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- PDB-5f6k: Crystal structure of the MLL3-Ash2L-RbBP5 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f6k
タイトルCrystal structure of the MLL3-Ash2L-RbBP5 complex
要素
  • Histone-lysine N-methyltransferase 2C
  • Retinoblastoma-binding protein 5
  • Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2,Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2
  • peptide ARTKQTARK
キーワードTRANSFERASE/PROTEIN BINDING / histone methylation / histone methyltransferase / MLL-family proteins / SET domain / TRANSFERASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / histone H3K4 trimethyltransferase activity / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / histone H3K4 methyltransferase activity / histone methyltransferase complex / acyltransferase activity / histone methyltransferase activity ...[histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / histone H3K4 trimethyltransferase activity / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / histone H3K4 methyltransferase activity / histone methyltransferase complex / acyltransferase activity / histone methyltransferase activity / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / hemopoiesis / MLL1 complex / response to electrical stimulus / nucleosomal DNA binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / euchromatin / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / PKMTs methylate histone lysines / beta-catenin binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / response to estrogen / structural constituent of chromatin / nucleosome / Neddylation / histone binding / positive regulation of cell growth / methylation / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / protein heterodimerization activity / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histone-lysine N-methyltransferase 2C / KMT2C, ePHD1 / KMT2C, ePHD2 / : / : / : / DHHC domain profile. / HMG-I/HMG-Y, DNA-binding, conserved site / HMG-I and HMG-Y DNA-binding domain (A+T-hook). / : ...Histone-lysine N-methyltransferase 2C / KMT2C, ePHD1 / KMT2C, ePHD2 / : / : / : / DHHC domain profile. / HMG-I/HMG-Y, DNA-binding, conserved site / HMG-I and HMG-Y DNA-binding domain (A+T-hook). / : / ASH2, PHD zinc finger / Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2-like, WH / Histone methyltransferase complex subunit ASH2 / SPRY domain / Retinoblastoma-binding protein 5/Swd1 / FY-rich, N-terminal / F/Y-rich N-terminus / PHD-like zinc-binding domain / FYR domain FYRN motif profile. / "FY-rich" domain, N-terminal region / FY-rich, C-terminal / F/Y rich C-terminus / FYR domain FYRC motif profile. / "FY-rich" domain, C-terminal region / Beta-clip-like / SET domain / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / PHD-zinc-finger like domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / SET domain profile. / SET domain / PHD-finger / Ring finger / Zinc finger PHD-type signature. / Beta Complex / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Histone H3 signature 1. / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone-fold / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / Jelly Rolls / WD40 repeat / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Retinoblastoma-binding protein 5 / Histone H3.3C / Histone-lysine N-methyltransferase 2C / Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.411 Å
データ登録者Li, Y. / Lei, M. / Chen, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Strategic Priority Research Program of the Chinese Academy of SciencesXDB08010201 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structural basis for activity regulation of MLL family methyltransferases.
著者: Li, Y. / Han, J. / Zhang, Y. / Cao, F. / Liu, Z. / Li, S. / Wu, J. / Hu, C. / Wang, Y. / Shuai, J. / Chen, J. / Cao, L. / Li, D. / Shi, P. / Tian, C. / Zhang, J. / Dou, Y. / Li, G. / Chen, Y. / Lei, M.
履歴
登録2015年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2,Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2
B: Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2,Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2
C: Histone-lysine N-methyltransferase 2C
D: Retinoblastoma-binding protein 5
E: Histone-lysine N-methyltransferase 2C
F: Retinoblastoma-binding protein 5
M: peptide ARTKQTARK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,55211
ポリマ－85,6537
非ポリマー9004
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2,Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2
E: Histone-lysine N-methyltransferase 2C
F: Retinoblastoma-binding protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7455
ポリマ－42,2953
非ポリマー4502
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2,Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2
C: Histone-lysine N-methyltransferase 2C
D: Retinoblastoma-binding protein 5
M: peptide ARTKQTARK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8086
ポリマ－43,3584
非ポリマー4502
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.342, 236.076, 44.416
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCE

#1: タンパク質 Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2,Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2 / ASH2-like protein


