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- PDB-5fcu: CRYSTAL STRUCTURE OF THE INNER DOMAIN OF CLADE A/E HIV-1 GP120 IN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fcu
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE INNER DOMAIN OF CLADE A/E HIV-1 GP120 IN COMPLEX WITH THE ADCC-POTENT RHESUS MACAQUE ANTIBODY JR4
要素
  • JR4 FAB HEAVY CHAIN
  • JR4 FAB LIGHT CHAIN
  • clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV-1 GP120 / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Gohain, N. / Tolbert, W.D. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1033109 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Paring Down HIV Env: Design and Crystal Structure of a Stabilized Inner Domain of HIV-1 gp120 Displaying a Major ADCC Target of the A32 Region.
著者: Tolbert, W.D. / Gohain, N. / Veillette, M. / Chapleau, J.P. / Orlandi, C. / Visciano, M.L. / Ebadi, M. / DeVico, A.L. / Fouts, T.R. / Finzi, A. / Lewis, G.K. / Pazgier, M.
履歴
登録2015年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月22日Group: Data collection / Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_radiation_wavelength ...chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
H: JR4 FAB HEAVY CHAIN
L: JR4 FAB LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,98510
ポリマ－66,3693
非ポリマー6167
水6,774376
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area24630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.447, 89.848, 180.783
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-306-

CL

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 JR4 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 24847.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: 抗体 JR4 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 22719.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 G

#1: タンパク質 clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core


分子量: 18802.348 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-140 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: HIV-1 Env / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW9
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 382分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.75 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG MONOMETHYL ETHER 5000, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M TRIS-HCL PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月31日 / 詳細: RH COATED FLAT MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 51569 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RFE

2rfe


解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 7.555 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 2617 5.1 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.186 48756 94.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5 Å20 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3---1.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4034 0 32 376 4442
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0194166
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7921.9515686
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89138808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5075525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.83224.839155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.55515641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1931510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214654
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02900
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8532.1052124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8512.1042123
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8233.1352641
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8233.1372642
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5122.3772042
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4852.3672031
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8333.4373028
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.43820.54617352
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.30620.16117029
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 180 -
Rwork0.335 3247 -
obs--86.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.72240.0857-0.05082.1506-3.06056.862-0.0101-0.4103-0.20240.27890.04910.19050.2396-0.1948-0.0390.583-0.0273-0.00030.39750.06760.2142-18.4369-16.663349.4013
21.8549-1.49331.75382.1132-1.20732.31440.091-0.3159-0.15060.17930.10840.340.1076-0.1484-0.19930.0999-0.04560.03770.1511-0.05970.1021-31.93649.525214.6712
31.423-0.85340.1931.5353-0.28140.5498-0.0443-0.23650.1740.29490.0379-0.18950.0213-0.03780.00640.0821-0.0231-0.0320.0507-0.0190.0302-15.897213.659113.6036
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1G45 - 491
2X-RAY DIFFRACTION2H1 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3L2 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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