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- PDB-5f83: Imipenem complex of the GES-5 C69G mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f83
タイトルImipenem complex of the GES-5 C69G mutant
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE/ANTIBIOTIC / antibiotic resistance / hydrolase / carbapenemase / imipenem / mutant / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IM2 / beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Smith, C.A. / Vakulenko, S.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI089726 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Role of the Conserved Disulfide Bridge in Class A Carbapenemases.
著者: Smith, C.A. / Nossoni, Z. / Toth, M. / Stewart, N.K. / Frase, H. / Vakulenko, S.B.
履歴
登録2015年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22016年10月26日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7284
ポリマ－58,1262
非ポリマー6032
水7,044391
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3642
ポリマ－29,0631
非ポリマー3011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3642
ポリマ－29,0631
非ポリマー3011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.920, 81.483, 71.716
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / GES-5


分子量: 29062.855 Da / 分子数: 2 / 変異: C69G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaGES-5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0Z8S4, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-IM2 / (5R)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-3-[(2-{[(E)-iminomethyl]amino}ethyl)sulfanyl]-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carbox ylic acid / IMIPENEM, open form / N-FORMIMIDOYL-THIENAMYCINE, open form


分子量: 301.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C12H19N3O4S / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.88 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M D,L-malic acid, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月14日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→37.3 Å / Num. all: 103863 / Num. obs: 99237 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.38→1.42 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
Blu-Ice5データ収集
XDSデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.38→35.801 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 14.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.171 4832 5.01 %RANDOM
Rwork0.1396 91668 --
obs0.1412 96500 97.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 58.24 Å2 / Biso mean: 15.8784 Å2 / Biso min: 6.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.38→35.801 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4063 0 40 391 4494
Biso mean--30.86 25.15 -
残基数----534
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064187
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.955668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082654
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006737
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0321562
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.38-1.39570.21771560.15892655281185
1.3957-1.41210.21391850.1572912309795
1.4121-1.42930.23131650.14583132329799
1.4293-1.44740.18241470.13583052319999
1.4474-1.46650.19351420.13143097323998
1.4665-1.48660.16531780.12973072325098
1.4866-1.50780.18781550.11943067322298
1.5078-1.53030.15551580.11573048320698
1.5303-1.55420.15091620.11243013317597
1.5542-1.57970.17311490.11563009315895
1.5797-1.60690.18131720.11023045321798
1.6069-1.63610.13891490.1123112326199
1.6361-1.66760.15331830.11183105328899
1.6676-1.70170.15971500.11973079322999
1.7017-1.73870.17341610.12383077323898
1.7387-1.77910.15231530.12573093324698
1.7791-1.82360.20511520.12723024317698
1.8236-1.87290.16681570.12763032318996
1.8729-1.9280.15151680.13033054322298
1.928-1.99020.15171720.13363099327199
1.9902-2.06140.16821880.13233078326699
2.0614-2.14390.15581460.13223140328698
2.1439-2.24140.16221660.13123045321198
2.2414-2.35960.17321520.14073044319697
2.3596-2.50740.17641410.15223088322998
2.5074-2.70090.20031660.1553117328399
2.7009-2.97260.16461570.16133099325699
2.9726-3.40250.18151710.16123078324997
3.4025-4.28560.16221620.14353085324797
4.2856-35.81290.17231690.14943117328697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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