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万見
- PDB-5f6h: Crystal Structure of Tier 2 Neutralizing Antibody DH427 from a Rh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f6h
タイトルCrystal Structure of Tier 2 Neutralizing Antibody DH427 from a Rhesus Macaque
要素
  • DH427 Antibody Heavy Chain
  • DH427 Antibody Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / FAB FRAGMENT / HIV-1 / ANTIBODY
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Fera, D. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: Structural Constraints of Vaccine-Induced Tier-2 Autologous HIV Neutralizing Antibodies Targeting the Receptor-Binding Site.
著者: Bradley, T. / Fera, D. / Bhiman, J. / Eslamizar, L. / Lu, X. / Anasti, K. / Zhang, R. / Sutherland, L.L. / Scearce, R.M. / Bowman, C.M. / Stolarchuk, C. / Lloyd, K.E. / Parks, R. / Eaton, A. ...著者: Bradley, T. / Fera, D. / Bhiman, J. / Eslamizar, L. / Lu, X. / Anasti, K. / Zhang, R. / Sutherland, L.L. / Scearce, R.M. / Bowman, C.M. / Stolarchuk, C. / Lloyd, K.E. / Parks, R. / Eaton, A. / Foulger, A. / Nie, X. / Karim, S.S. / Barnett, S. / Kelsoe, G. / Kepler, T.B. / Alam, S.M. / Montefiori, D.C. / Moody, M.A. / Liao, H.X. / Morris, L. / Santra, S. / Harrison, S.C. / Haynes, B.F.
履歴
登録2015年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月20日Group: Database references
改定 1.22017年7月5日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: DH427 Antibody Light Chain
K: DH427 Antibody Heavy Chain
J: DH427 Antibody Light Chain
N: DH427 Antibody Light Chain
P: DH427 Antibody Light Chain
I: DH427 Antibody Heavy Chain
M: DH427 Antibody Heavy Chain
O: DH427 Antibody Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,4178
ポリマ－188,4178
非ポリマー00
水1,928107
1
L: DH427 Antibody Light Chain
K: DH427 Antibody Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1042
ポリマ－47,1042
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18800 Å2
手法PISA
2
J: DH427 Antibody Light Chain
I: DH427 Antibody Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1042
ポリマ－47,1042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18850 Å2
手法PISA
3
N: DH427 Antibody Light Chain
M: DH427 Antibody Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1042
ポリマ－47,1042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18960 Å2
手法PISA
4
P: DH427 Antibody Light Chain
O: DH427 Antibody Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1042
ポリマ－47,1042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.882, 153.786, 162.878
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain I
21chain K
31chain M
41chain O
12chain J
22chain L
32chain N
42chain P

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUPROPROchain IIF1 - 2171 - 217
21GLUGLUPROPROchain KKB1 - 2171 - 217
31GLUGLUPROPROchain MMG1 - 2171 - 217
41GLUGLUPROPROchain OOH1 - 2171 - 217
12SERSERTHRTHRchain JJC2 - 2132 - 213
22SERSERTHRTHRchain LLA2 - 2132 - 213
32SERSERTHRTHRchain NND2 - 2132 - 213
42SERSERTHRTHRchain PPE2 - 2132 - 213

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: 抗体
DH427 Antibody Light Chain


分子量: 22858.189 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / プラスミド: pVRC-8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
DH427 Antibody Heavy Chain


分子量: 24246.053 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / プラスミド: pVRC-8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 20% PEG 2K MME, 100 mM sodium citrate, pH 4.0, 100 mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月23日
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(220) SIDE BOUNCE
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→48.9 Å / Num. obs: 55490 / % possible obs: 97.34 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Net I/σ(I): 13.05
反射 シェル解像度: 2.69→2.74 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.922 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 85.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: separated Fv and Fc regions of I3.2 Fab from PDB Entry 4QHL

4qhl


解像度: 2.66→48.897 Å / FOM work R set: 0.7842 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2619 2860 5.16 %
Rwork0.2303 52600 -
obs0.232 55460 97.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.64 Å2 / Biso mean: 27.05 Å2 / Biso min: 8.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.66→48.897 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12584 0 0 107 12691
Biso mean---15.82 -
残基数----1688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00412896
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91217564
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0332008
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052236
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2144516
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11I3788X-RAY DIFFRACTION11.911TORSIONAL
12K3788X-RAY DIFFRACTION11.911TORSIONAL
13M3788X-RAY DIFFRACTION11.911TORSIONAL
14O3788X-RAY DIFFRACTION11.911TORSIONAL
21J3815X-RAY DIFFRACTION11.911TORSIONAL
22L3815X-RAY DIFFRACTION11.911TORSIONAL
23N3815X-RAY DIFFRACTION11.911TORSIONAL
24P3815X-RAY DIFFRACTION11.911TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6595-2.70540.3683980.33751623172161
2.7054-2.75460.36341270.32232502262994
2.7546-2.80750.37721580.315926412799100
2.8075-2.86490.40151370.296726872824100
2.8649-2.92710.31931420.306226612803100
2.9271-2.99520.34061450.304826812826100
2.9952-3.07010.35541530.317226372790100
3.0701-3.15310.3161430.289926622805100
3.1531-3.24590.32221410.271127052846100
3.2459-3.35060.28491420.257326612803100
3.3506-3.47030.26331400.245626832823100
3.4703-3.60920.30271470.237426802827100
3.6092-3.77340.27741520.229726862838100
3.7734-3.97230.25021670.208526462813100
3.9723-4.22110.20691660.192126842850100
4.2211-4.54680.19321430.17682719286299
4.5468-5.00390.19981370.17082701283899
5.0039-5.7270.21511570.18622708286599
5.727-7.21170.25231230.21312777290098
7.2117-48.90570.19421420.20212856299898
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.7497 Å / Origin y: -1.0237 Å / Origin z: -29.7814 Å
111213212223313233
T0.0774 Å2-0.0315 Å20.0484 Å2-0.124 Å20.0193 Å2--0.1471 Å2
L-0.1136 °2-0.0438 °20.0907 °2-0.2417 °20.1986 °2--0.4556 °2
S-0.0142 Å °-0.0082 Å °-0.0395 Å °0.0388 Å °-0.0085 Å °0.0825 Å °0.045 Å °-0.0186 Å °0.0138 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allL2 - 213
2X-RAY DIFFRACTION1allK1 - 217
3X-RAY DIFFRACTION1allJ2 - 213
4X-RAY DIFFRACTION1allN2 - 213
5X-RAY DIFFRACTION1allP2 - 213
6X-RAY DIFFRACTION1allI1 - 217
7X-RAY DIFFRACTION1allM1 - 217
8X-RAY DIFFRACTION1allO1 - 217
9X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 107

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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