PDB-5fb4: Crystal structure of the bacteriophage phi29 tail knob protein gp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fb4

タイトル

Crystal structure of the bacteriophage phi29 tail knob protein gp9 truncation variant

要素

Distal tube protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / bacteriophage phi29 / tail knob

機能・相同性

機能・相同性情報

virus tail, tube / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / virus tail / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus phage phi29 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.039 Å

データ登録者

Xu, J.W. / Gui, M. / Wang, D.H. / Xiang, Y.

資金援助

中国, 4件

組織	認可番号	国
973 program	2015CB13910102	中国
the National Natural Science Foundation of China	31470721	中国
Science Foundation of China	81550001	中国
the Junior Thousand Talents Program of China	201311770418	中国

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: The bacteriophage ϕ29 tail possesses a pore-forming loop for cell membrane penetration.
著者: Jingwei Xu / Miao Gui / Dianhong Wang / Ye Xiang /

要旨: Most bacteriophages are tailed bacteriophages with an isometric or a prolate head attached to a long contractile, long non-contractile, or short non-contractile tail. The tail is a complex machine ...

履歴

登録	2015年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月29日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fb4.cif.gz	648.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fb4.ent.gz	533.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fb4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/5fb4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/5fb4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6556C 6557C 6558C 5fb5C 5feiSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fei-1 4ep0-1 4eo2-d 4ep0-2 3ooh-d 20509 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Distal tube protein

B: Distal tube protein

C: Distal tube protein

ヘテロ分子

206 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Distal tube protein

B: Distal tube protein

C: Distal tube protein

ヘテロ分子

A: Distal tube protein

B: Distal tube protein

C: Distal tube protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
411 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.600, 135.161, 313.431
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Distal tube protein / Gene product 9 / gp9 分子量: 68400.758 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage phi29 (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P04331
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE EXPERIMENTAL INFO OF UNIPROT (P04331, TUB9_BPPH2) REPORTS CONFLICT AT THESE POSITIONS 21 AND ...THE EXPERIMENTAL INFO OF UNIPROT (P04331, TUB9_BPPH2) REPORTS CONFLICT AT THESE POSITIONS 21 AND 141 (in Ref. 2; ACE96032).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.94% v/v ethanol, 10% PEG-400, HEPES buffer pH 7.5, magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 160 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.039→43.32 Å / Num. obs: 126814 / % possible obs: 99.29 % / 冗長度: 6.1 % / Net I/σ(I): 17.66
反射シェル	冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / % possible all: 95.11

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FEI

5fei

解像度: 2.039→43.317 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1832	6371	5.02 %
R_work	0.1531	-	-
obs	0.1547	126809	99.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.039→43.317 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12499	0	21	1312	13832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	12816
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.053	17336
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.79	4709
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1843
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2240

