PDB-5fm5: Crystal structure of the myomesin:obscurin-like-1 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fm5

タイトル

Crystal structure of the myomesin:obscurin-like-1 complex

要素

MYOMESIN-1
OBSCURIN-LIKE-1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / SARCOMERE / M-BAND / CYTOSKELETAL PROTEIN / PROTEIN COMPLEX / IMMUNOGLOBULIN-LIKE DOMAIN / FIBRONECTIN DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

3M complex / extraocular skeletal muscle development / striated muscle myosin thick filament / protein localization to Golgi apparatus / protein kinase A signaling / cytoskeletal anchor activity / cardiac myofibril assembly / positive regulation of dendrite morphogenesis / M band / structural constituent of muscle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Pernigo, S. / Steiner, R.A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Binding of Myomesin to Obscurin-Like-1 at the Muscle M-Band Provides a Strategy for Isoform-Specific Mechanical Protection.
著者: Pernigo, S. / Fukuzawa, A. / Beedle, A.E. / Holt, M. / Round, A. / Pandini, A. / Garcia-Manyes, S. / Gautel, M. / Steiner, R.A.

履歴

登録	2015年11月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月7日	Group: Database references
改定 1.2	2016年12月28日	Group: Database references
改定 1.3	2017年3月1日	Group: Database references
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fm5.cif.gz	196.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fm5.ent.gz	160.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fm5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5fm5_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fm5_full_validation.pdf.gz	452.5 KB	表示
XML形式データ	5fm5_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	5fm5_validation.cif.gz	25.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/5fm5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/5fm5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5fm4C 5fm8C 2nziS 2wp3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2h0x-d 6a3v-4 5oen-d 2gcs-d 5ljx-d 6a3v-3 6a3v-7 5lk2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (3) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (3) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (3)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (3)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

M: MYOMESIN-1

N: MYOMESIN-1

O: OBSCURIN-LIKE-1

P: OBSCURIN-LIKE-1

73 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.180, 134.380, 68.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.50, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	MYOMESIN-1 / 190 KDA CONNECTIN-ASSOCIATED PROTEIN / 190 KDA TITIN-ASSOCIATED PROTEIN / MYOMESIN FAMILY MEMBER 1 / MYOMESIN 分子量: 25292.723 Da / 分子数: 2 / 断片: MY4-MY5, RESIDUES 510-739 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P52179
#2: タンパク質	OBSCURIN-LIKE-1 分子量: 11218.062 Da / 分子数: 2 / 断片: OL3 (THIRD IG DOMAIN), RESIDUES 251-339 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O75147
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	N-TERMINAL M COMES FROM THE EXPRESSION VECTOR FIRST NINE RESIDUES COME FROM THE EXPRESSION VECTOR

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.2 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 / 詳細: 20% PEG8000, 0.2M MGCL2, 0.1M TRIS-HCL, PH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9778
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月30日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→67.19 Å / Num. obs: 14811 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 3.1→3.18 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0135	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2NZI,2WP3

2nzi

2wp3

解像度: 3.1→75.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 42.922 / SU ML: 0.354 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.413 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25906	747	5 %	RANDOM
R_work	0.21633	-	-	-
obs	0.21849	14049	98.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.542 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.1 Å²	0 Å²	-2.87 Å²
2-	-	-8.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→75.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3468	0	0	84	3552

