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万見
- PDB-1m9i: Crystal Structure Of Phosphorylation-Mimicking Mutant T356D Of An... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m9i
タイトルCrystal Structure Of Phosphorylation-Mimicking Mutant T356D Of Annexin VI
要素Annexin VI
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / ANNEXIN / CALCIUM-BINDING / MEMBRANE-BINDING / PHOSPHORYLATION / MUTANT T356D
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of sequestering of calcium ion / mitochondrial calcium ion homeostasis / regulation of muscle contraction / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity / cholesterol binding / phosphatidylserine binding / Smooth Muscle Contraction / apoptotic signaling pathway ...negative regulation of sequestering of calcium ion / mitochondrial calcium ion homeostasis / regulation of muscle contraction / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity / cholesterol binding / phosphatidylserine binding / Smooth Muscle Contraction / apoptotic signaling pathway / calcium ion transport / calcium-dependent protein binding / late endosome membrane / melanosome / : / monoatomic ion transmembrane transport / lysosomal membrane / focal adhesion / lipid binding / calcium ion binding / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Annexin A6 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. ...Annexin A6 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Freye-Minks, C. / Kretsinger, R.H. / Creutz, C.E.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Structural and Dynamic Changes in Human Annexin VI Induced by a Phosphorylation-Mimicking Mutation, T356D
著者: Freye-Minks, C. / Kretsinger, R.H. / Creutz, C.E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: The structure of recombinant human annexin VI in crystals and membrane-bound
著者: Benz, J. / Bergner, A. / Hofmann, A. / Demange, P. / Gottig, P. / Liemann, S. / Huber, R. / Voges, D.
#2: ジャーナル: BIOCHIM.BIOPHYS.ACTA / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of bovine annexin VI in a calcium-bound state
著者: Avila-Sakar, A.J. / Creutz, C.E. / Kretsinger, R.H.
履歴
登録2002年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Annexin VI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0496
ポリマ－75,8491
非ポリマー2005
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.970, 67.970, 204.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Annexin VI / Lipocortin VI / P68 / P70 / PROTEIN III / Chromobindin 20 / 67 kDa calelectrin / Calphobindin-II / CPB-II


分子量: 75849.055 Da / 分子数: 1 / 変異: T356D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANX6 / プラスミド: YepDB60 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): DB334 / 参照: UniProt: P08133
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4
詳細: 0.5M ammonium sulfate, 0.1M imidazole, pH 7.4, Vapor diffusion, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.5 Msodium acetate1reservoir
20.1 Mimidazole1reservoirpH7.4
315-20 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.971 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月16日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.971 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 32036 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 34.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.266 / Rsym value: 0.266 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: human annexin VI

解像度: 2.65→18.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high rms absF: 10000 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 1270 4.9 %random
Rwork0.225 ---
all0.243 26029 --
obs0.243 26029 97.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→18.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5264 0 5 148 5417
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it8.281.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it13.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it10.262
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it14.992.5
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 223 5 %
Rwork0.281 4246 -
obs-4246 99.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006901
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.23886
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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