PDB-5em1: Crystal structure of ragweed allergen Amb a 8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5em1

タイトル

Crystal structure of ragweed allergen Amb a 8

要素

Profilin

キーワード

ALLERGEN

機能・相同性

機能・相同性情報

actin monomer binding / cell cortex / cytoskeleton
類似検索 - 分子機能

生物種

Ambrosia artemisiifolia (ブタクサ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Offermann, L.R. / He, J.Z. / Perdue, M.L. / Chruszcz, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural, Functional, and Immunological Characterization of Profilin Panallergens Amb a 8, Art v 4, and Bet v 2.
著者: Offermann, L.R. / Schlachter, C.R. / Perdue, M.L. / Majorek, K.A. / He, J.Z. / Booth, W.T. / Garrett, J. / Kowal, K. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2015年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月10日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5em1.cif.gz	74.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5em1.ent.gz	53.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5em1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5em1_validation.pdf.gz	437.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5em1_full_validation.pdf.gz	438.1 KB	表示
XML形式データ	5em1_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	5em1_validation.cif.gz	15 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/5em1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/5em1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5em0C 5ev0C 5eveC 1cqaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4a1y-4 3iih-d 6sts-1 4owl-3 5n4q-d 3vg4-d 2mct-d 3erw-6 4y9i-d 5naj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Profilin

ヘテロ分子

14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.228, 58.466, 60.596
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Profilin 分子量: 14592.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ambrosia artemisiifolia (ブタクサ) プラスミド: pJ411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2KN24
#2: 化合物	ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.12 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 6.5, 1.3 M sodium citrate / PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 20925 / Num. obs: 20925 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 32.2
反射シェル	解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1CQA

1cqa

解像度: 1.45→30.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 1.991 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.165	1067	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1419	-	-	-
obs	0.1431	19808	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 51.32 Å² / B_iso mean: 17.471 Å² / B_iso min: 8.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.35 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.56 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.45→30.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1017	0	10	201	1228
B_iso mean	-	-	15.01	29.49	-
残基数	-	-	-	-	135

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.019	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.313	2.02	1522
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.923	3	2458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.178	5	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.244	25.349	43
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.419	15	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	31.443	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	243

LS精密化シェル

解像度: 1.451→1.489 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.205	61	-
R_work	0.199	1402	-
all	-	1463	-
obs	-	-	97.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2755	-0.1114	0.0217	0.1829	0.0522	0.0289	0.0021	0.03	-0.0505	0.013	0.0022	0.024	0.0051	0.0069	-0.0043	0.039	0.0022	-0.001	0.0424	0.0078	0.0187	-10.1587	-17.4333	9.8169
2	4.6941	-3.5477	2.6317	5.454	-4.845	4.4176	0.2029	0.272	0.3278	0.1545	-0.0168	0.1141	-0.2014	-0.0361	-0.186	0.064	0.0299	0.0427	0.0541	0.0433	0.0757	-12.3131	-3.6267	2.1122
3	0.3841	0.0565	0.247	0.1958	-0.0019	0.1714	-0.0039	0.026	-0.019	-0.0063	0.0153	-0.0299	0.0109	0.0131	-0.0114	0.042	0.0016	-0.0021	0.0344	-0.003	0.0155	3.5945	-15.5614	10.7299
4	0.4756	0.2334	0.0593	0.4704	-0.1846	0.3087	-0.0107	-0.0462	-0.0137	0.0343	0.0045	-0.0744	0.0121	0.0127	0.0062	0.0483	0.0123	-0.0132	0.0354	-0.0087	0.0195	9.2203	-6.0358	19.2474
5	1.2065	-0.1377	-1.3336	0.7772	-0.0937	1.5563	-0.0027	0.0055	0.0193	0.0739	0.0069	-0.0399	-0.0115	-0.0021	-0.0043	0.0435	0.0009	0.002	0.0314	-0.0019	0.0169	5.657	1.1367	14.7357
6	0.3305	0.1864	0.1558	0.8682	-0.1725	0.1645	0.0012	0.0129	0.0081	-0.0034	0.0073	0.0375	0.0054	0.0141	-0.0085	0.0538	-0.0048	0.0034	0.036	-0.0047	0.0025	-0.2965	-6.144	15.7534
7	6.9445	-0.8208	4.0118	0.0985	-0.3648	10.2247	0.1657	0.0667	0.2688	-0.0243	-0.0043	-0.0363	-0.3209	0.0895	-0.1615	0.0858	-0.0161	0.0058	0.0089	0.0078	0.0304	-3.2711	-0.1804	2.8926
8	0.6411	0.2812	-0.2644	1.8457	-1.1068	0.6965	-0.0279	0.0028	0.0208	0.0419	0.0591	0.0213	-0.0388	-0.0595	-0.0311	0.0542	0.0166	0.0134	0.0407	0.0158	0.0145	-10.1923	-8.3	16.1055

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	14 - 21
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	22 - 49
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	50 - 71
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	72 - 80
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	81 - 107
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	108 - 112
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	113 - 133

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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