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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5feh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PCT64_35B, a broadly neutralizing anti-HIV antibody | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / HIV / broadly neutralizing antibody / V1/V2 | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Murrell, S. / Wilson, I.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: HIV Envelope Glycoform Heterogeneity and Localized Diversity Govern the Initiation and Maturation of a V2 Apex Broadly Neutralizing Antibody Lineage. 著者: Elise Landais / Ben Murrell / Bryan Briney / Sasha Murrell / Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Alejandra Ramos / Lalinda Wickramasinghe / Melissa Laird Smith / Kemal Eren / Natalia de ...著者: Elise Landais / Ben Murrell / Bryan Briney / Sasha Murrell / Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Alejandra Ramos / Lalinda Wickramasinghe / Melissa Laird Smith / Kemal Eren / Natalia de Val / Mengyu Wu / Audrey Cappelletti / Jeffrey Umotoy / Yolanda Lie / Terri Wrin / Paul Algate / Po-Ying Chan-Hui / Etienne Karita / / / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Dennis R Burton / Davey Smith / Sergei L Kosakovsky Pond / Pascal Poignard / ![]() ![]() ![]() 要旨: Understanding how broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV envelope (Env) develop during natural infection can help guide the rational design of an HIV vaccine. Here, we described a bnAb ...Understanding how broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV envelope (Env) develop during natural infection can help guide the rational design of an HIV vaccine. Here, we described a bnAb lineage targeting the Env V2 apex and the Ab-Env co-evolution that led to development of neutralization breadth. The lineage Abs bore an anionic heavy chain complementarity-determining region 3 (CDRH3) of 25 amino acids, among the shortest known for this class of Abs, and achieved breadth with only 10% nucleotide somatic hypermutation and no insertions or deletions. The data suggested a role for Env glycoform heterogeneity in the activation of the lineage germline B cell. Finally, we showed that localized diversity at key V2 epitope residues drove bnAb maturation toward breadth, mirroring the Env evolution pattern described for another donor who developed V2-apex targeting bnAbs. Overall, these findings suggest potential strategies for vaccine approaches based on germline-targeting and serial immunogen design. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 493.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 410.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 487.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 501.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23549.037 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 26399.561 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.68 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: ammonium sulfate, ethylene glycol, PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→48.892 Å / Num. obs: 35800 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.17 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1DFB 解像度: 3.1→48.892 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.33 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.892 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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