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	3579
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	3444
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.464	1.965	4852
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.23	3	7948
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.45	5	441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.407	22.662	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.779	15	599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.467	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	510
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3993
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	815
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.372	4.896	1764
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.373	4.894	1763
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.371	7.338	2199
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.221	5.039	1815
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.181 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	43	-
R_work	0.332	1019	-
obs	-	-	98.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6647	-1.353	5.9638	6.4021	-5.2257	14.4604	-0.1245	-0.0935	0.4731	-0.1302	-0.1334	-0.7399	0.1746	0.5787	0.2578	0.142	0.0569	0.0772	0.2521	-0.0837	0.3067	-27.2204	5.6362	-11.7495
2	5.9853	-1.7537	0.8112	8.5826	-0.7028	4.4646	-0.3211	0.0547	0.5908	-0.5752	0.321	-0.2728	-0.4451	-0.1417	0.0002	0.1397	0.0024	0.0409	0.2127	-0.0502	0.2619	-34.2904	7.7771	-13.405
3	14.5557	-7.2009	-3.7413	13.1229	5.479	8.8645	0.2971	0.1176	1.8395	-0.1889	0.19	-0.6156	-0.6589	-0.0436	-0.4871	0.4145	0.0128	-0.0387	0.2486	-0.0924	0.3212	-35.9151	15.7453	-8.4982
4	4.6921	-3.1087	-2.1073	7.965	4.9574	11.3462	-0.0317	-0.8274	-0.1668	0.5448	0.106	-0.825	-0.0803	-0.6554	-0.0743	0.1083	0.0042	-0.0999	0.316	-0.031	0.3021	-31.2334	0.4718	-3.282
5	4.7765	-4.6371	2.1347	12.8312	-2.7221	2.5495	-0.3634	0.038	0.5555	-0.072	0.4663	-0.9032	-0.0704	-0.3407	-0.1029	0.136	-0.0313	0.0398	0.1745	0.0168	0.2786	-35.4742	4.5729	-14.289
6	7.3171	-4.1434	2.1784	6.46	-0.2295	2.5953	0.1662	0.2699	0.0981	-0.8301	0.1132	-0.0507	-0.3503	0.0551	-0.2794	0.1872	-0.0299	0.0641	0.2466	-0.0175	0.1872	-35.1471	6.1354	-18.0737
7	2.2088	1.056	2.4131	35.3981	-0.9055	2.7773	0.0571	0.0375	-0.4651	0.659	0.4166	-0.719	0.0737	0.0941	-0.4738	0.336	0.1087	0.014	0.3651	-0.0597	0.2781	-20.611	-6.0332	-1.679
8	20.7464	-2.4435	4.5744	5.4661	5.5312	8.1323	-0.0361	-0.3232	0.5928	0.111	0.0974	-0.2654	0.1305	-0.0452	-0.0613	0.3953	0.04	-0.0642	0.4107	-0.0466	0.4202	-16.5163	-12.9618	-3.7849
9	4.154	1.4655	-4.5911	11.9994	0.9782	6.1937	0.0869	0.5965	0.009	1.6481	-0.2513	-0.8762	0.859	-0.9221	0.1644	0.9793	-0.033	0.2438	0.5345	-0.0693	0.4668	-18.9025	-30.9654	-16.8086
10	20.7033	5.8758	-30.5593	7.9139	-15.7909	53.282	0.0488	0.0438	0.3319	-0.7392	-0.0313	-0.3256	0.908	0.1632	-0.0174	0.4961	0.1799	-0.0195	0.6718	-0.0728	0.4492	-17.9772	-37.9182	-38.7254
11	12.8086	-4.9975	-5.1143	6.9438	7.2602	15.2524	0.1012	0.543	-0.6548	-0.3351	-0.567	0.524	-0.4329	-0.9045	0.4658	0.2574	-0.0167	-0.0724	0.1006	0.0537	0.3078	-16.333	-59.6542	-15.7502
12	6.2398	-1.7998	-3.819	7.6433	0.5221	8.2298	0.2122	-0.0883	-0.2076	0.167	0.2484	0.2439	-0.3221	-0.1825	-0.4607	0.0709	0.0588	0.0024	0.2298	0.0873	0.2981	-18.1153	-56.6595	-6.7004
13	24.3099	0.8365	11.0924	14.2389	11.8336	14.2911	0.952	1.1754	-2.5867	-1.0829	-0.6978	1.0441	-0.4497	-0.0502	-0.2542	0.4799	0.1443	0.0293	0.449	-0.0036	0.5705	-9.2491	-71.3351	-22.9437
14	6.9263	1.1643	-0.1199	8.957	5.8013	4.0471	0.2868	-0.1251	0.1794	0.5026	-0.4185	-0.1709	0.2099	-0.1535	0.1316	0.1532	0.0023	-0.1198	0.293	0.1372	0.4132	-6.9701	-56.051	-10.8087
15	10.2555	-3.3814	-4.5535	11.7058	-5.7276	6.9597	-0.2428	-0.5638	-1.2075	-0.3848	0.2176	1.1007	0.4109	0.2088	0.0252	0.3014	0.0605	0.0677	0.3967	0.0776	0.4815	-9.0681	-66.9762	-6.8051
16	6.3116	-4.0135	-2.9556	6.7167	0.6058	6.6126	-0.0586	-0.352	0.3399	0.3413	0.2738	0.1639	-0.4089	-0.151	-0.2152	0.0477	0.0337	0.0182	0.1489	0.0454	0.1889	-11.4762	-53.8301	-7.6479
17	8.1973	-6.5853	0.1386	9.4176	-0.7604	4.8369	0.7128	0.9323	-0.2727	-1.2826	-0.6998	0.402	-0.1647	-0.0643	-0.013	0.2461	0.0029	-0.0488	0.2333	-0.0217	0.1858	-9.4035	-56.9516	-16.2837
18	7.5888	-5.0662	-4.8447	19.9122	-4.3738	6.6374	-0.067	-0.2135	0.17	0.6343	0.3582	0.3253	-0.1751	-0.0805	-0.2912	0.3925	-0.0015	0.0177	0.415	0.0236	0.3277	-26.6174	-42.2448	-2.6334
19	3.356	4.6068	-3.6771	22.1907	-20.4136	20.2234	0.0911	-0.0979	-0.8272	1.1877	-1.0349	-1.0991	-1.2638	0.7127	0.9438	0.3263	0.148	-0.0317	0.3451	-0.109	0.3416	-24.9263	-21.713	-15.3519
20	0.5496	0.5889	4.0784	0.6394	4.4085	30.4817	-0.0067	-0.1606	0.0174	-0.0562	-0.141	0.0242	-0.1857	-0.9136	0.1477	0.4718	0.1137	-0.0007	0.6245	-0.0072	0.4862	-24.0669	-13.2007	-38.9812
21	15.0396	11.1515	13.3602	24.1816	6.8076	12.4747	0.2759	-0.2746	-0.3916	0.7367	-0.0318	-0.8598	0.1536	-0.2415	-0.2441	0.2938	0.1436	0.0116	0.4721	0.007	0.3361	-22.0076	-13.0997	-11.4305
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39	0.0863	0.5289	0.1689	5.8176	0.9448	3.8798	-0.0247	-0.0059	0.0893	0.8368	0.4281	0.3684	0.2192	0.3122	-0.4034	0.4208	0.2565	-0.0974	0.3408	0.075	0.4466	-12.2117	-34.2107	-13.6667
40	2.3159	2.3936	-3.0694	10.992	7.5309	17.9701	-0.2583	0.4253	-0.1463	-0.4258	0.4244	-0.3627	0.6293	-0.4561	-0.1661	0.5591	0.1399	-0.09	0.5445	0.0345	0.3399	-18.8232	-48.4242	-30.75

