[日本語] English
万見
- PDB-3qum: Crystal structure of human prostate specific antigen (PSA) in Fab... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qum
タイトルCrystal structure of human prostate specific antigen (PSA) in Fab sandwich with a high affinity and a PCa selective antibody
要素
  • Fab 5D3D11 Heavy Chain
  • Fab 5D3D11 Light Chain
  • Fab 5D5A5 Heavy Chain
  • Fab 5D5A5 Light Chain
  • Prostate-specific antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / kallikrein fold / Prostate-specific antigen / serine protease / negative regulation of angiogenesis / natural post-transductional modification / N-linked and O-linked glycosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


semenogelase / positive regulation of antibacterial peptide production / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / regulation of systemic arterial blood pressure / protein metabolic process / zymogen activation / serine-type peptidase activity / negative regulation of angiogenesis / secretory granule / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 ...semenogelase / positive regulation of antibacterial peptide production / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / regulation of systemic arterial blood pressure / protein metabolic process / zymogen activation / serine-type peptidase activity / negative regulation of angiogenesis / secretory granule / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / protein-containing complex / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Immunoglobulins / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thomsen-Friedenreich antigen / Prostate-specific antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Stura, E.A. / Muller, B.H. / Michel, S. / Ducancel, F.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of human prostate-specific antigen in a sandwich antibody complex.
著者: Stura, E.A. / Muller, B.H. / Bossus, M. / Michel, S. / Jolivet-Reynaud, C. / Ducancel, F.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: In Vitro Affinity Maturation of an Anti-PSA Antibody for Prostate Cancer Diagnostic Assay.
著者: Muller, B.H. / Savatier, A. / L'hostis, G. / Costa, N. / Bossus, M. / Michel, S. / Ott, C. / Becquart, L. / Ruffion, A. / Stura, E.A. / Ducancel, F.
履歴
登録2011年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月21日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
P: Prostate-specific antigen
L: Fab 5D3D11 Light Chain
H: Fab 5D3D11 Heavy Chain
A: Fab 5D5A5 Light Chain
B: Fab 5D5A5 Heavy Chain
Q: Prostate-specific antigen
M: Fab 5D3D11 Light Chain
K: Fab 5D3D11 Heavy Chain
C: Fab 5D5A5 Light Chain
D: Fab 5D5A5 Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,83813
ポリマ－243,40110
非ポリマー6,4373
水1,63991
1
P: Prostate-specific antigen
L: Fab 5D3D11 Light Chain
H: Fab 5D3D11 Heavy Chain
A: Fab 5D5A5 Light Chain
B: Fab 5D5A5 Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,1117
ポリマ－121,7015
非ポリマー3,4102
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
Q: Prostate-specific antigen
M: Fab 5D3D11 Light Chain
K: Fab 5D3D11 Heavy Chain
C: Fab 5D5A5 Light Chain
D: Fab 5D5A5 Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,7276
ポリマ－121,7015
非ポリマー3,0271
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.308, 226.883, 118.694
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
抗体 , 4種, 8分子 LMHKACBD

#2: 抗体 Fab 5D3D11 Light Chain


分子量: 24271.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Fab 5D3D11 Heavy Chain


分子量: 23551.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 Fab 5D5A5 Light Chain


分子量: 24189.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#5: 抗体 Fab 5D5A5 Heavy Chain


分子量: 23565.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 93分子 PQ

#1: タンパク質 Prostate-specific antigen / PSA / Gamma-seminoprotein / Seminin / Kallikrein-3 / P-30 antigen / Semenogelase


分子量: 26122.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07288, semenogelase
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 3種, 3分子

#6: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 3026.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-4DManpa1-3[DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2[DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-6]DManpa1-6]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,15,14/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-2-1-3-4-2-1-3-4-1-3-4-5/a4-b1_a6-o1_b4-c1_c3-d1_c6-h1_d4-e1_e4-f1_f3-g2_h2-i1_h6-l1_i4-j1_j3-k2_l4-m1_m3-n2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}[(6+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / Thomsen-Friedenreich antigen


