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- PDB-2gak: X-ray crystal structure of murine leukocyte-type Core 2 b1,6-N-ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gak
タイトルX-ray crystal structure of murine leukocyte-type Core 2 b1,6-N-acetylglucosaminyltransferase (C2GnT-L)
要素beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase
キーワードTRANSFERASE / glycoprotein / cis-peptide / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-1,3-galactosyl-O-glycosyl-glycoprotein beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase / beta-1,3-galactosyl-O-glycosyl-glycoprotein beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase activity / : / O-linked glycosylation of mucins / tissue morphogenesis / kidney morphogenesis / Golgi cisterna / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / glycoprotein biosynthetic process / leukocyte tethering or rolling ...beta-1,3-galactosyl-O-glycosyl-glycoprotein beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase / beta-1,3-galactosyl-O-glycosyl-glycoprotein beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase activity / : / O-linked glycosylation of mucins / tissue morphogenesis / kidney morphogenesis / Golgi cisterna / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / glycoprotein biosynthetic process / leukocyte tethering or rolling / cell adhesion molecule production / trans-Golgi network / response to insulin / Golgi membrane / nucleotide binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 14 / Core-2/I-Branching enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-1,3-galactosyl-O-glycosyl-glycoprotein beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pak, J.E. / Rini, J.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: X-ray Crystal Structure of Leukocyte Type Core 2 beta1,6-N-Acetylglucosaminyltransferase: Evidence for a covergence of metal ion independent glycosyltransferase mechanism.
著者: Pak, J.E. / Arnoux, P. / Zhou, S. / Sivarajah, P. / Satkunarajah, M. / Xing, X. / Rini, J.M.
履歴
登録2006年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase
B: beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0824
ポリマ－90,6402
非ポリマー4422
水8,971498
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area32070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.779, 79.979, 104.971
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-665-

HOH

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要素

#1: タンパク質 beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase / Beta-1 / 3-galactosyl-O-glycosyl-glycoprotein / Core 2 branching enzyme / Core2-GlcNAc-transferase / C2GNT


分子量: 45319.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gcnt1 / プラスミド: pProtA
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q09324, beta-1,3-galactosyl-O-glycosyl-glycoprotein beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 20% PEG 4000, 0.1M glycine pH=9.0, 0.6M lithium chloride, 3.3% 1,2,3 heptanetriol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月1日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 67652 / Num. obs: 67648 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.079 / Χ2: 1.456 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Mean I/σ(I) obs: 8.61 / Num. unique all: 6642 / Rsym value: 0.17 / Χ2: 1.302 / % possible all: 98.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRCor.coef. Fo:Fc: 0.668 / Packing: 0.486
最高解像度最低解像度手法Reflection percentσ(F)
Rotation4 Å15 Åfast direct99.1 0
Translation4 Å15 Ågeneral: ! target for PC-refinement= e2e299.1 0
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
7.25-20192.7330.9621345
5.8-7.25188.6950.9311377
5.08-5.8189.7340.9451364
4.62-5.08187.1290.9571370
4.3-4.62198.5070.9581373
4.04-4.3194.730.9591352
3.84-4.04184.0650.9611348
3.68-3.84199.9590.9391344
3.54-3.68198.2260.9451340
3.42-3.54165.2850.9511347
3.31-3.42172.9330.9291375
3.21-3.31148.8130.9441345
3.13-3.21153.940.9291337
3.05-3.13143.1550.9251382
2.99-3.05135.5850.9291341
2.92-2.99117.3860.9331358
2.86-2.92106.6340.9541328
2.81-2.86117.5860.9251354
2.76-2.81119.3910.9041322
2.71-2.76103.9380.9411371
2.67-2.7198.5070.9241317
2.63-2.6799.3560.921387
2.59-2.6394.5180.9221321
2.55-2.5990.780.9211356
2.52-2.5592.4630.9141351
2.49-2.5288.3370.931330
2.46-2.4979.9050.9291369
2.43-2.4686.9420.9191327
2.4-2.4393.0690.9091354
2.37-2.477.5570.9251356
2.35-2.3777.7090.9211302
2.32-2.3578.1860.9231406
2.3-2.3279.9850.9241323
2.27-2.376.7660.9051337
2.25-2.2777.4750.9151375
2.23-2.2571.4550.9331322
2.21-2.2370.5360.921338
2.19-2.2162.1650.9271341
2.17-2.1971.2960.8971375
2.15-2.1762.8840.9251295
2.14-2.1560.5560.9311386
2.12-2.1462.9460.9221326
2.1-2.1263.7960.911355
2.09-2.165.5480.8981324
2.07-2.0964.130.8961350
2.06-2.0762.7610.8911339
2.04-2.0661.010.9081340
2.03-2.0457.7670.9151337
2.01-2.0356.2250.8981353
2-2.0158.8460.8961321

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.502データ抽出
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: selenomethioninyl C2GnT-L

解像度: 2→20 Å / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 6825 -random
Rwork0.197 ---
all0.197 67528 --
obs0.197 67387 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.14 Å21.08 Å2-5.22 Å2
2--0 Å20.28 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6015 0 28 498 6541
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.182
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.272.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.008
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 1112 -
Rwork0.213 --
obs-10084 99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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