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	M	510 - 524
2	X-RAY DIFFRACTION	2	M	525 - 560
3	X-RAY DIFFRACTION	3	M	561 - 567
4	X-RAY DIFFRACTION	4	M	568 - 578
5	X-RAY DIFFRACTION	5	M	579 - 588
6	X-RAY DIFFRACTION	6	M	589 - 603
7	X-RAY DIFFRACTION	7	M	604 - 610
8	X-RAY DIFFRACTION	8	M	611 - 616
9	X-RAY DIFFRACTION	9	M	617 - 627
10	X-RAY DIFFRACTION	10	M	628 - 632
11	X-RAY DIFFRACTION	11	N	510 - 520
12	X-RAY DIFFRACTION	12	N	521 - 532
13	X-RAY DIFFRACTION	13	N	533 - 539
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	540 - 560
15	X-RAY DIFFRACTION	15	N	561 - 567
16	X-RAY DIFFRACTION	16	N	568 - 588
17	X-RAY DIFFRACTION	17	N	589 - 604
18	X-RAY DIFFRACTION	18	N	605 - 615
19	X-RAY DIFFRACTION	19	N	616 - 627
20	X-RAY DIFFRACTION	20	N	628 - 632
21	X-RAY DIFFRACTION	21	O	243 - 250
22	X-RAY DIFFRACTION	22	O	251 - 256
23	X-RAY DIFFRACTION	23	O	257 - 267
24	X-RAY DIFFRACTION	24	O	268 - 274
25	X-RAY DIFFRACTION	25	O	275 - 288
26	X-RAY DIFFRACTION	26	O	289 - 294
27	X-RAY DIFFRACTION	27	O	295 - 301
28	X-RAY DIFFRACTION	28	O	302 - 314
29	X-RAY DIFFRACTION	29	O	315 - 332
30	X-RAY DIFFRACTION	30	O	333 - 339
31	X-RAY DIFFRACTION	31	P	242 - 251
32	X-RAY DIFFRACTION	32	P	252 - 257
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	P	298 - 303
38	X-RAY DIFFRACTION	38	P	304 - 316
39	X-RAY DIFFRACTION	39	P	317 - 331
40	X-RAY DIFFRACTION	40	P	332 - 339

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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