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: Thomsen-Friedenreich antigen
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGalpNAca1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 3026.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-6DManpa1-3[DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2[DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-6]DManpa1-6]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,15,14/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-2-1-3-4-2-1-3-4-1-3-4-5/a4-b1_a6-o1_b4-c1_c3-d1_c6-h1_d6-e1_e4-f1_f3-g2_h2-i1_h6-l1_i4-j1_j3-k2_l4-m1_m3-n2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}[(6+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.54 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein solution: 20 ul 5D3D11 at 10.7 mg/ml and 10 ul PSA at 5 mg/ml + 31 ul 5D5A5 at 6.7mg/ml in PBS. against a precipitant of 10% PEG 4,000, 20% ethylene glycol, 100 mM Na,K phosphate. ...詳細: Protein solution: 20 ul 5D3D11 at 10.7 mg/ml and 10 ul PSA at 5 mg/ml + 31 ul 5D5A5 at 6.7mg/ml in PBS. against a precipitant of 10% PEG 4,000, 20% ethylene glycol, 100 mM Na,K phosphate. Drops consisted of 1 ul protein + precipitant equilibrated by vapor diffusion. Streak seeding and macro seeding were used, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月17日
詳細: Pt coated mirrors in a Kirkpatrick-Baez (KB) geometry
放射モノクロメーター: diffracting Si (111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→81.65 Å / Num. all: 47764 / Num. obs: 47573 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 83.924 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rsym value: 0.145 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
3.2-3.372.40.7911.768640.5998.8
3.37-3.582.40.5032.865490.3799.3
3.58-3.822.40.3873.861520.27399.6
3.82-4.132.50.1986.257800.15599.9
4.13-4.532.50.09710.352940.08499.9
4.53-5.062.60.07312.848330.06799.9
5.06-5.842.60.06913.542000.0699.9
5.84-7.162.60.06514.735870.06199.8
7.16-10.122.60.06818.627740.07899.6
10.12-81.652.50.07120.415400.05799

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ProDCデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2ZCH, using individual PSA and Fab as independent search models.

2zch


解像度: 3.2→58.965 Å / SU ML: 0.48 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2937 2367 5.05 %RANDOM
Rwork0.1984 ---
obs0.2032 46916 98.18 %-
all-47764 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 68.872 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 73.269 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.2654 Å20 Å2-1.5974 Å2
2---2.5605 Å2-0 Å2
3---0.2951 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→58.965 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17078 0 437 91 17606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01117933
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.62324399
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.4086507
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1082764
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083063
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.26540.40591220.29982348X-RAY DIFFRACTION87
3.2654-3.33640.39531360.27692403X-RAY DIFFRACTION92
3.3364-3.4140.33661310.25122593X-RAY DIFFRACTION96
3.414-3.49940.32811330.23182649X-RAY DIFFRACTION99
3.4994-3.5940.35141540.2442643X-RAY DIFFRACTION100
3.594-3.69970.36431410.27452665X-RAY DIFFRACTION99
3.6997-3.81910.40681310.27692616X-RAY DIFFRACTION100
3.8191-3.95560.30611420.20762711X-RAY DIFFRACTION100
3.9556-4.11390.29731370.18262620X-RAY DIFFRACTION100
4.1139-4.30110.2471520.16422642X-RAY DIFFRACTION100
4.3011-4.52780.26331540.1432657X-RAY DIFFRACTION100
4.5278-4.81130.23351300.14322662X-RAY DIFFRACTION100
4.8113-5.18260.28021510.15432664X-RAY DIFFRACTION100
5.1826-5.70380.25721240.18252698X-RAY DIFFRACTION100
5.7038-6.52820.29261410.21322649X-RAY DIFFRACTION100
6.5282-8.22130.32281400.19142684X-RAY DIFFRACTION100
8.2213-58.97480.23661480.19112645X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る