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- PDB-5feh: Crystal structure of PCT64_35B, a broadly neutralizing anti-HIV a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5feh
タイトルCrystal structure of PCT64_35B, a broadly neutralizing anti-HIV antibody
要素
  • PCT64_26 Fab heavy chain
  • PCT64_26 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV / broadly neutralizing antibody / V1/V2
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Murrell, S. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Immunity / : 2017
タイトル: HIV Envelope Glycoform Heterogeneity and Localized Diversity Govern the Initiation and Maturation of a V2 Apex Broadly Neutralizing Antibody Lineage.
著者: Elise Landais / Ben Murrell / Bryan Briney / Sasha Murrell / Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Alejandra Ramos / Lalinda Wickramasinghe / Melissa Laird Smith / Kemal Eren / Natalia de ...著者: Elise Landais / Ben Murrell / Bryan Briney / Sasha Murrell / Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Alejandra Ramos / Lalinda Wickramasinghe / Melissa Laird Smith / Kemal Eren / Natalia de Val / Mengyu Wu / Audrey Cappelletti / Jeffrey Umotoy / Yolanda Lie / Terri Wrin / Paul Algate / Po-Ying Chan-Hui / Etienne Karita / / / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Dennis R Burton / Davey Smith / Sergei L Kosakovsky Pond / Pascal Poignard /
要旨: Understanding how broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV envelope (Env) develop during natural infection can help guide the rational design of an HIV vaccine. Here, we described a bnAb ...Understanding how broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV envelope (Env) develop during natural infection can help guide the rational design of an HIV vaccine. Here, we described a bnAb lineage targeting the Env V2 apex and the Ab-Env co-evolution that led to development of neutralization breadth. The lineage Abs bore an anionic heavy chain complementarity-determining region 3 (CDRH3) of 25 amino acids, among the shortest known for this class of Abs, and achieved breadth with only 10% nucleotide somatic hypermutation and no insertions or deletions. The data suggested a role for Env glycoform heterogeneity in the activation of the lineage germline B cell. Finally, we showed that localized diversity at key V2 epitope residues drove bnAb maturation toward breadth, mirroring the Env evolution pattern described for another donor who developed V2-apex targeting bnAbs. Overall, these findings suggest potential strategies for vaccine approaches based on germline-targeting and serial immunogen design.
履歴
登録2015年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PCT64_26 Fab light chain
B: PCT64_26 Fab heavy chain
C: PCT64_26 Fab light chain
D: PCT64_26 Fab heavy chain
E: PCT64_26 Fab light chain
F: PCT64_26 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,0048
ポリマ-149,8466
非ポリマー1582
543
1
A: PCT64_26 Fab light chain
B: PCT64_26 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0453
ポリマ-49,9492
非ポリマー961
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19490 Å2
手法PISA
2
C: PCT64_26 Fab light chain
D: PCT64_26 Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9492
ポリマ-49,9492
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20210 Å2
手法PISA
3
E: PCT64_26 Fab light chain
F: PCT64_26 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0113
ポリマ-49,9492
非ポリマー621
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area21030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.525, 135.525, 353.602
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: 抗体 PCT64_26 Fab light chain


分子量: 23549.037 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 PCT64_26 Fab heavy chain


分子量: 26399.561 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.68 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: ammonium sulfate, ethylene glycol, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→48.892 Å / Num. obs: 35800 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.17 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DFB
