PDB-5eoy: Pseudomonas aeruginosa SeMet-PilM bound to ADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5eoy

タイトル

Pseudomonas aeruginosa SeMet-PilM bound to ADP

要素

Type 4 fimbrial biogenesis protein PilM

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / PilM / actin-like / Type IV Pilus / T4P

機能・相同性

機能・相同性情報

type IV pilus assembly / type IV pilus / type IV pilus-dependent motility / cell division / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

McCallum, M. / Tammam, S. / Robinson, H. / Shah, M. / Calmettes, C. / Moraes, T. / Burrows, L.L. / Howell, P.L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: PilN Binding Modulates the Structure and Binding Partners of the Pseudomonas aeruginosa Type IVa Pilus Protein PilM.
著者: McCallum, M. / Tammam, S. / Little, D.J. / Robinson, H. / Koo, J. / Shah, M. / Calmettes, C. / Moraes, T.F. / Burrows, L.L. / Howell, P.L.

履歴

登録	2015年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5eoy.cif.gz	274.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5eoy.ent.gz	224.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5eoy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/5eoy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/5eoy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5eouC 5eoxC 5eq6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5eox-d 5i96-d 5eq6-d 2aja-d 2ztg-d 5wer-2 5wer-3 1m9i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Type 4 fimbrial biogenesis protein PilM

B: Type 4 fimbrial biogenesis protein PilM

ヘテロ分子

78 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.575, 110.750, 151.995
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Type 4 fimbrial biogenesis protein PilM 分子量: 38536.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: pilM, PA5044 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD28
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG3350, magnesium chloride, bis-tris / PH範囲: 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→46.08 Å / Num. obs: 31016 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / R_sym value: 0.115 / Net I/σ(I): 18.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1639	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 2.5→46.073 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2612	1261	4.98 %
R_work	0.2132	-	-
obs	0.2156	26503	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.073 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5098	0	57	87	5242

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5214
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.874	7109
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.905	1833
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	879
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	916

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.551	0.4165	136	0.3352	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.551-2.6065	0.3129	143	0.3073	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6065-2.6671	0.3415	135	0.287	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6671-2.7338	0.2956	138	0.2768	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7338-2.8077	0.3287	139	0.2772	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8077-2.8903	0.3016	136	0.2751	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8903-2.9836	0.3046	130	0.267	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9836-3.0902	0.2888	138	0.2422	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0902-3.2139	0.2957	136	0.234	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2139-3.3601	0.2932	138	0.2376	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3601-3.5372	0.3279	138	0.2308	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5372-3.7588	0.3108	132	0.2065	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7588-4.0488	0.2184	143	0.1825	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0488-4.456	0.2049	141	0.1703	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
4.456-5.1	0.2223	141	0.1736	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1-6.4228	0.2741	135	0.2122	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4228-46.0806	0.2073	136	0.178	2622	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.0612	-1.1888	0.3811	7.4298	3.1871	9.6078	-0.1005	-0.0598	-0.0889	-0.1423	0.0286	-0.2179	-0.0138	0.7832	0.1011	0.2933	-0.0561	0.0181	0.3795	0.1159	0.3614	63.6385	-82.5596	154.7066
2	6.2282	0.9019	-3.5489	0.5844	-0.8938	7.7899	-0.2191	-0.0972	-0.7393	0.1399	-0.0846	0.1792	0.6806	0.0468	0.3483	0.4349	0.0049	0.044	0.3215	0.0045	0.4528	38.091	-100.1618	157.7066
3	3.509	-1.972	-0.8003	6.8614	1.888	2.3702	-0.0389	-0.2299	-0.1652	0.1009	0.1659	0.7613	-0.0071	0.1061	-0.106	0.3716	-0.0416	0.021	0.3817	0.1048	0.3474	54.8345	-87.2456	155.4175
4	8.6284	1.5258	-0.8589	7.1444	-2.4563	5.5381	-0.4969	-0.484	-0.039	-0.2724	0.8723	2.0572	0.8172	-0.2689	-0.2652	0.53	0.0424	-0.2174	0.3665	0.1928	1.1348	44.2643	-72.3323	151.6438
5	8.9041	0.64	-2.37	1.0176	0.3047	5.7386	0.4527	2.4204	1.1959	-1.6482	-0.974	-0.0828	0.4579	1.2158	0.4282	1.1611	0.3088	-0.0555	1.0767	0.3075	0.6821	62.6096	-64.5844	134.0835
6	8.4584	-0.0545	1.7291	4.2435	0.1079	7.9217	0.0003	0.4678	1.2313	-0.4088	-0.0161	1.5359	-0.3434	-0.5125	0.009	0.5167	0.0375	-0.1155	0.3649	0.0886	0.8802	43.7734	-64.3484	146.1165
7	2.7226	-2.8774	2.8586	9.9792	-1.3442	9.8419	-0.1795	-0.5102	0.5932	1.1696	0.1248	0.0965	-0.7292	0.1273	0.1201	0.4831	0.0038	0.0267	0.442	-0.0093	0.4161	59.2763	-72.8373	160.4062
8	3.8944	0.5081	-2.184	6.3095	-1.6852	5.3951	-0.1234	0.8688	-0.4822	-0.0144	-0.3164	0.5328	0.1536	-1.2565	0.4407	0.4212	0.0236	0.0351	0.8586	-0.3758	0.6607	39.6749	-84.4302	189.0097
9	3.2717	-4.0193	-2.858	9.2621	6.4502	8.2614	-0.0903	-0.687	0.021	0.5767	0.3464	-0.3468	0.6022	0.8156	-0.3354	0.384	0.0212	-0.0093	0.438	0.0226	0.4662	65.3455	-101.1242	184.6807
10	2.9078	-0.5323	-1.6985	1.9621	-0.2491	4.6319	-0.1556	0.0837	-0.541	-0.1268	-0.4521	0.5342	0.4739	-0.5221	0.5123	0.4016	0.0062	0.1063	0.5597	-0.2741	0.7129	48.7228	-88.6897	188.0538
11	5.5573	-1.5846	-1.6858	5.2666	5.7825	6.0745	0.2908	0.1814	-0.1538	0.2914	0.3298	-0.5157	0.54	0.531	-0.446	0.3317	0.0193	-0.0756	0.4353	-0.0905	0.5443	59.4011	-74.5984	192.932
12	5.6426	-2.0501	-3.472	7.1901	5.2526	9.3425	-0.0752	0.1671	-0.0288	-0.282	-0.0963	0.3639	0.3036	-0.9018	0.1198	0.4668	-0.1577	-0.0519	0.5067	0.0937	0.3157	40.8069	-67.594	210.0377
13	6.2959	-0.1762	-0.2005	5.0701	2.7106	6.5876	0.3294	-0.3085	0.2807	0.0774	0.1578	-0.8901	-0.007	0.3396	-0.5215	0.331	-0.063	-0.0352	0.2908	-0.0382	0.4263	59.8729	-66.8345	198.2816
14	4.5033	3.1764	3.0277	9.3231	-0.9544	6.1436	0.3202	1.2476	-0.0578	-0.7562	-0.6564	0.1141	-0.5946	-0.8897	0.2944	0.4995	0.1679	-0.0321	0.9445	-0.1813	0.3647	44.0091	-74.4869	183.7151

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 81)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 147 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 148 through 182 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 183 through 223 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 224 through 265 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 266 through 318 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 319 through 354 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 10 through 81)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 82 through 147 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 148 through 182 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 183 through 223 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 224 through 265 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 266 through 318 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 319 through 354 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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