PDB-5ezu: Crystal structure of the N-terminal domain of vaccinia virus immu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ezu

タイトル

Crystal structure of the N-terminal domain of vaccinia virus immunomodulator A46 in complex with myristic acid.

要素

Protein A46

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

immunomodulator (免疫療法) /

beta sheet (Βシート) / ab initio phasing /

vaccinia virus (ワクシニアウイルス) / A46 /

fatty acids (脂肪酸) /

myristic acid (ミリスチン酸)

機能・相同性

機能・相同性情報

extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / protein sequestering activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / virus-mediated perturbation of host defense response
類似検索 - 分子機能

生物種

Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Fedosyuk, S. / Bezerra, G.A. / Sammito, M. / Uson, I. / Skern, T.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2016
タイトル: Vaccinia Virus Immunomodulator A46: A Lipid and Protein-Binding Scaffold for Sequestering Host TIR-Domain Proteins.
著者: Sofiya Fedosyuk / Gustavo Arruda Bezerra / Katharina Radakovics / Terry K Smith / Massimo Sammito / Nina Bobik / Adam Round / Lynn F Ten Eyck / Kristina Djinović-Carugo / Isabel Usón / Tim Skern /

要旨: Vaccinia virus interferes with early events of the activation pathway of the transcriptional factor NF-kB by binding to numerous host TIR-domain containing adaptor proteins. We have previously ...

履歴

登録	2015年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月28日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ezu.cif.gz	77.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ezu.ent.gz	58.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ezu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5ezu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5ezu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	SASDBK7C SASDBL7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sbj-d 7b42-d 3f2i-3 5j1m-2 7b41-d 7bos-d 3saw-d 3nhi-d 7b43-2 1o70-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#20 - 2001年8月
ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein A46

B: Protein A46

ヘテロ分子

20.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein A46

B: Protein A46

ヘテロ分子

A: Protein A46

B: Protein A46

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.787, 59.580, 47.257
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.700, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-230- HOH

#1: タンパク質	Protein A46 分子量: 10037.169 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vaccinia virus (strain Western Reserve) (ワクシニアウイルス) 遺伝子: VACWR172, A46R / プラスミド: pET-TRX / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P26672
#2: 化合物	ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸 / ミリスチン酸分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG6000, sodium chloride, lithium chloride, ammonium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→41.84 Å / Num. obs: 23425 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 1 % / B_iso Wilson estimate: 23.99 Å² / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 116682
反射シェル	解像度: 1.55→1.65 Å / 冗長度: 1.93 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1938	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XPREP		データ削減
Arcimboldo		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.55→41.842 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 33.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2418	1101	4.71 %
R_work	0.1997	22288	-
obs	0.2017	23389	99.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.08 Å² / B_iso mean: 40.9362 Å² / B_iso min: 17.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→41.842 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1150	0	16	57	1223
B_iso mean	-	-	56.1	49.38	-
残基数	-	-	-	-	143

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1247
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.025	1703
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	199
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	222
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.585	468

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.55-1.6205	0.3937	101	0.3555	2776	2877	98
1.6205-1.706	0.3491	149	0.3247	2768	2917	99
1.706-1.8129	0.3053	141	0.2849	2749	2890	99
1.8129-1.9528	0.2828	143	0.2276	2759	2902	99
1.9528-2.1494	0.2436	132	0.2003	2797	2929	100
2.1494-2.4604	0.2409	166	0.1925	2765	2931	100
2.4604-3.0996	0.2525	151	0.2162	2797	2948	100
3.0996-41.857	0.207	118	0.1656	2877	2995	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.077	-0.3659	-3.0251	4.7131	1.1514	5.0087	0.2726	0.7413	0.1057	-0.7259	-0.0861	0.2089	-0.0799	-0.4466	-0.2266	0.3336	0.0729	-0.0407	0.3653	0.0001	0.2301	-7.7194	-10.8464	42.4799
2	7.3811	-2.2457	-3.0046	5.1176	1.2246	6.1498	-0.4063	-0.2031	1.2151	0.1751	0.3714	-0.1433	-0.3505	-0.3019	0.0448	0.2904	0.1307	-0.1011	0.2586	-0.0736	0.3606	-12.9865	4.2686	50.2152
3	4.7775	0.054	-0.8895	4.6346	-1.7073	9.4883	-0.0396	0.289	0.2715	0.0514	0.0226	0.1413	-0.3237	-0.827	0.2459	0.2443	0.0718	-0.0358	0.3389	-0.0508	0.285	-15.8255	-0.85	48.3491
4	2.9773	-2.666	0.0803	4.7886	0.9291	1.3758	-0.0576	0.0268	-0.1618	-0.0182	-0.0494	0.343	0.1281	-0.485	0.1367	0.2219	0.0053	0.0228	0.3628	-0.0514	0.215	-11.7634	-12.0438	45.823
5	6.2172	-0.7739	0.3831	4.3505	5.7373	8.0003	-0.1685	0.0464	0.4482	0.254	-0.4111	-0.1129	-0.6931	0.1888	0.1883	0.4077	0.0214	-0.0966	0.2335	-0.0058	0.2508	2.3567	-7.3108	57.1114
6	3.3675	-2.3906	-0.9348	7.0259	2.3581	2.6286	-0.4437	-1.0044	0.0644	0.752	0.3446	0.4553	0.0312	-0.4464	0.1927	0.315	0.1711	0.0417	0.5057	-0.1494	0.2382	-10.9229	-6.6017	60.1362
7	8.0924	-6.4572	-3.4683	4.8479	3.5789	3.646	-0.1758	-0.1882	0.3124	1.0687	-0.1754	-0.1965	-0.1833	-0.7357	0.2122	0.3372	0.0627	-0.0716	0.2954	-0.0567	0.1836	-8.6073	-6.0256	61.4989
8	6.7487	-3.7107	1.0513	2.3489	-1.3558	5.9534	0.2152	-0.0998	-0.115	-0.1597	-0.4102	0.4087	0.0728	-0.1024	0.2508	0.3503	-0.0006	-0.0768	0.2273	-0.0014	0.2342	-4.8199	-7.1797	63.6723
9	3.4644	-2.6158	-0.3396	4.7039	3.1545	4.4345	-0.3753	-0.2069	1.6288	1.2486	0.3905	0.62	-0.9291	-0.2376	-0.1779	0.7441	0.1313	-0.1389	0.3101	-0.1143	0.8224	-8.6727	8.1039	57.7078
10	5.5949	-3.0049	1.0909	6.4207	-0.099	2.7656	0.2206	0.4754	0.1899	-0.3164	-0.3838	-0.8143	-0.0301	0.4627	0.1408	0.1759	0.0321	0.0509	0.2741	0.0092	0.2916	4.0413	-11.681	47.8113
11	6.5947	-4.9134	-2.7617	4.8342	4.448	4.811	-0.1685	0.162	1.0262	0.5892	0.1686	-1.3771	-0.3065	0.3265	0.0691	0.2891	0.0096	-0.1002	0.2623	-0.0034	0.3567	1.8061	-4.154	52.5798

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 13 )	A	1 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 14 through 32 )	A	14 - 32
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 33 through 47 )	A	33 - 47
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 48 through 76 )	A	48 - 76
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 8 )	B	1 - 8
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 9 through 24 )	B	9 - 24
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 25 through 32 )	B	25 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 33 through 42 )	B	33 - 42
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 43 through 47 )	B	43 - 47
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 48 through 58 )	B	48 - 58
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 59 through 67 )	B	59 - 67

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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