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- PDB-5ez0: CRYSTAL STRUCTURE OF THE PTPN4 PDZ DOMAIN COMPLEXED WITH THE PDZ ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ez0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE PTPN4 PDZ DOMAIN COMPLEXED WITH THE PDZ BINDING MOTIF OF THE MITOGEN ACTIVATED PROTEIN KINASE P38GAMMA.
要素
  • Mitogen-activated protein kinase 12
  • Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
キーワードAPOPTOSIS / CELL DEATH / GLIOBLASTOMA / MULTIPROTEIN COMPLEXES / PDZ DOMAINS / P38GAMMA / MITOGEN ACTIVATED PROTEIN KINASE / PROTEIN BINDING / NON-RECEPTOR TYPE 4 / PTPN4 / RABIES VIRUS / PDZ BINDING MOTIF
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Interleukin-37 signaling / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / glutamate receptor binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / protein dephosphorylation / cytoskeletal protein binding / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity ...Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Interleukin-37 signaling / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / glutamate receptor binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / protein dephosphorylation / cytoskeletal protein binding / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / cytoplasmic side of plasma membrane / cytoskeleton / nucleoplasm / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-3, -4 / PTPN3/4, FERM domain C-lobe / FERM adjacent (FA) / FERM adjacent (FA) / FERM adjacent (FA) / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain ...Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-3, -4 / PTPN3/4, FERM domain C-lobe / FERM adjacent (FA) / FERM adjacent (FA) / FERM adjacent (FA) / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / : / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
mitogen-activated protein kinase / Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Maisonneuve, P. / Vaney, M.C. / Caillet-Saguy, C. / Lafon, M. / Delepierre, M. / Cordier, F. / Wolff, N.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Molecular Basis of the Interaction of the Human Protein Tyrosine Phosphatase Non-receptor Type 4 (PTPN4) with the Mitogen-activated Protein Kinase p38 gamma.
著者: Maisonneuve, P. / Caillet-Saguy, C. / Vaney, M.C. / Bibi-Zainab, E. / Sawyer, K. / Raynal, B. / Haouz, A. / Delepierre, M. / Lafon, M. / Cordier, F. / Wolff, N.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Peptides targeting the PDZ domain of PTPN4 are efficient inducers of glioblastoma cell death.
著者: Babault, N. / Cordier, F. / Lafage, M. / Cockburn, J. / Haouz, A. / Prehaud, C. / Rey, F.A. / Delepierre, M. / Buc, H. / Lafon, M. / Wolff, N.
履歴
登録2015年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references
改定 1.22016年8月17日Group: Database references
改定 1.32017年12月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
C: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
D: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
E: Mitogen-activated protein kinase 12
F: Mitogen-activated protein kinase 12
G: Mitogen-activated protein kinase 12
H: Mitogen-activated protein kinase 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,07110
ポリマ－51,8798
非ポリマー1922
水1,71195
1
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
E: Mitogen-activated protein kinase 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9702
ポリマ－12,9702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
F: Mitogen-activated protein kinase 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9702
ポリマ－12,9702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
G: Mitogen-activated protein kinase 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0663
ポリマ－12,9702
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
H: Mitogen-activated protein kinase 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0663
ポリマ－12,9702
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.564, 76.121, 198.676
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.1046, -0.9945, 0.002796), (-0.9945, 0.1046, -0.002913), (0.002604, -0.003086, -1)-3.045, -36.970001, 49.5
2given(-0.3802, 0.7502, 0.541), (0.7591, -0.08106, 0.6459), (0.5284, 0.6562, -0.5387)-19.02, -27.9, 46.720001
3given(-0.7131, 0.4478, -0.5395), (0.001061, -0.7688, -0.6395), (-0.7011, -0.4566, 0.5477)22.42, -24.58, 0.8664

-
要素

#1: タンパク質
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4 / Protein-tyrosine phosphatase MEG1 / PTPase-MEG1


分子量: 11694.363 Da / 分子数: 4 / 断片: PDZ DOMAIN, RESIDUES 499-604 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN4 / プラスミド: PDEST15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P29074, protein-tyrosine-phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド
Mitogen-activated protein kinase 12 / Mitogen-activated protein kinase 12 / isoform CRA_a


分子量: 1275.453 Da / 分子数: 4 / 断片: PDZ BINDING MOTIF, RESIDUES 269-277 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B5MDL5
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 1.2 M SODIUM DI-HYDROGEN PHOSPHATE 0.8 M DI-POTASSIUM HYDROGEN PHOSPHATE 0.1M CAPS 0.2 M Lithium sulfate 0.67 M Non-Detergent Sulfobetaine (NDSB) 201

-
データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月25日
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→49.35 Å / Num. obs: 21504 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 49.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rejects: 0 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.4精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NFK

3nfk


解像度: 2.35→45.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9124 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8969 / SU R Cruickshank DPI: 0.329 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.334 / SU Rfree Blow DPI: 0.229 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.23
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2517 1088 5.07 %RANDOM
Rwork0.2284 ---
obs0.2295 21464 97.07 %-
原子変位パラメータBiso max: 106.09 Å2 / Biso mean: 45.07 Å2 / Biso min: 22.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.1996 Å20 Å20 Å2
2--5.56 Å20 Å2
3----9.7596 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→45.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3099 0 10 95 3204
Biso mean--92.13 44.26 -
残基数----405
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1081SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes85HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes455HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3165HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion406SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3446SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3165HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4297HARMONIC20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.1
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.46 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2986 130 4.85 %
Rwork0.2564 2550 -
all0.2584 2680 -
obs--97.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3791-1.05621.31152.45371.55572.93720.00770.0556-0.0057-0.11960.0014-0.22130.01160.0326-0.0091-0.04570.04970.0074-0.0771-0.0003-0.00228.6474-13.338129.6663
21.9641-0.54781.18713.91811.27414.32170.0176-0.0664-0.13510.0122-0.015-0.0393-0.0361-0.0253-0.0026-0.08740.028-0.0244-0.0709-0.0170.0009-24.6995-9.126619.8044
30.91090.46641.08035.2222-1.41711.2012-0.0062-0.15390.13260.032-0.0113-0.0272-0.0073-0.08580.0175-0.14130.0336-0.0587-0.0428-0.03560.0183-8.94288.344833.0226
45.49820.0529-0.86792.20240.66511.0104-0.00550.04640.0051-0.11570.0110.13560.00890.0382-0.0055-0.0060.076-0.0487-0.0947-0.0571-0.0848-10.3753-27.401616.4635
50.2572-0.23980.10570.16690.18090.14480.00080.00160.0063-0.00590.0002-0.0094-0.00790.0007-0.0010.01550.02340.0266-0.01110.00890.0112.2771-6.841823.1698
60.1524-0.25130.21790.360.34160.2983-0.0013-0.004-0.005-0.0001-0.00020.0112-0.0062-0.00020.00150.01250.01010.02060.02090.0169-0.017-30.6445-1.876626.1473
70.3196-0.4795-0.03110.45440.60880.375-0.0013-0.00230.0126-0.01960.0028-0.00020.00020.0077-0.00150.0080.0427-0.05040.0266-0.0484-0.025-2.9887-4.06544.0011
80.7938-0.48810.42770.0068-0.41970.2515-0.0042-0.0147-0.0021-0.01790.00760.0024-0.0051-0.0059-0.00340.02240.08520.0057-0.0091-0.0284-0.00081.5919-34.74075.6342
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN AA511 - 604
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN BB510 - 604
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN CC511 - 604
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN DD510 - 604
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN EE8 - 13
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN FF8 - 13
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN GG3 - 13
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN HH3 - 13

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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