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- PDB-7k9z: Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k9z
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the Fab fragments of neutralizing antibodies 298 and 52
要素
  • 298 Fab Heavy Chain
  • 298 Fab Light Chain
  • 52 Fab Heavy Chain
  • 52 Fab Light Chain
  • Spike protein S1
キーワードIMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / Receptor Binding Domain / Neutralizing antibodies
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular region / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / positive regulation of viral entry into host cell ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular region / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / positive regulation of viral entry into host cell / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Newton, J.C. / Kucharska, I. / Rujas, E. / Cui, H. / Julien, J.P.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)6280100058 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJ4-169662 カナダ
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Multivalency transforms SARS-CoV-2 antibodies into ultrapotent neutralizers.
著者: Edurne Rujas / Iga Kucharska / Yong Zi Tan / Samir Benlekbir / Hong Cui / Tiantian Zhao / Gregory A Wasney / Patrick Budylowski / Furkan Guvenc / Jocelyn C Newton / Taylor Sicard / Anthony ...著者: Edurne Rujas / Iga Kucharska / Yong Zi Tan / Samir Benlekbir / Hong Cui / Tiantian Zhao / Gregory A Wasney / Patrick Budylowski / Furkan Guvenc / Jocelyn C Newton / Taylor Sicard / Anthony Semesi / Krithika Muthuraman / Amy Nouanesengsy / Clare Burn Aschner / Katherine Prieto / Stephanie A Bueler / Sawsan Youssef / Sindy Liao-Chan / Jacob Glanville / Natasha Christie-Holmes / Samira Mubareka / Scott D Gray-Owen / John L Rubinstein / Bebhinn Treanor / Jean-Philippe Julien /
要旨: SARS-CoV-2, the virus responsible for COVID-19, has caused a global pandemic. Antibodies can be powerful biotherapeutics to fight viral infections. Here, we use the human apoferritin protomer as a ...SARS-CoV-2, the virus responsible for COVID-19, has caused a global pandemic. Antibodies can be powerful biotherapeutics to fight viral infections. Here, we use the human apoferritin protomer as a modular subunit to drive oligomerization of antibody fragments and transform antibodies targeting SARS-CoV-2 into exceptionally potent neutralizers. Using this platform, half-maximal inhibitory concentration (IC) values as low as 9 × 10 M are achieved as a result of up to 10,000-fold potency enhancements compared to corresponding IgGs. Combination of three different antibody specificities and the fragment crystallizable (Fc) domain on a single multivalent molecule conferred the ability to overcome viral sequence variability together with outstanding potency and IgG-like bioavailability. The MULTi-specific, multi-Affinity antiBODY (Multabody or MB) platform thus uniquely leverages binding avidity together with multi-specificity to deliver ultrapotent and broad neutralizers against SARS-CoV-2. The modularity of the platform also makes it relevant for rapid evaluation against other infectious diseases of global health importance. Neutralizing antibodies are a promising therapeutic for SARS-CoV-2.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Multivalency transforms SARS-CoV-2 antibodies into broad and ultrapotent neutralizers
著者: Rujas, E. / Kucharska, I. / Tan, Y.Z. / Benlekbir, S. / Cui, H. / Zhao, T. / Wasney, G. / Budylowski, P. / Guvenc, F. / Newton, J.C. / Sicard, T. / Semesi, A. / Muthuraman, K. / Nouanesengsy, ...著者: Rujas, E. / Kucharska, I. / Tan, Y.Z. / Benlekbir, S. / Cui, H. / Zhao, T. / Wasney, G. / Budylowski, P. / Guvenc, F. / Newton, J.C. / Sicard, T. / Semesi, A. / Muthuraman, K. / Nouanesengsy, A. / Prieto, K. / Bueler, S.A. / Youssef, S. / Liao-Chan, S. / Glanville, J. / Christie-Holmes, N. / Mubareka, S. / Gray-Owen, S.D. / Rubinstein, J.L. / Treanor, B. / Julien, J.P.
履歴
登録2020年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / entity_name_com / Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name
改定 1.22021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.classification
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 52 Fab Heavy Chain
L: 52 Fab Light Chain
A: 298 Fab Light Chain
B: 298 Fab Heavy Chain
E: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,0136
ポリマ－119,7925
非ポリマー2211
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10640 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area47550 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)87.617, 87.617, 325.096
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

