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- PDB-5ffo: Integrin alpha V beta 6 in complex with pro-TGF-beta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ffo
タイトルIntegrin alpha V beta 6 in complex with pro-TGF-beta
要素
  • Integrin alpha-V
  • Integrin beta-6
  • Transforming growth factor beta-1
キーワードCELL ADHESION / Integrin / TGF-beta
機能・相同性
機能・相同性情報


adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / positive regulation of microglia differentiation / Influenza Virus Induced Apoptosis / frontal suture morphogenesis / negative regulation of skeletal muscle tissue development / regulation of enamel mineralization / regulatory T cell differentiation ...adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / positive regulation of microglia differentiation / Influenza Virus Induced Apoptosis / frontal suture morphogenesis / negative regulation of skeletal muscle tissue development / regulation of enamel mineralization / regulatory T cell differentiation / regulation of cartilage development / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / regulation of blood vessel remodeling / tolerance induction to self antigen / regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / regulation of protein import into nucleus / embryonic liver development / columnar/cuboidal epithelial cell maturation / type III transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of odontogenesis / Langerhans cell differentiation / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / myofibroblast differentiation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of exit from mitosis / extracellular matrix assembly / integrin alphav-beta6 complex / integrin alphav-beta8 complex / hard palate development / transforming growth factor beta production / negative regulation of macrophage cytokine production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / odontoblast differentiation / : / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / opsonin binding / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / integrin alphav-beta1 complex / mammary gland branching involved in thelarche / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / membrane protein intracellular domain proteolysis / heart valve morphogenesis / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / retina vasculature development in camera-type eye / enamel mineralization / extracellular matrix protein binding / response to laminar fluid shear stress / positive regulation of primary miRNA processing / positive regulation of vasculature development / bronchiole development / hyaluronan catabolic process / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / ATP biosynthetic process / Laminin interactions / receptor catabolic process / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of extracellular matrix assembly / lens fiber cell differentiation / negative regulation of extracellular matrix disassembly / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / type II transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / oligodendrocyte development / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / response to salt / germ cell migration / negative regulation of biomineral tissue development / endoderm development / positive regulation of mononuclear cell migration / type I transforming growth factor beta receptor binding / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / positive regulation of chemotaxis / phospholipid homeostasis / negative regulation of lipid transport / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of vascular permeability / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / response to vitamin D / cell-cell junction organization / regulation of phagocytosis / Elastic fibre formation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / transforming growth factor beta binding / response to cholesterol / digestive tract development / negative regulation of interleukin-17 production / surfactant homeostasis / deubiquitinase activator activity / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #970 / Transforming growth factor beta-1 proprotein / Integrin domains. Chain A, domain 2 / Transforming growth factor-beta / Integrin alpha, N-terminal / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related ...Jelly Rolls - #970 / Transforming growth factor beta-1 proprotein / Integrin domains. Chain A, domain 2 / Transforming growth factor-beta / Integrin alpha, N-terminal / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Transforming growth factor beta like domain / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / TGF-beta family profile. / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha cytoplasmic region / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / Cystine-knot cytokine / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Transforming growth factor beta-1 proprotein / Integrin alpha-V / Integrin beta-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Dong, X. / Zhao, B. / Springer, T.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Force interacts with macromolecular structure in activation of TGF-beta.
著者: Dong, X. / Zhao, B. / Iacob, R.E. / Zhu, J. / Koksal, A.C. / Lu, C. / Engen, J.R. / Springer, T.A.
履歴
登録2015年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Database references
改定 1.22017年2月15日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-V
B: Integrin beta-6
C: Transforming growth factor beta-1
D: Transforming growth factor beta-1
E: Integrin alpha-V
F: Integrin beta-6
G: Transforming growth factor beta-1
H: Transforming growth factor beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)368,61640
ポリマ－355,6278
非ポリマー12,98932
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34200 Å2
ΔGint75 kcal/mol
Surface area138500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.440, 91.440, 131.030
Angle α, β, γ (deg.)89.98, 86.25, 89.85
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 3種, 8分子 AEBFCDGH

#1: タンパク質 Integrin alpha-V / Vitronectin receptor subunit alpha


分子量: 65982.922 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 31-627 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAV, MSK8, VNRA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06756
#2: タンパク質 Integrin beta-6


分子量: 28851.707 Da / 分子数: 2 / 断片: Unp residues 128-378 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18564
#3: タンパク質
Transforming growth factor beta-1 / TGF-beta-1


分子量: 41489.371 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 34-390 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFB1, TGFB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01137

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糖 , 8種, 18分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#12: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 19分子

