PDB-5fb7: Ligand binding domain 2 of Penicillium marneffei MP1 protein comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fb7

タイトル

Ligand binding domain 2 of Penicillium marneffei MP1 protein complexed with multiple arachidonic acids

要素

Envelope glycoprotein

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / Ligand binding domain 2 / multiple arachidonic acids

機能・相同性

Cell wall mannoprotein 1 / Hydrophobic surface binding protein A / extracellular region / ARACHIDONIC ACID / Envelope glycoprotein

機能・相同性情報

生物種

Talaromyces marneffei PM1 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Lam, W.H. / Zhang, H. / Hao, Q.

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2017
タイトル: Talaromyces marneffei Mp1p Is a Virulence Factor that Binds and Sequesters a Key Proinflammatory Lipid to Dampen Host Innate Immune Response
著者: Sze, K.H. / Lam, W.H. / Zhang, H. / Ke, Y.H. / Tse, M.K. / Woo, P.C. / Lau, S.K. / Lau, C.C. / Cai, J.P. / Tung, E.T. / Lo, R.K. / Xu, S. / Kao, R.Y. / Hao, Q. / Yuen, K.Y.

履歴

登録	2015年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月8日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fb7.cif.gz	253.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fb7.ent.gz	205.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fb7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/5fb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/5fb7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5csdSC 5e7x 5ecf S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1r42-d 6a9j-d 2pvw-d 5csd-d 6swu-3 3bk7-d 4jz0-d 2xei-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Envelope glycoprotein

B: Envelope glycoprotein

C: Envelope glycoprotein

D: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

68.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.239, 98.495, 100.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.010, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-360- HOH

#1: タンパク質	Envelope glycoprotein 分子量: 16599.871 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 188-342 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Talaromyces marneffei PM1 (菌類) / 遺伝子: GQ26_0022220 / プラスミド: His-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A093VKV7
#2: 化合物	ChemComp-ACD / ARACHIDONIC ACID / アラキドン酸分子量: 304.467 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER KFX52825 IS FOR THIS SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.08 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: PEG 4000, sodium acetate, ammonium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 90586 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Χ²: 1.088 / Net I/av σ(I): 26.115 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 668581

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.5-1.55	7.1	0.567	9161	0.858	100
1.55-1.62	7.4	0.448	9077	0.881	100
1.62-1.69	7.4	0.306	9180	0.955	100
1.69-1.78	7.5	0.21	9077	1.028	100
1.78-1.89	7.5	0.138	9134	1.131	100
1.89-2.04	7.5	0.091	9180	1.164	100
2.04-2.24	7.5	0.063	9119	1.304	100
2.24-2.56	7.6	0.066	9150	1.333	100
2.56-3.23	7.4	0.074	9130	1.033	99.4
3.23-50	6.9	0.045	8378	1.186	90.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
DENZO		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CSD

5csd

解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.2358 / WR_factor R_work: 0.2039 / FOM work R set: 0.831 / SU B: 3.626 / SU ML: 0.066 / SU R Cruickshank DPI: 0.0839 / SU R_free: 0.0826 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2169	4549	5 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
obs	0.1923	86037	98.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 77.07 Å² / B_iso mean: 30.275 Å² / B_iso min: 16.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.25 Å²	-0 Å²	-0.16 Å²
2-	-	-1.55 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4592	0	176	427	5195
B_iso mean	-	-	40.25	36.08	-
残基数	-	-	-	-	612

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	4952
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	5112
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.432	2.011	6674
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.162	3	11809
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.246	5	660
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.766	27.115	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.49	15	902
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.058	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	786
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	5712
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.224	1.266	2496
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.219	1.265	2495
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.77	1.892	3126

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	326	-
R_work	0.254	6390	-
all	-	6716	-
obs	-	-	98.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5661	-0.0436	0.6691	1.5977	0.6756	1.1944	0.1652	-0.0187	-0.1906	0.0691	0.0779	0.2163	0.1021	-0.0192	-0.2431	0.1158	0.0032	0.0216	0.1657	0.0272	0.167	-25.893	17.019	-12.464
2	1.4593	0.097	-0.6295	1.3643	0.5658	1.1746	0.1535	0.0131	0.1586	-0.061	0.0671	0.1964	-0.0898	-0.0147	-0.2206	0.1133	-0.0019	-0.0134	0.1613	0.0224	0.1336	-25.917	26.846	-37.648
3	0.5306	0.7674	-0.4862	3.8294	-1.8733	1.2023	0.0536	-0.0041	0.1696	0.0275	0.0083	0.3321	-0.0782	-0.0078	-0.0619	0.0871	-0.0076	0.0114	0.1171	0.0209	0.1378	-3.057	6.192	-12.466
4	0.4154	-0.7564	0.4508	3.7618	-1.7963	1.1872	0.0511	0.0057	-0.1656	-0.0308	0.0061	0.3349	0.0823	-0.0105	-0.0572	0.084	0.0071	0.0029	0.1146	0.0226	0.1361	-3.047	37.542	-37.615

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	53 - 64
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	65 - 107
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	108 - 136
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	137 - 157
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	7 - 52
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	53 - 90
8	X-RAY DIFFRACTION	2	B	91 - 106
9	X-RAY DIFFRACTION	2	B	107 - 136
10	X-RAY DIFFRACTION	2	B	137 - 157
11	X-RAY DIFFRACTION	3	C	6 - 38
12	X-RAY DIFFRACTION	3	C	39 - 56
13	X-RAY DIFFRACTION	3	C	57 - 79
14	X-RAY DIFFRACTION	3	C	80 - 104
15	X-RAY DIFFRACTION	3	C	105 - 147
16	X-RAY DIFFRACTION	3	C	148 - 157
17	X-RAY DIFFRACTION	4	D	6 - 38
18	X-RAY DIFFRACTION	4	D	39 - 72
19	X-RAY DIFFRACTION	4	D	73 - 97
20	X-RAY DIFFRACTION	4	D	98 - 136
21	X-RAY DIFFRACTION	4	D	137 - 157

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