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- PDB-5fb8: Structure of Interleukin-16 bound to the 14.1 antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fb8
タイトルStructure of Interleukin-16 bound to the 14.1 antibody
要素
  • (Anti-IL-16 antibody 14.1 Fab domain ...) x 2
  • Pro-interleukin-16
キーワードIMMUNE SYSTEM / Cytokine / Interleukin / Antibody / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-1 alpha production / induction of positive chemotaxis / CD4 receptor binding / Flemming body / leukocyte chemotaxis / Other interleukin signaling / regulation of calcium ion transport / positive regulation of interleukin-12 production / cytokine activity / positive regulation of inflammatory response ...positive regulation of interleukin-1 alpha production / induction of positive chemotaxis / CD4 receptor binding / Flemming body / leukocyte chemotaxis / Other interleukin signaling / regulation of calcium ion transport / positive regulation of interleukin-12 production / cytokine activity / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of interleukin-6 production / nuclear speck / immune response / focal adhesion / extracellular space / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-16 / : / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll ...Interleukin-16 / : / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-interleukin-16
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Hall, G. / Cowan, R. / Bayliss, R. / Carr, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structure of a Potential Therapeutic Antibody Bound to Interleukin-16 (IL-16): MECHANISTIC INSIGHTS AND NEW THERAPEUTIC OPPORTUNITIES.
著者: Hall, G. / Cullen, E. / Sawmynaden, K. / Arnold, J. / Fox, S. / Cowan, R. / Muskett, F.W. / Matthews, D. / Merritt, A. / Kettleborough, C. / Cruikshank, W. / Taylor, D. / Bayliss, R. / Carr, M.D.
履歴
登録2015年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-IL-16 antibody 14.1 Fab domain Kappa Chain
B: Anti-IL-16 antibody 14.1 Fab domain Heavy Chain
C: Pro-interleukin-16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,63114
ポリマ－58,7863
非ポリマー84511
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8120 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area22750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.690, 65.950, 196.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 Pro-interleukin-16


分子量: 10785.303 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1224-1323 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL16 / プラスミド: pLEICS-01 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14005

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 Anti-IL-16 antibody 14.1 Fab domain Kappa Chain


分子量: 23818.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pCMV / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Anti-IL-16 antibody 14.1 Fab domain Heavy Chain


分子量: 24181.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pCMV / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 302分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris-Propane, pH 6.5 and 0.2 M sodium sulphate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→29.45 Å / Num. obs: 48100 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 17.79
反射 シェル解像度: 2.07→2.144 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.695 / Mean I/σ(I) obs: 3.44 / % possible all: 99.85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I7Z for chain A, 4F33 for chain B, and 1I16 for chain C

1i7z

4f33

1i16


解像度: 2.07→29.45 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2053 2434 5.06 %
Rwork0.1718 --
obs0.1735 48095 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→29.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3997 0 51 291 4339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084130
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.155589
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8641488
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044627
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006707
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.11230.26811380.23552627X-RAY DIFFRACTION100
2.1123-2.15820.27281550.23192624X-RAY DIFFRACTION100
2.1582-2.20840.25161470.21942660X-RAY DIFFRACTION100
2.2084-2.26360.24731280.21282645X-RAY DIFFRACTION100
2.2636-2.32470.2441390.20972654X-RAY DIFFRACTION100
2.3247-2.39310.25961320.20882674X-RAY DIFFRACTION100
2.3931-2.47030.27951560.212639X-RAY DIFFRACTION100
2.4703-2.55860.2351410.19982641X-RAY DIFFRACTION100
2.5586-2.6610.21091560.2062649X-RAY DIFFRACTION100
2.661-2.7820.27541420.19812690X-RAY DIFFRACTION100
2.782-2.92850.21721350.19942658X-RAY DIFFRACTION100
2.9285-3.11180.23141540.20142695X-RAY DIFFRACTION100
3.1118-3.35180.21521560.19192679X-RAY DIFFRACTION100
3.3518-3.68850.20691300.16732732X-RAY DIFFRACTION100
3.6885-4.22090.18721280.14842741X-RAY DIFFRACTION100
4.2209-5.31280.14361430.12282761X-RAY DIFFRACTION100
5.3128-29.45430.17191540.14882892X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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