity / response to cycloheximide / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / cellular response to alkaloid / thymocyte apoptotic process / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / pore complex / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / vagina development / germ cell development / BH3 domain binding / B cell homeostasis / positive regulation of proteolysis / negative regulation of anoikis / blood vessel remodeling / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Pyroptosis / cellular response to unfolded protein / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein localization to plasma membrane / animal organ regeneration / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / heat shock protein binding / response to cytokine / negative regulation of autophagy / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / response to gamma radiation / establishment of localization in cell / cellular response to amino acid stimulus / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / cellular response to gamma radiation / : / response to hydrogen peroxide / synaptic vesicle membrane / cellular response to mechanical stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / endocytosis / male gonad development / RAS processing / cellular response to UV / protein-folding chaperone binding / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / neuron apoptotic process / spermatogenesis / nuclear membrane / defense response to virus
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. ...Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 1 / Bcl-2 homologous antagonist/killer
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.731 Å
データ登録者Fairlie, W.D. / Lee, E.F. / Smith, B.J. / Czabotar, P.E. / Colman, P.M.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2016
タイトル: Physiological Restraint of Bak by Bcl-Xl is Essential for Cell Survival.
著者: Lee, E.F. / Grabow, S. / Chappaz, S. / Dewson, G. / Hockings, C. / Kluck, R.M. / Gray, D.H. / Witkowski, M.T. / Evangelista, M. / Pettikiriarachchi, A. / Bouillet, P. / Lane, R.M. / Czabotar, ...著者: Lee, E.F. / Grabow, S. / Chappaz, S. / Dewson, G. / Hockings, C. / Kluck, R.M. / Gray, D.H. / Witkowski, M.T. / Evangelista, M. / Pettikiriarachchi, A. / Bouillet, P. / Lane, R.M. / Czabotar, P.E. / Colman, P.M. / Smith, B.J. / Kile, B.T. / Fairlie, W.D.
履歴
登録2015年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BCL-XL
B: BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1446
ポリマ－21,7752
非ポリマー3684
水2,198122
1
A: BCL-XL
B: BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER
ヘテロ分子

A: BCL-XL
B: BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,28712
ポリマ－43,5514
非ポリマー7378
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area9860 Å2
ΔGint-58.1 kcal/mol
Surface area15040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.668, 55.459, 61.053
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.12, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 BCL-XL / BCL2-L-1 / APOPTOSIS REGULATOR BCL-X


分子量: 17933.959 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-26,83-209 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX6P3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER / APOPTOSIS REGULATOR BAK / BCL-2-LIKE PROTEIN 7 / BCL2-L-7 / BAK


分子量: 3841.312 Da / 分子数: 1 / 断片: BH3 DOMAIN, UNP RESIDUES 63-96 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q16611
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE LACKS THE LARGE LOOP BETWEEN RESIDUES 27-82 AND HAS THE C-TERMINAL TRANSMEMBRANE DOMAIN ...SEQUENCE LACKS THE LARGE LOOP BETWEEN RESIDUES 27-82 AND HAS THE C-TERMINAL TRANSMEMBRANE DOMAIN DELETED SEQUENCE OF PEPTIDES ON COVERS THE BH3 DOMAIN AND SURROUNDING RESIDUES

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.91 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.16M CALCIUM ACETATE, 0.08M SODIUM CACODYLATE, PH6.5, 20% GLYCEROL, 14.4% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95364
検出器タイプ: ADSC Q210R / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95364 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→19.4 Å / Num. obs: 21521 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 35.2
反射 シェル解像度: 1.73→1.81 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.73 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2P1L

2p1l


解像度: 1.731→19.401 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1856 1105 5.1 %RANDOM
Rwork0.1575 ---
obs0.159 21521 99.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.731→19.401 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1365 0 24 122 1511
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.216 Å / Origin y: -11.6307 Å / Origin z: -11.1698 Å
111213212223313233
T0.1067 Å2-0.02 Å20.0039 Å2-0.0972 Å2-0 Å2--0.1378 Å2
L0.6741 °2-0.195 °2-0.3678 °2-0.9503 °20.2357 °2--2.3104 °2
S-0.0287 Å °0.0736 Å °0.0151 Å °-0.0275 Å °-0.0581 Å °-0.0514 Å °0.0009 Å °-0.113 Å °0.0819 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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