-
抗体 , 4種, 4分子 HLAB

#1: 抗体 52 Fab Heavy Chain


分子量: 23277.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 52 Fab Light Chain


分子量: 23227.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 298 Fab Light Chain


分子量: 24227.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 298 Fab Heavy Chain


分子量: 23245.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 E

#5: タンパク質 Spike protein S1 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein / Spike glycoprotein


分子量: 25813.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% (w/v) 2-propanol, 20% (w/v) PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03317 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→39.66 Å / Num. obs: 31545 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.7 % / Biso Wilson estimate: 78.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.95→3.05 Å / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.742 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3060 / CC1/2: 0.863 / Rpim(I) all: 0.201 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XPREP2015/1データ削減
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDS0.94データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DN3, 5CZX, 6XDG

4dn3

5czx

6xdg


解像度: 2.95→39.61 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2871 1602 5.1 %
Rwork0.2612 29820 -
obs0.2625 31422 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 204.78 Å2 / Biso mean: 103.9794 Å2 / Biso min: 70.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→39.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8047 0 14 0 8061
Biso mean--113.13 --
残基数----1057
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.95-3.040.46171730.41492594276798
3.04-3.150.35051330.37472632276598
3.15-3.280.35211360.36282638277499
3.28-3.430.35791130.33882673278699
3.43-3.610.35761310.32662683281499
3.61-3.830.36321650.30592687285299
3.83-4.130.2881280.277327112839100
4.13-4.540.30541870.235426982885100
4.54-5.20.23991430.210327522895100
5.2-6.540.27391420.233727882930100
6.54-39.610.21051510.21429643115100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1157-0.9879-0.87547.17153.46983.1083-0.2859-0.05380.3357-0.35210.4456-0.2342-0.60770.125-0.16580.9105-0.2353-0.04251.84-0.17730.6253-9.1066-17.990956.7941
21.43580.82881.18972.90321.41212.0438-0.13580.00630.30610.4520.05950.133-0.664-0.41510.03741.1359-0.0182-0.03751.6808-0.07940.5269-16.8922-16.413560.075
31.7497-0.12820.1557.2407-1.1055.6143-0.3716-0.37020.28610.39790.1995-0.3454-1.763-0.0750.15761.3365-0.0898-0.25791.7504-0.23430.7611-4.0835-14.661491.2993
40.261-0.6179-0.34321.83150.86940.7793-0.3027-0.28210.1403-0.41840.5144-0.3884-0.3777-0.038-0.31391.9401-0.6224-0.29561.98120.12951.01324.7442-11.520592.4936
53.2173-0.39552.17781.8835-1.46982.9283-0.0348-0.433-0.02830.41410.12060.39720.2802-0.8507-0.01640.89830.04190.07951.9648-0.10960.4463-26.9571-34.259870.5023
60.35660.0667-0.08551.35250.56481.6887-0.0751-0.2442-0.15640.3253-0.36390.0268-0.4236-0.48540.15770.766-0.06120.08162.42-0.321-0.2496-19.8671-35.477471.6878
72.7177-0.0140.04993.58860.10372.197-0.2636-0.3740.31330.3687-0.03630.1317-1.3174-1.31860.29471.45310.346-0.27992.0211-0.14740.6914-13.9663-14.071997.0331
85.05181.16120.72680.33260.5494.2483-0.0295-0.15580.76520.2966-0.72810.8958-1.3681-1.77310.74141.64450.3884-0.08252.145-0.33180.7879-17.9666-15.439998.0823
94.12420.8855-0.00323.61680.6174.35070.0317-0.45450.05830.0932-0.45110.45060.3554-0.35440.44090.98170.0343-0.02831.3912-0.15170.433-21.3121-48.916618.4523
100.203-0.403-0.27210.73550.91982.08210.0041-0.1248-0.0672-0.2386-0.1565-0.1417-0.1179-0.02590.19031.0290.06810.0821.2441-0.03650.4294-1.9984-47.65890.7251
116.81210.07971.05152.12520.65680.47610.31310.2198-0.1857-0.2257-0.103-0.4019-0.5708-0.0991-0.24711.21270.3220.11581.26190.01740.50476.1672-53.1717-7.9075
121.21971.0121.16522.8244-1.08023.22940.1268-0.11390.35150.0433-0.49320.0345-0.88330.05080.361.04420.02590.00031.7495-0.11550.5088-6.4661-30.498623.9246
