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Yorodumi- PDB-5elt: Structure of the QUA1-KH domain of T-STAR in complex with UAAU RNA -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5elt | ||||||
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Title | Structure of the QUA1-KH domain of T-STAR in complex with UAAU RNA | ||||||
Components |
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Keywords | RNA BINDING PROTEIN / Protein - RNA complexes STAR protein Alternative splicing KH domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information PTK6 Regulates Proteins Involved in RNA Processing / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / SH3 domain binding / protein domain specific binding / mRNA binding / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.13 Å | ||||||
Authors | Dominguez, C. / Feracci, M. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2016 Title: Structural basis of RNA recognition and dimerization by the STAR proteins T-STAR and Sam68. Authors: Feracci, M. / Foot, J.N. / Grellscheid, S.N. / Danilenko, M. / Stehle, R. / Gonchar, O. / Kang, H.S. / Dalgliesh, C. / Meyer, N.H. / Liu, Y. / Lahat, A. / Sattler, M. / Eperon, I.C. / ...Authors: Feracci, M. / Foot, J.N. / Grellscheid, S.N. / Danilenko, M. / Stehle, R. / Gonchar, O. / Kang, H.S. / Dalgliesh, C. / Meyer, N.H. / Liu, Y. / Lahat, A. / Sattler, M. / Eperon, I.C. / Elliott, D.J. / Dominguez, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5elt.cif.gz | 145.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5elt.ent.gz | 116.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5elt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/5elt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/5elt | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5el3SC 5elrC 5elsC 5emoC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18609.572 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: RNA binding protein, UNP residues 1-160 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: N-terminus GA residues from tag. / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: KHDRBS3, SALP, SLM2 / Plasmid: pLEICS 03 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O75525 #2: RNA chain | Mass: 1225.786 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: MIB, PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.97625 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 20, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.13→54.54 Å / Num. obs: 23574 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 47.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 18.3 / Num. measured all: 153299 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5EL3 Resolution: 2.13→54.542 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.39 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 174.08 Å2 / Biso mean: 66.5342 Å2 / Biso min: 26.69 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.13→54.542 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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