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万見
- PDB-5epg: Human aldehyde oxidase SNP S1271L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5epg
タイトルHuman aldehyde oxidase SNP S1271L
要素Aldehyde oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / drug metabolism / SNP
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; メチレン基、メチン基に作用する; 酸素を電子受容体とする / aldehyde oxidase / aldehyde oxidase activity / Vitamin B6 activation to pyridoxal phosphate / molybdopterin cofactor binding / intercellular bridge / xenobiotic metabolic process / FAD binding / lipid metabolic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding ...酸化還元酵素; メチレン基、メチン基に作用する; 酸素を電子受容体とする / aldehyde oxidase / aldehyde oxidase activity / Vitamin B6 activation to pyridoxal phosphate / molybdopterin cofactor binding / intercellular bridge / xenobiotic metabolic process / FAD binding / lipid metabolic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / flavin adenine dinucleotide binding / microtubule cytoskeleton / nuclear body / iron ion binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldehyde oxidase / Oxidoreductase, molybdopterin binding site / Eukaryotic molybdopterin oxidoreductases signature. / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding domain / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal ...Aldehyde oxidase / Oxidoreductase, molybdopterin binding site / Eukaryotic molybdopterin oxidoreductases signature. / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding domain / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain superfamily / FAD binding domain in molybdopterin dehydrogenase / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, first molybdopterin binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead superfamily / [2Fe-2S]-binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, second molybdopterin binding domain / [2Fe-2S] binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Enolase-like; domain 1 / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / DIOXOTHIOMOLYBDENUM(VI) ION / Chem-MTE / Aldehyde oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.39 Å
データ登録者Coelho, C. / Romao, M.J. / Santos-Silva, T.
引用ジャーナル: Drug Metab.Dispos. / 年: 2016
タイトル: Optimization of the Expression of Human Aldehyde Oxidase for Investigations of Single-Nucleotide Polymorphisms.
著者: Foti, A. / Hartmann, T. / Coelho, C. / Santos-Silva, T. / Romao, M.J. / Leimkuhler, S.
履歴
登録2015年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,8166
ポリマ－148,1231
非ポリマー1,6945
水93752
1
A: Aldehyde oxidase
ヘテロ分子

A: Aldehyde oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,63212
ポリマ－296,2452
非ポリマー3,38710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-11
Buried area9180 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area89250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.439, 147.439, 131.713
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Aldehyde oxidase / Aldehyde oxidase 1 / Azaheterocycle hydroxylase


分子量: 148122.578 Da / 分子数: 1 / 変異: S1271L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AOX1, AO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q06278, aldehyde oxidase, 酸化還元酵素; メチレン基、メチン基に作用する; 酸素を電子受容体とする

-
非ポリマー , 5種, 57分子

#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-MTE / PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER / ピラノプテリン


分子量: 395.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6PS2
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-MOS / DIOXOTHIOMOLYBDENUM(VI) ION


分子量: 161.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HMoO2S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.37→49.15 Å / Num. obs: 20918 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 10.6 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.31 / Rpim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 222236 / Scaling rejects: 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
3.37-3.6410.22.0251.94128540440.2180.66594.7
8.91-49.159.40.054301196712740.9980.01899.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
Aimless0.1.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UHW

4uhw


解像度: 3.39→49.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / WRfactor Rfree: 0.2327 / WRfactor Rwork: 0.1484 / FOM work R set: 0.8468 / SU B: 28.395 / SU ML: 0.452 / SU Rfree: 0.6307 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.631 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2531 1046 5.1 %RANDOM
Rwork0.162 ---
obs0.1666 19531 98.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 201.47 Å2 / Biso mean: 102.164 Å2 / Biso min: 43.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.39→49.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9990 0 89 52 10131
Biso mean--93.5 74.26 -
残基数----1288
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01910294
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.551.97913928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.837322906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.38351281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.10724.182428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.641151801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8751556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02111503
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022273
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.15510.0455145
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.15310.0455144
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.83315.0756419
LS精密化 シェル解像度: 3.387→3.475 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 74 -
Rwork0.228 1241 -
all-1315 -
obs--86.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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