解像度: 3.1→48.892 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 1810 5.07 %
Rwork0.2592 --
obs0.2602 35719 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.892 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9667 0 9 3 9679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049902
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76513453
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4233604
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471503
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051721
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.17970.36641280.34642527X-RAY DIFFRACTION99
3.1797-3.27330.34721720.33792521X-RAY DIFFRACTION100
3.2733-3.37890.3471550.31642548X-RAY DIFFRACTION100
3.3789-3.49960.29261200.29412580X-RAY DIFFRACTION100
3.4996-3.63970.30561430.28122524X-RAY DIFFRACTION98
3.6397-3.80530.2791110.28022613X-RAY DIFFRACTION100
3.8053-4.00580.24991450.27242584X-RAY DIFFRACTION100
4.0058-4.25670.31741480.25132593X-RAY DIFFRACTION100
4.2567-4.58510.24131410.21532591X-RAY DIFFRACTION100
4.5851-5.04610.26071310.21162607X-RAY DIFFRACTION99
5.0461-5.77530.24581420.22982639X-RAY DIFFRACTION100
5.7753-7.27240.26191390.26282682X-RAY DIFFRACTION99
7.2724-48.89780.24391350.23572900X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.38160.1097-0.04830.2164-0.00620.3422-0.05540.1393-0.0663-0.2044-0.0787-0.08130.12690.19060.07770.60630.2465-0.12290.4585-0.00150.5511-36.3504-53.8113-33.0476
20.2607-0.06370.02760.25820.05890.52840.1279-0.0219-0.44880.08460.12910.15160.49460.0974-0.19750.8420.2197-0.1780.3727-0.0790.71-37.7663-65.206-33.4253
30.95380.1414-0.64920.0258-0.05851.03330.07450.3484-0.0543-0.0979-0.02550.04670.10160.12650.00090.69920.3026-0.2310.4031-0.10980.4954-40.2439-60.7036-39.0942
40.46430.29930.15010.3547-0.2240.58020.09820.3155-0.3519-0.2320.130.23170.50330.1357-0.13350.75760.4802-0.07190.48560.03380.3905-35.5842-61.8146-31.0442
51.4206-1.61850.27274.2566-0.06381.2657-0.0597-0.00210.02540.23040.1142-0.09540.01310.0685-0.01940.61960.2692-0.01610.29790.0530.3284-39.5214-44.215-20.5066
66.45991.41621.56923.49690.87436.40040.18970.23040.41590.5334-0.1455-0.77280.01080.8693-0.03050.33430.1785-0.07950.36740.03690.6921-21.7973-39.2574-9.5097
77.35456.45530.31496.22271.97785.2019-0.11890.54891.3726-0.18230.3214-0.6188-0.25230.879-0.27150.44370.1240.18490.72290.17871.0493-15.3893-37.1634-16.2757
81.92081.54191.43535.923-0.45555.0810.02380.64960.4020.33880.0085-0.9646-0.25970.9473-0.04680.39970.16290.00780.38490.04320.6852-21.6249-39.2575-11.549
92.00470.02357.35668.51160.94886.7849-0.8501-0.05532.20820.2760.2039-0.9567-1.0660.43130.77330.41030.10060.10840.61950.11240.8837-23.9893-29.2335-11.0462
108.36271.63522.70411.1937-0.57282.50520.2705-0.1473-1.8165-0.8024-0.00060.01791.1969-0.0639-0.32721.13020.5933-0.12250.80940.10920.7479-22.5719-73.6017-20.0204
111.3317-0.61340.16410.3319-0.23960.76890.01470.3078-1.365-0.7562-0.22810.61741.13350.1469-0.23251.05781.8006-0.8070.01740.77850.3378-19.6747-72.6633-22.642
126.98783.7482-3.27485.3371.43454.60220.12671.16831.365-0.8272-0.40770.9228-0.8407-0.55290.2380.87370.1415-0.21240.84890.20230.5129-25.7734-38.2408-0.1896
133.015-0.55040.36413.6925-1.17231.507-0.0973-0.43190.33170.99320.0692-0.1506-0.16140.44750.02010.51530.4204-0.04870.49350.03850.3861-24.3532-50.1022-0.487
140.5870.11740.14340.6448-0.2670.19450.2386-0.0291-0.0197-0.0230.23180.96450.1202-0.692-0.23640.6283-0.3064-0.1580.99940.24710.8979-20.8102-103.879715.6973
151.11410.14960.01160.74430.05760.70580.026-0.0312-0.1759-0.14110.24530.76880.518-0.6956-0.14070.4062-0.1424-0.20330.56640.23130.7121-13.8317-100.468213.1903
161.63580.03210.07934.96150.33182.6805-0.11380.23080.51340.03440.15540.0812-0.39140.0067-0.04360.22890.0656-0.07920.16850.09860.33547.9259-80.79910.8916
175.56593.81320.2915.01222.88976.59960.6139-0.54970.59221.22630.0922-0.2989-0.49910.336-0.56990.8372-0.0735-0.11940.26010.07490.56166.3064-77.357420.1533
183.63081.82780.45776.98040.58083.1634-0.04450.50560.3177-0.05930.1096-0.0556-0.12240.2216-0.08120.1987-0.0101-0.08050.20360.05580.25669.9674-82.127513.4948
