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- PDB-5f5h: X-ray structure of Roquin ROQ domain in complex with Ox40 hexa-lo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f5h
タイトルX-ray structure of Roquin ROQ domain in complex with Ox40 hexa-loop RNA motif
要素
  • RNA (5'-R(P*CP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*UP*UP*CP*UP*AP*GP*GP*UP*GP*CP*UP*GP*G)-3')
  • Roquin-1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / ROQ domain / winged-helix domain / Ox40 mRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of germinal center formation / negative regulation of T-helper cell differentiation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CCR4-NOT complex binding / T follicular helper cell differentiation / regulation of T cell receptor signaling pathway / regulation of miRNA metabolic process / positive regulation of mRNA catabolic process / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / regulation of germinal center formation ...negative regulation of germinal center formation / negative regulation of T-helper cell differentiation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CCR4-NOT complex binding / T follicular helper cell differentiation / regulation of T cell receptor signaling pathway / regulation of miRNA metabolic process / positive regulation of mRNA catabolic process / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / regulation of germinal center formation / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / P-body assembly / miRNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / post-transcriptional regulation of gene expression / negative regulation of B cell proliferation / T cell homeostasis / B cell homeostasis / negative regulation of activated T cell proliferation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / cellular response to interleukin-1 / lymph node development / T cell proliferation / spleen development / regulation of mRNA stability / mRNA 3'-UTR binding / P-body / RING-type E3 ubiquitin transferase / cytoplasmic stress granule / protein polyubiquitination / RNA stem-loop binding / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / ubiquitin-protein transferase activity / double-stranded RNA binding / ubiquitin protein ligase activity / T cell receptor signaling pathway / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / mRNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1790 / Roquin II / : / : / Roquin II domain / Roquin 1/2-like, ROQ domain / zinc-RING finger domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1790 / Roquin II / : / : / Roquin II domain / Roquin 1/2-like, ROQ domain / zinc-RING finger domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Roquin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Janowski, R. / Schlundt, A. / Sattler, M. / Niessing, D.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Roquin recognizes a non-canonical hexaloop structure in the 3'-UTR of Ox40.
著者: Janowski, R. / Heinz, G.A. / Schlundt, A. / Wommelsdorf, N. / Brenner, S. / Gruber, A.R. / Blank, M. / Buch, T. / Buhmann, R. / Zavolan, M. / Niessing, D. / Heissmeyer, V. / Sattler, M.
履歴
登録2015年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Roquin-1
B: Roquin-1
C: RNA (5'-R(P*CP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*UP*UP*CP*UP*AP*GP*GP*UP*GP*CP*UP*GP*G)-3')
D: RNA (5'-R(P*CP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*UP*UP*CP*UP*AP*GP*GP*UP*GP*CP*UP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1245
ポリマ－55,0314
非ポリマー921
水1,78399
1
A: Roquin-1
C: RNA (5'-R(P*CP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*UP*UP*CP*UP*AP*GP*GP*UP*GP*CP*UP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6083
ポリマ－27,5162
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area10730 Å2
手法PISA
2
B: Roquin-1
D: RNA (5'-R(P*CP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*UP*UP*CP*UP*AP*GP*GP*UP*GP*CP*UP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5162
ポリマ－27,5162
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area10940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.660, 115.790, 42.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Roquin-1 / Roquin / Protein Sanroque / RING finger and C3H zinc finger protein 1 / RING finger and CCCH-type ...Roquin / Protein Sanroque / RING finger and C3H zinc finger protein 1 / RING finger and CCCH-type zinc finger domain-containing protein 1


分子量: 20528.561 Da / 分子数: 2 / 断片: ROQ domain, UNP residues 147-326 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rc3h1, Gm551, Kiaa2025 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4VGL6
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*UP*UP*CP*UP*AP*GP*GP*UP*GP*CP*UP*GP*G)-3')


分子量: 6987.163 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.79 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, NaCl, Bis-TRIS / PH範囲: 5.5-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.25363 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.25363 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→50 Å / Num. obs: 21018 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.23→2.29 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.683 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QI0

4qi0


解像度: 2.23→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 16.735 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.333 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25687 1073 4.9 %RANDOM
Rwork0.21635 ---
obs0.2183 21018 98.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.263 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.47 Å20 Å2
3---2.39 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.23→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2395 888 6 99 3388
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0173438
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0681.7524834
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99636555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2385302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.36823.793116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.24715466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.7971522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2539
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02795
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5273.2641202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5273.2631201
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9334.8931500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.9334.8941501
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4993.4052236
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.4983.4052236
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.8435.0933333
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.87628.8343976
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.85828.7853965
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.288 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 86 -
Rwork0.326 1499 -
obs--97.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.87581.21-0.30716.11780.30362.7748-0.0003-0.0635-0.49-0.06780.03450.22450.194-0.1434-0.03420.02580.0184-0.01090.10120.03140.122894.844821.442648.7714
23.1134-0.15160.04216.43960.20632.23190.00450.07550.4969-0.0481-0.0826-0.0036-0.172-0.10410.07810.01650.0257-0.00230.10360.02270.0837119.0241-1.490837.1651
32.3014-2.1445-0.44023.12821.92585.443-0.0317-0.10810.02720.30750.03170.14910.1618-0.303700.1641-0.04550.00080.13560.05650.087796.176725.463466.7752
42.6854-1.1263-0.17341.3158-0.95345.09640.0359-0.24320.1550.242-0.0638-0.3926-0.15670.44050.02790.23870.0106-0.04910.23350.00560.2107120.4123-6.672755.0851
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A178 - 325
2X-RAY DIFFRACTION2B174 - 325
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 22
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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