PDB-7jvu: Crystal structure of human histone deacetylase 8 (HDAC8) I45T mut...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7jvu

タイトル

Crystal structure of human histone deacetylase 8 (HDAC8) I45T mutation complexed with SAHA

要素

Histone deacetylase 8

キーワード

HYDROLASE / Histone deacetylase / Cornelia de Lange Syndrome (CdLS)

機能・相同性

機能・相同性情報

histone decrotonylase activity / histone H4K16 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K5 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K8 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K4 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K14 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K12 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone deacetylase / histone H3K9 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / regulation of telomere maintenance ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5004765401 Å

データ登録者

Osko, J.D. / Christianson, D.W. / Decroos, C. / Porter, N.J. / Lee, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of histone deacetylase 8 mutants associated with Cornelia de Lange Syndrome spectrum disorders.
著者: Osko, J.D. / Porter, N.J. / Decroos, C. / Lee, M.S. / Watson, P.R. / Raible, S.E. / Krantz, I.D. / Deardorff, M.A. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2020年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7jvu.cif.gz	209.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7jvu.ent.gz	132.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7jvu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/7jvu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/7jvu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7jvvC 7jvwC 3ewfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5fcw-1 6odc-2 6hsk-2 4qa1-2 4lxz-3 4ly1-3 7ltl-1 5tht-2 1t64-2 6xdm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone deacetylase 8

B: Histone deacetylase 8

ヘテロ分子

87.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histone deacetylase 8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
43.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Histone deacetylase 8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.314, 84.118, 94.281
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.064, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Histone deacetylase 8 / HD8 分子量: 43219.938 Da / 分子数: 2 / 変異: I45T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC8, HDACL1, CDA07 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BY41, histone deacetylase

-
非ポリマー , 5種, 650分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-SHH / OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE / SAHA / ボリノスタット分子量: 264.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₂O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 635 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.07 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M imidazole, pH 7.0, 15% PEG35000, 4 mM TCEP / PH範囲: 7-8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月15日
放射	モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→55.91 Å / Num. obs: 131305 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 16.8670373583 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 19.5
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.795 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 130929 / CC_1/2: 0.757 / R_pim(I) all: 0.389 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3EWF

3ewf

解像度: 1.5004765401→15.9951076656 Å / SU ML: 0.129063430768 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33718454107 / 位相誤差: 19.0740531924
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.184587196948	6593	5.03690008709 %
R_work	0.164399381995	124301	-
obs	0.165440737685	130894	99.8725784177 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.8636882906 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5004765401→15.9951076656 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5597	0	72	635	6304

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0052378175719	5914
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.805232429282	8038
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0527454343713	875
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005386295991	1041
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.12119834642	4700

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5005-1.5175	0.268483623702	204	0.251617253979	4083	X-RAY DIFFRACTION	98.2130584192
1.5175-1.5354	0.272297055301	205	0.24052763401	4157	X-RAY DIFFRACTION	99.9541704858
1.5354-1.5541	0.274081874647	209	0.230420682718	4135	X-RAY DIFFRACTION	99.9769850403
1.5541-1.5737	0.228002174029	220	0.219615494534	4134	X-RAY DIFFRACTION	99.9770378875
1.5737-1.5944	0.220739693449	235	0.208224872225	4105	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5944-1.6162	0.249643601085	231	0.21055936464	4144	X-RAY DIFFRACTION	99.9771480804
1.6162-1.6393	0.228240415338	217	0.194847287273	4104	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6393-1.6637	0.22773916841	204	0.194848525961	4173	X-RAY DIFFRACTION	99.954327472
1.6637-1.6897	0.20395701256	211	0.183654102193	4110	X-RAY DIFFRACTION	99.9768625636
1.6897-1.7174	0.229333909539	204	0.180961508704	4187	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7174-1.747	0.188592340289	238	0.176607617179	4123	X-RAY DIFFRACTION	100
1.747-1.7787	0.195024579159	224	0.172888144109	4144	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7787-1.8128	0.189038345286	195	0.177954317763	4097	X-RAY DIFFRACTION	99.976706266
1.8128-1.8498	0.220260207927	222	0.176120478464	4172	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8498-1.89	0.204764924642	221	0.170868470239	4133	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.9339	0.198025530584	200	0.170740488797	4130	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9339-1.9821	0.196891759608	206	0.175625099425	4196	X-RAY DIFFRACTION	99.9772882126
1.9821-2.0356	0.18877110307	209	0.174162437794	4127	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0356-2.0954	0.196772612375	236	0.165990198031	4120	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0954-2.1629	0.189992912356	230	0.170355992177	4146	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1629-2.24	0.181411484143	218	0.165007519504	4145	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.3294	0.186243071832	225	0.162640459149	4148	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3294-2.4351	0.203443448145	221	0.16218613219	4146	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4351-2.563	0.175698721495	246	0.162351407108	4148	X-RAY DIFFRACTION	99.9772468714
2.563-2.7228	0.187420692022	248	0.16308817858	4114	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7228-2.9318	0.180022463085	229	0.167059293319	4162	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9318-3.2247	0.187258368537	232	0.164232767585	4147	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2247-3.6863	0.179055423369	192	0.15496076765	4205	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6863-4.6257	0.144117059454	235	0.130687655363	4181	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6257-15.995	0.154158079493	226	0.144853489443	4185	X-RAY DIFFRACTION	98.262419247

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