133.5991.2838-3.36992.2730.34095.51-0.054-0.6420.1484-0.1424-0.2550.1015-0.38840.75390.30710.9545-0.044-0.131.7675-0.06020.4795-4.3782-34.651925.7139
144.21770.06891.7822.0327-0.27652.6295-0.0038-0.19010.2276-0.76430.1383-0.2925-1.19170.1195-0.15851.45030.10450.05591.368-0.11530.53323.551-35.6039-7.6371
157.234-1.4571-1.13534.5937-0.5481.6651-0.2612-1.44870.79020.34690.41950.2533-1.07470.5754-0.21741.18830.09950.051.7064-0.16010.6145-41.7227-14.874651.7127
164.1551-1.2292-2.07112.08020.02057.3294-0.7146-1.29030.12990.7914-0.08410.1466-0.55050.55560.56050.84970.11970.05511.7417-0.09770.6213-46.2223-19.736456.8371
173.4953-0.4362-2.80550.35920.01157.6835-0.3245-0.53160.35260.3385-0.02190.4892-0.8427-0.75540.38750.90280.24640.03971.2482-0.05690.7418-53.953-14.396843.1879
181.46410.33041.00232.4202-1.699.5985-0.1671-0.62350.33130.23350.35750.44310.0068-1.265-0.1290.72480.1640.0622.1815-0.12750.5423-57.4894-23.54548.6948
192.53381.04590.45155.5564-0.9330.36490.241-0.00780.0718-0.3642-0.08590.0727-0.4225-0.1659-0.23870.8630.0710.00391.5993-0.11190.3892-41.9369-26.345942.5731
201.103-0.4271-0.10580.26610.59183.27730.15580.27790.4795-0.41220.2532-0.2133-1.19240.4974-0.08140.9091-0.0298-0.13952.4517-0.11660.2124-27.9806-24.119540.0531
211.6028-0.5842-0.64850.35480.57011.2285-0.2136-0.0729-0.13260.1840.0930.44580.47040.51940.06540.76130.18220.04252.1457-0.1226-0.0529-27.9514-37.213746.9098
221.34930.1084-1.09881.64982.14163.89180.011-0.1213-0.1879-0.4385-0.1852-0.05480.13440.6940.10570.84790.07210.03832.0979-0.16360.3544-17.9778-34.805540.9053
233.66260.2074-1.48981.83970.81961.07610.0684-0.03180.6072-0.5379-0.051-0.6402-0.1680.5246-0.07960.9773-0.0547-0.02732.0052-0.07730.4114-38.5722-19.661238.357
240.32850.64570.09352.0362-1.67724.6082-0.1747-0.9059-0.31120.68160.56020.3702-1.3952-0.8631-0.33441.04460.08290.21372.11920.03020.6172-56.073-24.393262.1991
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 32 )H1 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 33 through 119 )H33 - 119
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 120 through 188 )H120 - 188
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 189 through 213 )H189 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 0 through 38 )L0 - 38
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 39 through 115 )L39 - 115
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 116 through 150 )L116 - 150
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 151 through 211 )L151 - 211
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1 through 90 )A1 - 90
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 91 through 139 )A91 - 139
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 140 through 214 )A140 - 214
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 2 through 40 )B2 - 40
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 41 through 119 )B41 - 119
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 120 through 216 )B120 - 216
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 333 through 352 )E333 - 352
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 353 through 364 )E353 - 364
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 365 through 375 )E365 - 375
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 376 through 393 )E376 - 393
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 394 through 442 )E394 - 442
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 443 through 459 )E443 - 459
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 460 through 479 )E460 - 479
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 480 through 494 )E480 - 494
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 495 through 516 )E495 - 516
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 517 through 527 )E517 - 527

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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