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- PDB-5eq6: Pseudomonas aeruginosa PilM bound to AMP-PNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eq6
タイトルPseudomonas aeruginosa PilM bound to AMP-PNP
要素Type 4 fimbrial biogenesis protein PilM
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / PilM / type iv pilus / t4p / Hsp70-like
機能・相同性
機能・相同性情報


type IV pilus assembly / type IV pilus / type IV pilus-dependent motility / cell division / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dna Ligase; domain 1 - #300 / Type IV pilus inner membrane component PilM / Type IV pilus assembly protein PilM; / SHS2 domain inserted in FtsA / Cell division protein FtsA / : / Dna Ligase; domain 1 / ATPase, nucleotide binding domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Type IV pilus inner membrane component PilM
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者McCallum, M. / Tammam, S. / Robinson, H. / Shah, M. / Calmettes, C. / Moraes, T. / Burrows, L.L. / Howell, P.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: PilN Binding Modulates the Structure and Binding Partners of the Pseudomonas aeruginosa Type IVa Pilus Protein PilM.
著者: McCallum, M. / Tammam, S. / Little, D.J. / Robinson, H. / Koo, J. / Shah, M. / Calmettes, C. / Moraes, T.F. / Burrows, L.L. / Howell, P.L.
履歴
登録2015年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22016年7月20日Group: Data collection
改定 1.32017年9月27日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type 4 fimbrial biogenesis protein PilM
B: Type 4 fimbrial biogenesis protein PilM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6646
ポリマ－76,6032
非ポリマー1,0614
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area31230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.600, 151.767, 45.886
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Type 4 fimbrial biogenesis protein PilM


分子量: 38301.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: pilM, PA5044 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD28
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG3350, magnesium chloride, Bis-Tris / PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.26→20 Å / Num. obs: 11153 / % possible obs: 87 % / 冗長度: 2.4 % / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 1.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1639精密化
SAINTデータ削減
SAINTデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EOY

5eoy


解像度: 3.5→20 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 866 4.96 %
Rwork0.2411 --
obs0.2428 9479 91.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5086 0 64 38 5188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055212
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8447119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0031813
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028894
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003909
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5001-3.71810.33611190.31482349X-RAY DIFFRACTION78
3.7181-4.00320.30241200.28262246X-RAY DIFFRACTION75
4.0032-4.40230.27731540.23463004X-RAY DIFFRACTION99
4.4023-5.03080.2861590.22523028X-RAY DIFFRACTION100
5.0308-6.30650.2951540.2363017X-RAY DIFFRACTION100
6.3065-20.27990.18931600.192947X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7054-1.26311.72351.7220.07363.3835-0.0478-0.166-0.26160.11880.11060.25520.46730.0166-0.04630.32530.05820.07450.30870.13890.5498-18.283730.9883-18.0584
20.3330.10590.14160.12270.1180.920.06060.06660.0168-0.3235-0.16620.1709-0.05580.11120.09830.60180.0474-0.18710.2698-0.04260.2713-29.52063.4605-22.2475
30.13-0.0676-0.13621.0782-0.03390.4708-0.0182-0.31560.05620.2795-0.1388-0.2986-0.06210.26130.10150.4883-0.0744-0.0220.15550.05690.2339-12.16567.17422.9209
40.1804-0.0272-0.06580.24390.09930.3329-0.3721-0.11950.215-0.0969-0.141-0.0759-0.130.06980.1130.45110.0595-0.26250.2012-0.11460.218-24.69674.7197-13.6518
50.7506-0.29540.01970.4204-0.36090.44650.073-0.40120.3790.12180.1747-0.05530.04450.1421-0.13490.3560.2193-0.22760.1808-0.24570.5394-39.47210.493-2.733
60.1266-0.13-0.08560.40720.12020.2156-0.00810.02670.0936-0.14880.11820.0706-0.07480.0131-0.04510.15340.3266-0.0121-0.2038-0.29420.9178-46.1894-18.1155-20.7411
70.9668-0.06420.30220.838-0.36560.5538-0.1373-0.6931-0.08540.498-0.0294-0.05310.1643-0.13020.01160.30430.337-0.17440.32430.1980.4955-46.5652-5.6586-2.0107
80.5523-0.1026-0.07880.596-0.04770.0903-0.36130.21710.3008-0.18410.13920.1627-0.2347-0.03880.11610.44660.2102-0.3038-0.0445-0.12170.4554-39.57068.756-18.3801
91.1162-0.7996-0.59340.6930.70760.99210.15750.09630.241-0.20560.0276-0.172-0.19920.0953-0.13770.24720.04860.1650.0172-0.25640.3381-18.729210.329-7.2253
100.05520.0099-0.02870.265-0.01210.1957-0.1013-0.24420.14490.41550.1742-0.24120.1620.2960.06010.91160.2793-0.0610.25730.14850.0774-25.724640.0817-1.1665
111.1973-0.0995-0.1560.2574-0.01780.2624-0.08150.4262-0.11010.06670.0341-0.1004-0.1741-0.13380.0216-0.13010.0364-0.290.20050.00260.3664-10.780833.8088-27.1683
120.3310.0083-0.19430.620.13870.3794-0.3653-0.15960.05350.3464-0.0871-0.23430.10020.4440.01670.14490.0892-0.03060.1932-0.16310.0649-22.403638.116-10.2728
130.532-0.157-0.28330.1009-0.17770.91670.2480.1113-0.37890.0644-0.1040.1420.246-0.07960.00310.2304-0.0639-0.16790.0549-0.2530.1195-37.796942.6153-19.6973
140.21040.0869-0.10050.56570.30810.27030.0864-0.1433-0.2373-0.07990.0335-0.2935-0.22220.0808-0.0880.4230.1945-0.07670.0022-0.4827-0.3581-43.335859.51430.0503
150.33080.1043-0.03680.5602-0.00110.384-0.05090.2198-0.1403-0.3710.20530.0324-0.3201-0.2625-0.0513-0.1247-0.18260.21270.21140.0299-0.0188-45.288148.5408-19.447
160.6582-0.5178-0.21951.72090.56670.3938-0.1613-0.3333-0.22640.46330.15030.33720.40510.01530.07690.68110.06620.05860.0117-0.09360.2033-36.148833.9398-4.0319
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 9)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 10 through 81)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 82 through 147)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 148 through 182)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 183 through 223)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 224 through 265)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 266 through 318)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 319 through 354)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid -1 through 7)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 10 through 81)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 82 through 147)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 148 through 182)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 183 through 223)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 224 through 265)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 266 through 318)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 319 through 354)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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