190.54920.1035-0.25050.382-0.28180.22320.2754-0.1067-0.1233-0.27040.13691.03150.3396-0.8337-0.22220.65410.2044-0.12891.18990.31851.3996-31.6114-83.49948.8373
201.3197-0.2692-0.162.648-0.33511.8750.06480.0809-0.3615-0.4581-0.1488-0.0795-0.1174-0.1780.03550.47580.2104-0.03740.40610.08370.3371-2.9968-78.5860.8655
210.31820.0548-0.03570.2958-0.06430.17180.1475-0.156-0.20590.203-0.19780.1320.40060.28250.04350.23610.33260.01130.4865-0.01680.2687-29.0712-42.7251-39.9565
220.0565-0.06910.04930.1739-0.01520.19380.05580.11960.0396-0.1977-0.1535-0.05350.11390.27320.0363-0.00330.4986-0.21190.7061-0.08810.3329-26.6937-39.4003-52.1328
230.1201-0.0388-0.10930.06660.08390.15980.07690.0049-0.10260.06720.05460.18020.1287-0.0057-0.03660.3530.1968-0.0450.3097-0.06790.3457-33.3661-45.6297-43.2713
240.6028-0.2375-0.18980.2177-0.07120.3021-0.05930.3723-0.27420.0168-0.230.27540.27170.20310.10940.24250.2097-0.02370.4118-0.04790.3049-25.8163-40.1627-43.9657
252.5814-0.80850.51091.0373-0.3471.2956-0.1891-0.85930.38980.4243-0.2965-0.4684-0.22191.14860.2414-0.04270.86770.08081.66360.07270.44093.016-43.3627-31.0954
261.97330.0911-0.80691.7496-0.43480.5002-0.1887-1.020.29920.5229-0.0837-0.1333-0.01970.65850.17810.55390.4489-0.1021.3250.21160.2429-5.4106-47.9417-29.0352
272.66451.0288-0.32982.7383-0.03230.05150.4001-1.32570.05891.2594-0.3498-0.57860.02780.56760.03620.20050.7107-0.19741.96870.15570.51861.818-44.0381-24.6034
280.8680.2668-0.56331.39750.43561.3567-0.03260.24160.4604-0.7218-0.10.0476-0.44430.30990.10550.52660.0222-0.00860.42520.04730.541-24.8716-18.9727-45.8151
290.3868-0.2081-0.82071.61840.2691.39690.01510.18260.64120.0617-0.0504-0.6021-0.47350.99490.0204-0.02750.05930.15051.25750.01490.6315-4.6614-32.4498-43.5852
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:18 )A1 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 19:61 )A19 - 61
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 62:75 )A62 - 75
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 76:102 )A76 - 102
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 103:114 )A103 - 114
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 115:150 )A115 - 150
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 151:164 )A151 - 164
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 165:199 )A165 - 199
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 200:214 )A200 - 214
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 1:44 )B1 - 44
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 45:120 )B45 - 120
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 121:136 )B121 - 136
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 137:215 )B137 - 215
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 1:75 )C1 - 75
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 76:114 )C76 - 114
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 115:150 )C115 - 150
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 151:164 )C151 - 164
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN C AND RESID 165:215 )C165 - 215
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND RESID 2:82 )D2 - 82
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 83:217 )D83 - 217
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN E AND RESID 1:38 )E1 - 38
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN E AND RESID 39:61 )E39 - 61
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN E AND RESID 62:75 )E62 - 75
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN E AND RESID 76:102 )E76 - 102
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN E AND RESID 103:138 )E103 - 138
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN E AND RESID 139:150 )E139 - 150
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN E AND RESID 151:214 )E151 - 214
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN F AND RESID 1:82 )F1 - 82
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN F AND RESID 83:214 )F83 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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