分子量: 20597.355 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 380-496, 539-598 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASH2L, ASH2L1 / プラスミド: pET28b-sumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q9UBL3
#2: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase 2C / Lysine N-methyltransferase 2C / Homologous to ALR protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage ...Lysine N-methyltransferase 2C / Homologous to ALR protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 3


分子量: 18442.082 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 4757-4911 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KMT2C, HALR, KIAA1506, MLL3 / プラスミド: PGEX6P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q8NEZ4, histone-lysine N-methyltransferase

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 DFM

#3: タンパク質・ペプチド Retinoblastoma-binding protein 5 / RBBP-5 / Retinoblastoma-binding protein RBQ-3


分子量: 3255.321 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 330-356 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBBP5, RBQ3 / プラスミド: pET28b-sumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q15291
#4: タンパク質・ペプチド peptide ARTKQTARK


分子量: 1063.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6NXT2*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 229分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C14H20N6O5S
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Na-Cacodylate, pH 6.5, 10% PEG 3350, 0.1 M MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1272 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1272 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→100 Å / Num. obs: 33535 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 35.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 2.063 / Net I/av σ(I): 32.656 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 239734
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.497.30.65432930.9390.2560.7031.1100
2.49-2.597.40.51533080.960.2010.5531.141100
2.59-2.77.40.40132650.9640.1560.4311.298100
2.7-2.857.30.28833100.9810.1130.311.535100
2.85-3.027.30.2133020.9860.0830.2261.833100
3.02-3.267.30.13933250.9920.0550.152.02100
3.26-3.597.20.133490.9960.040.1082.404100
3.59-4.16.90.07933610.9960.0320.0853.2299.9
4.1-5.176.90.05834150.9970.0240.0633.313100
5.17-1006.50.04936070.9980.0210.0542.91799.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F59, 3TOJ

