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- PDB-5hhv: Inhibiting complex IL-17A and IL-17RA interactions with a linear ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hhv
タイトルInhibiting complex IL-17A and IL-17RA interactions with a linear peptide
要素
  • CAT-2000 FAB heavy chain
  • CAT-2000 FAB light chain
  • IL-17A peptide inhibitor
  • Interleukin-17A
キーワードIMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / IL-17 / inflammation / inhibitor / complex crystal structure / IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-16 production / granulocyte migration / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / cell death / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / negative regulation of inflammatory response to wounding / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway ...positive regulation of interleukin-16 production / granulocyte migration / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / cell death / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / negative regulation of inflammatory response to wounding / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway / intestinal epithelial structure maintenance / fibroblast activation / positive regulation of bicellular tight junction assembly / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / keratinocyte proliferation / cellular response to interleukin-1 / defense response to fungus / keratinocyte differentiation / Notch signaling pathway / positive regulation of interleukin-12 production / cytokine activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-6 production / response to wounding / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell-cell signaling / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to Gram-negative bacterium / gene expression / adaptive immune response / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / inflammatory response / protein heterodimerization activity / innate immune response / external side of plasma membrane / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-17, chordata / Interleukin-17 family / Interleukin-17 / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Liu, S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Inhibiting complex IL-17A and IL-17RA interactions with a linear peptide.
著者: Liu, S. / Desharnais, J. / Sahasrabudhe, P.V. / Jin, P. / Li, W. / Oates, B.D. / Shanker, S. / Banker, M.E. / Chrunyk, B.A. / Song, X. / Feng, X. / Griffor, M. / Jimenez, J. / Chen, G. / ...著者: Liu, S. / Desharnais, J. / Sahasrabudhe, P.V. / Jin, P. / Li, W. / Oates, B.D. / Shanker, S. / Banker, M.E. / Chrunyk, B.A. / Song, X. / Feng, X. / Griffor, M. / Jimenez, J. / Chen, G. / Tumelty, D. / Bhat, A. / Bradshaw, C.W. / Woodnutt, G. / Lappe, R.W. / Thorarensen, A. / Qiu, X. / Withka, J.M. / Wood, L.D.
履歴
登録2016年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-17A
B: Interleukin-17A
H: CAT-2000 FAB heavy chain
I: IL-17A peptide inhibitor
L: CAT-2000 FAB light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3815
ポリマ－78,3815
非ポリマー00
水91951
1
A: Interleukin-17A
B: Interleukin-17A
H: CAT-2000 FAB heavy chain
I: IL-17A peptide inhibitor
L: CAT-2000 FAB light chain

A: Interleukin-17A
B: Interleukin-17A
H: CAT-2000 FAB heavy chain
I: IL-17A peptide inhibitor
L: CAT-2000 FAB light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,76310
ポリマ－156,76310
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_647y+1,x-1,-z+21
単位格子
Length a, b, c (Å)110.200, 110.200, 90.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-331-

HOH

21H-332-

HOH

31H-333-

HOH

詳細The biological assemble of the complex consists two IL-17A monomer forming a dimer, two Fab binding to IL-17A dimer and two peptide interacting with IL-17A

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-17A / IL-17A / Cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 8 / CTLA-8


分子量: 14235.937 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 34-155 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL17A, CTLA8, IL17 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q16552
#2: 抗体 CAT-2000 FAB heavy chain


分子量: 25053.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド IL-17A peptide inhibitor


分子量: 1849.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#4: 抗体 CAT-2000 FAB light chain


分子量: 23006.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: .02 mM CdCl2, 0.02 M MgCl2, 0.02 M NiCl2, 0.1 M NaOAc pH=4.2-4.9, and 24-28 % PEG MME 2000
PH範囲: 4.2-4.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→95.43 Å / Num. obs: 32509 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 56.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.46 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
autoPROCデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VXS

2vxs


解像度: 2.2→95.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU R Cruickshank DPI: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.222 / SU Rfree Blow DPI: 0.183 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.188
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2357 1674 5.17 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.1999 32381 99.48 %-
原子変位パラメータBiso mean: 67.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.1587 Å20 Å20 Å2
2---5.1587 Å20 Å2
3---10.3174 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→95.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4188 0 0 51 4239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014302HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.195878HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1393SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes89HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes629HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4302HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.28
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.26
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion571SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4610SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2785 143 5.09 %
Rwork0.2395 2666 -
all0.2414 2809 -
obs--99.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9640.31761.17921.6131-0.01111.05390.22070.0302-0.3829-0.1961-0.1534-0.05390.27280.1272-0.0673-0.02910.1252-0.0151-0.02290.035-0.114590.0432-49.996188.5742
20.6001-0.284-0.08410.3387-0.05111.8683-0.0066-0.05910.06940.10940.02590.0287-0.00960.0274-0.0193-0.05160.0030.0005-0.0498-0.0052-0.0464104.9087-46.9616127.079
31.0778-0.35951.31860.9212-1.7527.5346-0.20520.13140.42450.3188-0.23-0.2122-1.19451.19270.43520.0482-0.1699-0.07370.0532-0.01910.0603113.593-31.0938129.275
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ H|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ L|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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