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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ez4 | ||||||
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タイトル | 2.11 Angstrom resolution crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase (betB) P449M/Y450L double mutant from Staphylococcus aureus in complex with NAD+ and BME-modified Cys289 | ||||||
![]() | Betaine aldehyde dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE / ROSSMANN FOLD / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to chemical stimulus / betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Chen, C. / Joo, J.C. / Yakunin, A.F. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: 2.11 Angstrom resolution crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase (betB) P449M/Y450L double mutant from Staphylococcus aureus in complex with NAD+ and BME-modified Cys289 著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Chen, C. / Joo, J.C. / Yakunin, A.F. / Anderson, W.F. #1: ![]() タイトル: Structural and functional analysis of betaine aldehyde dehydrogenase from Staphylococcus aureus. 著者: Halavaty, A.S. / Rich, R.L. / Chen, C. / Joo, J.C. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J.R. / Myszka, D.G. / Duban, M. / Shuvalova, L. / Yakunin, A.F. / Anderson, W.F. #2: ![]() タイトル: Structure-based mutational studies of substrate inhibition of betaine aldehyde dehydrogenase BetB from Staphylococcus aureus. 著者: Chen, C. / Joo, J.C. / Brown, G. / Stolnikova, E. / Halavaty, A.S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Yakunin, A.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 821.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 677.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 94.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 138.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4mpbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 57176.312 Da / 分子数: 4 / 変異: P449M, Y450L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: p15TV-LIC / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 2019分子 ![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 化合物 | ChemComp-PGE / #5: 化合物 | ChemComp-EPE / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.26 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Potein: 6 mg/ml, 10 mM Tris-HCl, pH 8.3, 500 mM NaCl, 5 mM BME, 5mM NAD+. Crystallization: Classics II D3: 100 mM HEPES, pH 7.0, 30%(v/v) Jeffamine ED-2001. Cryo: crystallization condition |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月29日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.11→30 Å / Num. obs: 154078 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 9.92 |
反射 シェル | 解像度: 2.11→2.15 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4MPB 解像度: 2.11→29.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 6.389 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.98 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.11→29.69 Å
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拘束条件 |
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