5f59

3toj


解像度: 2.411→44.416 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2284 1644 4.91 %Random selection
Rwork0.1804 31814 --
obs0.1827 33458 99.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 152.65 Å2 / Biso mean: 46.5872 Å2 / Biso min: 16.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.411→44.416 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5547 0 54 225 5826
Biso mean--52.53 41.67 -
残基数----694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035743
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6547743
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027806
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002985
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0562138
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4106-2.48150.31971390.23612436257593
2.4815-2.56160.30111420.221825732715100
2.5616-2.65310.28341040.234326612765100
2.6531-2.75930.33251410.227826262767100
2.7593-2.88490.30621370.204726312768100
2.8849-3.0370.24671230.20626442767100
3.037-3.22720.24391420.201326482790100
3.2272-3.47630.24691430.190526502793100
3.4763-3.82590.22231340.171226872821100
3.8259-4.37910.16851360.143826892825100
4.3791-5.51560.17931630.137627022865100
5.5156-44.42350.211400.182867300799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.79561.6026-2.66672.22541.16962.79830.5298-0.12190.76430.52860.0410.5899-0.8258-0.3459-0.5970.44030.00170.15060.3354-0.06470.325988.321254.41365.0589
24.59620.783-0.95444.703-1.00884.6888-0.0497-0.13490.31550.4525-0.17130.8153-0.1378-0.49580.21520.2720.01240.0340.2939-0.02420.244983.371550.7355-2.8384
32.1135-0.62582.09783.61820.44934.52210.141-0.27820.10810.6651-0.31-0.16230.05010.00120.18470.3124-0.04650.03230.2930.00840.134894.362945.40435.077
42.41990.6597-0.68784.53290.12131.5254-0.02180.0335-0.1065-0.00390.0198-0.21780.1324-0.0199-0.00440.25260.00640.02110.2484-0.0020.115496.900442.9175-7.4765
57.25371.99432.17184.37511.43765.1560.1301-0.7017-0.33830.6257-0.0027-0.58850.15720.3672-0.19630.35550.0115-0.08860.28880.01320.1935102.510638.31534.8396
61.36590.4592-0.34523.17640.67242.82990.0926-0.3934-0.32820.612-0.1222-0.25950.32890.0180.02590.3533-0.0156-0.02770.31040.030.199196.153240.46814.7455
76.1166-0.7155-1.86341.59922.56617.45740.24780.8422-0.7855-0.8716-0.18110.60750.049-0.4274-0.04120.95690.1126-0.12470.3648-0.17110.525193.89546.7216-24.2522
84.9406-0.4671.59646.5232-1.02576.7826-0.10220.2768-0.1622-1.22960.0140.58620.4414-0.5162-0.04210.5526-0.0463-0.08890.3018-0.09110.417989.71266.9935-13.5975
92.4757-0.11960.51580.63910.02970.72410.17960.4257-0.3758-1.3494-0.1961-0.24650.28780.14310.08480.70860.12970.21530.3036-0.0180.4921100.859513.539-19.2751
104.7818-2.16610.45454.1152-0.13222.68630.26590.1102-0.5527-0.6327-0.1047-0.42650.51120.1369-0.19620.49680.07170.0740.23020.02350.4768102.17926.4465-9.9435
119.2706-5.6598-0.42888.7620.11043.1664-0.0634-0.2175-0.14230.2354-0.3444-0.985-0.10970.29880.27650.2584-0.0070.06110.2710.05410.4417106.125514.6702-4.8639
124.74910.490.04090.35721.19854.6510.02630.35230.1848-0.5846-0.0258-1.22420.13570.7107-0.11530.58260.10590.30710.37430.08420.6593111.7518.3584-18.4141
130.5828-0.71211.57882.0184-0.78155.4186-0.21570.2455-0.69830.116-0.0936-0.86450.01040.65280.03340.30040.02270.09590.29020.06740.678110.710521.6584-10.9273
143.8314-0.9896-0.44142.36950.64411.40580.02460.3863-0.2332-0.9745-0.1808-0.36370.1930.05920.10450.45880.07410.10580.25470.00130.3522101.255915.3061-16.6352
151.2562-0.51920.34370.2147-0.14110.09350.04810.25530.283-0.76850.0297-0.4066-0.6304-0.0185-1.18761.13750.16030.48080.57350.10380.5753106.000221.0717-26.2477
166.1489-0.438-4.33134.2829-2.44539.6889-0.1331-0.1066-0.35680.1519-0.3269-0.1274-0.06060.38320.56120.3106-0.03480.03550.2658-0.00970.453682.737523.86381.6739
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254.4385-4.8994-3.44595.82833.07765.25510.18040.65780.23970.2666-0.0642-1.5540.2723-0.2395-0.02750.3414-0.02220.09130.234-0.08170.568375.553219.6201-0.9679
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315.3669-1.13352.49322.5406-1.12396.0194-0.3363-0.1833-0.76650.0480.15780.30860.4522-0.22440.20590.34560.0190.20690.52520.05040.4005117.743442.7608-13.5735
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388.63920.8463-1.04124.81110.1035.22330.00510.11960.37710.00260.18440.0333-0.0040.6046-0.25780.68140.10810.11930.4783-0.01280.6545143.604133.6969-19.6906
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405.7852-0.0598-3.79853.143-1.48396.18020.4008-0.7569-0.13010.7444-0.31270.00970.28340.9755-0.28440.42790.0125-0.05880.42230.04510.2834138.280271.9336-26.2256
414.54.5565.26524.72515.36346.170.53150.70620.543-1.5335-0.90111.3071-1.4498-1.32640.63370.88750.1334-0.01450.97250.0590.903760.563419.5736-3.4999
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 286 through 295 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 296 through 313 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 314 through 335 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 336 through 390 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 391 through 451 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 452 through 503 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 285 through 294 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 295 through 313 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 314 through 335 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 336 through 362 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 363 through 390 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 391 through 451 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 452 through 461 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 462 through 493 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 494 through 503 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 4754 through 4767 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 4768 through 4777 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 4778 through 4787 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 4788 through 4802 )C0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 4803 through 4817 )C0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 4818 through 4832 )C0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 4833 through 4842 )C0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 4843 through 4854 )C0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 4855 through 4862 )C0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 4863 through 4872 )C0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 4873 through 4900 )C0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 4901 through 4911 )C0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 336 through 340 )D0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 341 through 345 )D0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 346 through 354 )D0
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 4755 through 4777 )E0
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 4778 through 4802 )E0
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 4803 through 4820 )E0
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 4821 through 4832 )E0
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 4833 through 4854 )E0
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 4855 through 4872 )E0
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resid 4873 through 4897 )E0
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'E' and (resid 4898 through 4911 )E0
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 339 through 348 )F0
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 349 through 355 )F0
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'M' and (resid 2 through 7 )M0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る