#11: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#13: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 8% PEG8000 0.1M Immidazole / PH範囲: 7.5-8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03318 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03318 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.49→50 Å / Num. obs: 45279 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 3.5→3.64 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.49→45.72 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 27.95 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2774 1116 2.46 %
Rwork0.2236 --
obs0.2257 45279 94.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.49→45.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22945 0 836 5 23786
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00724469
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79833145
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.43514775
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0453786
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044184
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4948-3.65350.30781390.28145647X-RAY DIFFRACTION95
3.6535-3.84560.29441290.28325610X-RAY DIFFRACTION94
3.8456-4.08590.29051350.28895609X-RAY DIFFRACTION94
4.0859-4.40020.35651470.28095430X-RAY DIFFRACTION92
4.4002-4.84080.30771200.25045551X-RAY DIFFRACTION93
4.8408-5.53640.26111380.22585496X-RAY DIFFRACTION93
5.5364-6.95680.31551240.21325485X-RAY DIFFRACTION92
6.9568-27.62760.23281260.16685273X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.20781.23070.63883.4324-1.14184.6346-0.0145-0.22480.5827-0.4781-0.3381-0.87170.45231.8850.32910.84140.8803-0.13772.4760.24412.60285.891-12.773428.0881
20.6045-0.14431.93010.534-0.16676.05720.0497-0.00960.73530.8469-0.3804-0.3132-0.12471.61320.43492.0681-0.0538-0.58933.0336-0.46822.346220.9843-13.421478.5475
32.5677-1.6587-0.52978.59371.51088.18641.79930.22.4533-2.4543-1.50294.3965-0.5156-0.9771-0.50620.8671-0.1914-0.58521.03410.41612.338-25.912-1.121723.2451
45.9439-3.39550.42335.1988-3.07223.59530.82110.8581-0.7611-2.0155-0.62250.33151.18670.3923-0.24892.29820.0296-0.1131.7862-0.42931.4506-21.6655-17.3987-46.163
51.78440.8997-2.88151.07070.30549.66690.17120.89890.7853-1.15740.39190.21330.3524-1.4933-0.50812.49770.5953-0.3392.1728-0.0941.929-44.76785.3811-48.5697
66.8323-0.5789-2.82683.21430.31485.6067-0.18460.7337-1.74870.2339-0.20440.03990.29780.93980.3871.73380.3236-0.56481.5444-0.20471.6575-29.3088-14.6847-11.8844
73.54552.8342-5.02547.7608-3.43338.26370.7824-0.24650.8045-0.4917-0.11170.37870.01780.8212-0.49421.95091.1581-0.47212.2985-0.39481.5946-40.819813.0102-19.7696
84.14121.0825-0.72980.55750.60417.1412-0.00540.42920.7251-0.132-0.48970.8695-0.9027-1.80920.38371.83950.7612-0.1441.5728-0.24721.7493-6.3688-58.3939-26.871
94.1476-1.23750.76172.8021-1.7182.621-0.29571.23760.2808-0.45110.29090.38820.5943-0.465-0.1132.10840.3535-0.34682.8865-0.12422.3933-21.4691-58.958-76.9923
109.8717-2.0624-2.18765.3751.28584.4994-1.07490.8798-0.6311-0.50521.08761.8643-0.8674-1.11270.16682.1365-0.0354-0.57441.52350.17072.557825.6069-46.8526-21.9897
117.48790.2011-0.02675.9341-0.41526.06150.1442-1.6511-1.45071.56610.35250.55340.876-0.5787-0.36081.99730.07130.23151.82320.44011.512721.3391-63.136747.3858
122.92483.2482-3.51963.8854-5.13219.14620.8315-1.1154-0.2951.5704-1.7243-0.7349-2.61680.82010.71942.64710.2881-0.30562.01240.02691.603944.0283-40.199549.8581
136.88792.49171.78283.1124-1.4032.3240.06510.8059-0.37750.10250.2079-0.09840.397-0.2333-0.28182.09720.29030.32021.4558-0.29161.250428.6073-60.797513.4684
144.76781.96190.54531.7955-2.25926.4019-1.02730.1765-1.15340.5810.01590.14320.54040.77281.14291.74120.6372-0.27670.6167-0.49272.45840.5503-32.415720.6862
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:438 )A1 - 438
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 439:594 )A439 - 594
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND ( RESID 113:354 OR RESID 2001:2004 ) )B113 - 354
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND ( RESID 113:354 OR RESID 2001:2004 ) )B2001 - 2004
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND RESID 42:240 )C42 - 240
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND ( RESID 8:41 OR RESID 250:361 ) )C8 - 41
7X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND ( RESID 8:41 OR RESID 250:361 ) )C250 - 361
8X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN D AND RESID 42:240 )D42 - 240
9X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN D AND ( RESID 7:41 OR RESID 256:361 ) )D7 - 41
10X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN D AND ( RESID 7:41 OR RESID 256:361 ) )D256 - 361
11X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN E AND RESID 1:438 )E1 - 438
12X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN E AND RESID 439:591 )E439 - 591
13X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN F AND ( RESID 113:354 OR RESID 2001:2004 ) )F113 - 354
14X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN F AND ( RESID 113:354 OR RESID 2001:2004 ) )F2001 - 2004
15X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN G AND RESID 42:240 )G42 - 240
16X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN G AND ( RESID 10:41 OR RESID 250:361 ) )G10 - 41
17X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN G AND ( RESID 10:41 OR RESID 250:361 ) )G250 - 361
18X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN H AND RESID 42:240 )H42 - 240
19X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN H AND ( RESID 5:41 OR RESID 259:361 ) )H5 - 41
20X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN H AND ( RESID 5:41 OR RESID 259:361 ) )H259 - 361

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る