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- PDB-7d35: Human LC8 bound to ebola virus VP35(67-76) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d35
タイトルHuman LC8 bound to ebola virus VP35(67-76)
要素
  • Dynein light chain 1, cytoplasmic
  • Peptide from Polymerase cofactor VP35
キーワードUNKNOWN FUNCTION / LC8 / Ebola virus / EBOV / VP35
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribonuclease inhibitor activity / negative regulation of DNA strand resection involved in replication fork processing / intraciliary retrograde transport / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / motile cilium assembly / Activation of BIM and translocation to mitochondria / negative regulation of phosphorylation / ciliary tip / Intraflagellar transport ...deoxyribonuclease inhibitor activity / negative regulation of DNA strand resection involved in replication fork processing / intraciliary retrograde transport / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / motile cilium assembly / Activation of BIM and translocation to mitochondria / negative regulation of phosphorylation / ciliary tip / Intraflagellar transport / dynein complex / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / cytoplasmic dynein complex / dynein intermediate chain binding / Macroautophagy / enzyme inhibitor activity / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / COPI-mediated anterograde transport / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / substantia nigra development / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / AURKA Activation by TPX2 / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / virion component / HCMV Early Events / Aggrephagy / mitotic spindle / Separation of Sister Chromatids / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / site of double-strand break / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / microtubule / host cell cytoplasm / cytoskeleton / cilium / apoptotic process / centrosome / DNA damage response / Neutrophil degranulation / mitochondrion / RNA binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile. / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 ...Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile. / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynein light chain 1, cytoplasmic / Polymerase cofactor VP35
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Ebola virus (エボラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å
データ登録者Ku, B. / Lim, D.
資金援助 韓国, 3件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2020R1C1C1008451 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019M3E5D6063955 韓国
Ministry of Science, ICT and Future Planning (MSIP)KRIBB Research Initiative Programs 韓国
引用ジャーナル: J.Microbiol / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of human LC8 bound to a peptide from Ebola virus VP35.
著者: Lim, D. / Shin, H.C. / Choi, J.S. / Kim, S.J. / Ku, B.
履歴
登録2020年9月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynein light chain 1, cytoplasmic
B: Peptide from Polymerase cofactor VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7572
ポリマ－11,7572
非ポリマー00
水30617
1
A: Dynein light chain 1, cytoplasmic
B: Peptide from Polymerase cofactor VP35

A: Dynein light chain 1, cytoplasmic
B: Peptide from Polymerase cofactor VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5154
ポリマ－23,5154
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
Buried area5020 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area8830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.426, 43.426, 205.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Dynein light chain 1, cytoplasmic / 8 kDa dynein light chain / DLC8 / Dynein light chain LC8-type 1 / Protein inhibitor of neuronal ...8 kDa dynein light chain / DLC8 / Dynein light chain LC8-type 1 / Protein inhibitor of neuronal nitric oxide synthase / PIN


分子量: 10577.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYNLL1, DLC1, DNCL1, DNCLC1, HDLC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63167
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Polymerase cofactor VP35 / Ebola VP35 / eVP35


分子量: 1180.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Ebola virus (エボラウイルス) / 参照: UniProt: Q6V1Q9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200mM ammonium citrate dibasic, 200mM ammonium citrate tribasic (pH 5.5), 30% (w/v) polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 4869 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.975 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.31 / Num. unique obs: 225 / CC1/2: 0.949

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CMI

1cmi


解像度: 2.401→30.33 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 28.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2917 487 10.02 %
Rwork0.2276 4373 -
obs0.234 4860 96.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.3 Å2 / Biso mean: 33.0497 Å2 / Biso min: 12.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.401→30.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数790 0 0 17 807
Biso mean---32.12 -
残基数----96
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007805
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9111080
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056116
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004137
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.059485
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.401-2.74790.37281530.2943136995
2.7479-3.46130.30581570.2452141496
3.4613-30.330.25681770.1977159098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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