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- PDB-5fcw: HDAC8 Complexed with a Hydroxamic Acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fcw
タイトルHDAC8 Complexed with a Hydroxamic Acid
要素Histone deacetylase 8
キーワードHYDROLASE / histone deacetylase / HDAC8 / hydroxamic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


histone decrotonylase activity / histone deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone deacetylase / protein lysine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / regulation of telomere maintenance / histone deacetylase activity / mitotic sister chromatid cohesion / nuclear chromosome / Notch-HLH transcription pathway ...histone decrotonylase activity / histone deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone deacetylase / protein lysine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / regulation of telomere maintenance / histone deacetylase activity / mitotic sister chromatid cohesion / nuclear chromosome / Notch-HLH transcription pathway / histone deacetylase complex / negative regulation of protein ubiquitination / Hsp70 protein binding / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / HDACs deacetylate histones / Hsp90 protein binding / regulation of protein stability / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Separation of Sister Chromatids / heterochromatin formation / chromatin organization / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase / Histone deacetylase domain / : / Arginase; Chain A / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-naphthalen-1-yl-~{N}-oxidanyl-benzamide / : / Histone deacetylase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.979 Å
データ登録者Cole, K.E. / Perry, K.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure of 'linkerless' hydroxamic acid inhibitor-HDAC8 complex confirms the formation of an isoform-specific subpocket.
著者: Tabackman, A.A. / Frankson, R. / Marsan, E.S. / Perry, K. / Cole, K.E.
履歴
登録2015年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 8
B: Histone deacetylase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,89912
ポリマ－85,2632
非ポリマー1,63710
水7,458414
1
A: Histone deacetylase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2815
ポリマ－42,6311
非ポリマー6504
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Histone deacetylase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6187
ポリマ－42,6311
非ポリマー9866
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.443, 84.548, 94.307
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Histone deacetylase 8 / HD8


分子量: 42631.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC8, HDACL1, CDA07 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BY41, histone deacetylase

-
非ポリマー , 6種, 424分子

#2: 化合物
ChemComp-5YA / 4-naphthalen-1-yl-~{N}-oxidanyl-benzamide


分子量: 263.291 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H13NO2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3 / 詳細: 4% PEG 3350, 50 mM buffer (MES, pH 5.3)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月18日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 11 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.67 Å / Num. obs: 107583 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 10.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.979→49.659 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2157 5464 5.08 %
Rwork0.1719 --
obs0.174 106016 94.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.979→49.659 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5591 0 96 414 6101
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075861
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0687955
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6682132
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07860
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051012
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9794-2.00190.31041840.2683398X-RAY DIFFRACTION96
2.0019-2.02550.27361760.27033411X-RAY DIFFRACTION96
2.0255-2.05020.31851900.2633387X-RAY DIFFRACTION93
2.0502-2.07610.32521660.26453348X-RAY DIFFRACTION94
2.0761-2.10340.29862080.24333371X-RAY DIFFRACTION96
2.1034-2.13220.25731940.22683535X-RAY DIFFRACTION97
2.1322-2.16270.28981740.22183410X-RAY DIFFRACTION96
2.1627-2.1950.27461880.22733448X-RAY DIFFRACTION96
2.195-2.22930.30012110.2243517X-RAY DIFFRACTION97
2.2293-2.26580.22341680.21933395X-RAY DIFFRACTION97
2.2658-2.30490.26181900.20393507X-RAY DIFFRACTION97
2.3049-2.34680.2761830.20453421X-RAY DIFFRACTION97
2.3468-2.3920.23791980.19793488X-RAY DIFFRACTION97
2.392-2.44080.24541960.19823423X-RAY DIFFRACTION96
2.4408-2.49380.26961580.19013275X-RAY DIFFRACTION91
2.4938-2.55190.2661840.18823444X-RAY DIFFRACTION95
2.5519-2.61570.25521950.18363431X-RAY DIFFRACTION97
2.6157-2.68640.25441940.17393446X-RAY DIFFRACTION96
2.6864-2.76540.20651810.17533502X-RAY DIFFRACTION97
2.7654-2.85470.26561990.16863440X-RAY DIFFRACTION96
2.8547-2.95670.22261660.1693456X-RAY DIFFRACTION96
2.9567-3.07510.19951880.15993408X-RAY DIFFRACTION96
3.0751-3.2150.23431720.17533345X-RAY DIFFRACTION93
3.215-3.38450.21791970.16623314X-RAY DIFFRACTION93
3.3845-3.59640.18991620.15433424X-RAY DIFFRACTION94
3.5964-3.8740.22761670.14663359X-RAY DIFFRACTION94
3.874-4.26370.15351810.13743297X-RAY DIFFRACTION93
4.2637-4.88020.13991790.12353208X-RAY DIFFRACTION89
4.8802-6.14670.14971540.15353407X-RAY DIFFRACTION94
6.1467-49.67440.16151610.14623304X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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