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0392-2.0624	0.2087	198	0.1705	3389	X-RAY DIFFRACTION	85
2.0624-2.0867	0.1998	208	0.164	3986	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0867-2.1121	0.1793	203	0.1584	4045	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1121-2.1389	0.2108	236	0.1561	3954	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1389-2.167	0.1961	229	0.1537	3986	X-RAY DIFFRACTION	100
2.167-2.1967	0.1918	206	0.1568	4001	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1967-2.2281	0.1978	185	0.1575	4039	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2281-2.2613	0.1836	205	0.1498	4034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2613-2.2966	0.1841	201	0.1514	4026	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2966-2.3343	0.2048	202	0.1556	4004	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3343-2.3745	0.1942	223	0.164	4011	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3745-2.4177	0.2165	228	0.163	4006	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4177-2.4642	0.2009	212	0.168	4017	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4642-2.5145	0.2198	191	0.1671	4018	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5145-2.5692	0.2273	187	0.1673	4072	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5692-2.6289	0.228	228	0.1667	4001	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6289-2.6947	0.2012	216	0.1637	4021	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6947-2.7675	0.2193	191	0.166	4066	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7675-2.8489	0.1845	213	0.1639	4030	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8489-2.9409	0.1999	199	0.1626	4043	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9409-3.046	0.2035	213	0.1639	4050	X-RAY DIFFRACTION	100
3.046-3.1679	0.1908	207	0.1585	4063	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1679-3.312	0.1815	210	0.1481	4038	X-RAY DIFFRACTION	100
3.312-3.4866	0.1657	224	0.1486	4061	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4866-3.7049	0.1483	228	0.1415	4036	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7049-3.9908	0.1654	232	0.1333	4056	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9908-4.392	0.1593	228	0.1304	4058	X-RAY DIFFRACTION	100
4.392-5.0267	0.1523	218	0.1281	4129	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0267-6.33	0.1736	219	0.1582	4136	X-RAY DIFFRACTION	100
6.33-43.3272	0.1728	231	0.1717	4062	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4241	-0.0313	0.1605	0.3149	0.2957	1.9209	-0.0572	-0.1416	0.0513	0.163	0.0364	-0.025	-0.0644	0.1047	0.0044	0.2021	0.0084	-0.014	0.1282	-0.0229	0.1869	94.1006	30.1694	100.8689
2	1.9801	-0.2591	-0.2645	1.3621	-0.1703	1.4218	0.0273	0.256	0.1328	-0.1471	0.006	0.021	-0.1023	0.0494	0.006	0.1625	-0.0183	-0.0122	0.1987	0.0468	0.1658	96.1814	33.504	18.9752
3	0.2554	-0.0255	-0.123	0.1323	-0.1644	1.4555	-0.0185	0.0263	0.0379	0.0108	0.014	0.0022	-0.0397	0.0265	0.0069	0.1128	-0.0109	-0.0157	0.0779	-0.0011	0.1641	95.7495	27.8825	61.1693
4	0.7367	-0.2031	0.6846	0.5916	-0.2638	1.6312	-0.1143	-0.3093	0.0761	0.3262	0.0419	-0.1063	-0.1407	-0.1775	-0.0159	0.2513	0.0198	-0.072	0.215	-0.0364	0.2321	121.1022	15.9926	100.8909
5	1.1734	-0.0543	-0.1441	2.031	0.0925	1.4524	0.0272	0.143	0.0188	-0.2009	-0.0007	-0.0862	0.0132	0.102	0.0133	0.1097	-0.0091	0.0117	0.2095	0.0222	0.1527	124.2382	15.1505	18.798
6	0.1798	-0.0307	-0.08	0.2468	0.1092	1.6294	-0.0086	0.0324	0.0232	0.0173	-0.0063	-0.0383	0.0132	-0.02	0.0158	0.0936	-0.0254	-0.0193	0.1133	0.0104	0.1828	119.1574	12.9686	60.215
7	0.4887	-0.0418	0.155	0.6647	-0.1666	0.4773	0.0734	-0.3148	-0.0327	0.5196	-0.2176	-0.3351	-0.2036	0.504	0.0351	0.3784	-0.0465	-0.1238	0.3838	0.0736	0.3005	125.6408	-16.6797	107.9861
8	0.5411	-0.0357	0.0656	1.0538	0.0435	0.5392	0.055	-0.4392	0.0131	0.9066	-0.2368	0.2408	-0.375	-0.0247	-0.0019	0.6824	-0.0549	-0.1034	0.3937	0.041	0.3825	120.8947	-13.7519	116.4817
9	0.3685	0.1247	-0.2622	0.7268	-0.6884	0.6216	0.0402	-0.0755	-0.0237	0.2343	-0.0535	-0.0549	-0.2114	0.16	-0.0107	0.1645	-0.0095	-0.0414	0.1052	-0.0019	0.1607	118.9008	-13.3467	88.5369
10	1.7056	0.4911	-0.0149	1.5802	0.1606	1.4476	-0.0513	0.2317	-0.0224	-0.2158	0.0142	-0.1047	0.076	0.0735	0.0183	0.1551	0.0155	0.0397	0.1915	-0.0006	0.1704	122.8479	-18.3027	18.9188
11	0.2192	0.0425	-0.1425	0.1968	0.0954	1.8364	-0.0104	0.0231	-0.0105	-0.0037	-0.0059	-0.0544	-0.0299	0.0339	0.021	0.0683	0.0204	-0.0029	0.1105	0.0062	0.1804	118.0366	-14.6213	60.1963

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 2 through 165 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 166 through 293 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resid 294 through 599 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and (resid 2 through 165 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and (resid 166 through 293 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and (resid 294 through 599 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain C and (resid 2 through 52 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain C and (resid 53 through 89 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain C and (resid 90 through 165 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain C and (resid 166 through 293 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain C and (resid 294 through 599 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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