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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ez0 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE PTPN4 PDZ DOMAIN COMPLEXED WITH THE PDZ BINDING MOTIF OF THE MITOGEN ACTIVATED PROTEIN KINASE P38GAMMA. | ||||||
要素 |
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キーワード | APOPTOSIS / CELL DEATH / GLIOBLASTOMA / MULTIPROTEIN COMPLEXES / PDZ DOMAINS / P38GAMMA / MITOGEN ACTIVATED PROTEIN KINASE / PROTEIN BINDING / NON-RECEPTOR TYPE 4 / PTPN4 / RABIES VIRUS / PDZ BINDING MOTIF | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Interleukin-37 signaling / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / MAP kinase activity / glutamate receptor binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / cytoskeletal protein binding / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity ...Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Interleukin-37 signaling / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / MAP kinase activity / glutamate receptor binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / cytoskeletal protein binding / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / cytoplasmic side of plasma membrane / cytoskeleton / nucleoplasm / ATP binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Maisonneuve, P. / Vaney, M.C. / Caillet-Saguy, C. / Lafon, M. / Delepierre, M. / Cordier, F. / Wolff, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016 タイトル: Molecular Basis of the Interaction of the Human Protein Tyrosine Phosphatase Non-receptor Type 4 (PTPN4) with the Mitogen-activated Protein Kinase p38 gamma. 著者: Maisonneuve, P. / Caillet-Saguy, C. / Vaney, M.C. / Bibi-Zainab, E. / Sawyer, K. / Raynal, B. / Haouz, A. / Delepierre, M. / Lafon, M. / Cordier, F. / Wolff, N. #1: ジャーナル: Structure / 年: 2011 タイトル: Peptides targeting the PDZ domain of PTPN4 are efficient inducers of glioblastoma cell death. 著者: Babault, N. / Cordier, F. / Lafage, M. / Cockburn, J. / Haouz, A. / Prehaud, C. / Rey, F.A. / Delepierre, M. / Buc, H. / Lafon, M. / Wolff, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ez0.cif.gz | 171.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ez0.ent.gz | 136.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ez0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ez0_validation.pdf.gz | 486 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5ez0_full_validation.pdf.gz | 487.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5ez0_validation.xml.gz | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ez0_validation.cif.gz | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5ez0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5ez0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11694.363 Da / 分子数: 4 / 断片: PDZ DOMAIN, RESIDUES 499-604 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN4 / プラスミド: PDEST15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P29074, protein-tyrosine-phosphatase #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1275.453 Da / 分子数: 4 / 断片: PDZ BINDING MOTIF, RESIDUES 269-277 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B5MDL5 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.83 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 1.2 M SODIUM DI-HYDROGEN PHOSPHATE 0.8 M DI-POTASSIUM HYDROGEN PHOSPHATE 0.1M CAPS 0.2 M Lithium sulfate 0.67 M Non-Detergent Sulfobetaine (NDSB) 201 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.95373 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月25日 |
放射 | モノクロメーター: CHANNEL CUT SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95373 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→49.35 Å / Num. obs: 21504 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 49.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rejects: 0 / % possible all: 93.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3NFK 解像度: 2.35→45.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9124 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8969 / SU R Cruickshank DPI: 0.329 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.334 / SU Rfree Blow DPI: 0.229 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.23 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
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原子変位パラメータ | Biso max: 106.09 Å2 / Biso mean: 45.07 Å2 / Biso min: 22.74 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.39 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.35→45.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.46 Å / Total num. of bins used: 11
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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